袁世凯当上中华民国的首任大总统后，“北洋三杰”中的王士珍因忠于清廷而退隐还乡，态度暧昧的冯国璋外调南京，只有力主共和的段祺瑞留在北京，因为中央军事还离不开段祺瑞这个北洋军中的元老。然而，随着袁世凯称帝步伐的加快，两人的矛盾逐渐激化。段祺瑞得罪了一心想当太子的袁克定，命运很快发生逆转。
袁世凯的心腹幕僚阮忠枢受袁克定指派，试图动员段祺瑞再一次联络北洋将领，全国通电，拥护袁世凯称帝。不等阮忠枢说完，段祺瑞便愤怒地打断他的话，说道：“真是滑天下之大稽！袁大总统早就说过不当皇帝了，你们还敢胡闹！”
段祺瑞的不予配合，令袁克定火冒三丈，便经常在袁世凯耳边聒噪，说段祺瑞坏话，挑拨离间。不久，袁克定亲自前往河北正定请有忠君情结的王士珍出山。王士珍勉强同意后，袁世凯立即任命王士珍为陆军上将，委以统率办事处坐办，从而架空了段祺瑞。
不久，袁世凯主持会议讨论日本强加给中国的“二十一条”。会上大家义愤填膺，段祺瑞更是拍案而起，怒骂道：“小日本欺人太甚，如此条件过于苛刻，绝对不能接受！”会后，段祺瑞以陆军总长名义，领衔19省将军通电请缨，称“天下兴亡，匹夫有责”，表示坚决反对签订“二十一条”，甚至不惜与日本人决一死战。
袁世凯称帝在即，有人劝段祺瑞，哪怕违心地表示一下“劝进”，也可以改善他与袁世凯的关系，否则他的日子会越来越不好过。而段祺瑞则公开宣称：“当年我领衔通电主张共和、取消帝制，如今却要我领衔通电取消共和，拥项城称帝，这种出尔反尔的事我是绝对不会干的！”随后，袁世凯免掉了段祺瑞陆军总长的职务。段祺瑞作为袁世凯昔日的心腹爱将，为什么转而反对袁世凯称帝呢？
事后，段祺瑞对侄儿段宏纲透露：袁称帝前，他曾五次劝阻，结果三次被拒绝，两次吃了闭门羹。他劝阻袁世凯称帝，说此事关系国家安危及袁氏身家性命是万不能做的。而袁称帝后，他未公开声讨，则是出于他受袁世凯几十年知遇之恩。所以，论公，段祺瑞宁死也不参与；论私，段祺瑞从此只有退隐，绝不多发一言。
袁世凯宣布称帝后，随着蔡锷的揭竿而起并取得军事上的胜利，看风使舵的各省纷纷宣布独立。袁世凯没想到，他一手培养起来的北洋将领会成为他的敌人，而领衔者竟是他多年的左膀右臂。面对内外混乱的局面，袁世凯想到让段祺瑞出山稳定局势。
此时，袁世凯已在忧急之中病倒，他写了一封亲笔信派人送到段祺瑞手中。信中言辞恳切，希望段祺瑞看在两人多年的交情上，能到中南海一叙。
段祺瑞看完信后，如约来到中南海。袁世凯充满歉意地说：“芝泉，你能来真是太好了，都怪我当初不听你的劝阻，闹到今天这个局面。我老了，身体也不好，还是请你出山，再帮我一次……”见到病榻上的袁世凯，段祺瑞答道：“若取消帝制，我愿全力相助。”
袁世凯在公府召开紧急会议，参加会议的除段祺瑞、徐世昌外，还有黎元洪，此三人皆为袁世凯称帝前一脚踢开的大员。会上，袁世凯首先宣布取消帝制，恢复“中华民国”年号，复任大总统，随后任命段祺瑞为参谋总长、徐世昌为国务总理，黎元洪仍为副总统，责成三人稳定局势。
然而，此时的袁世凯早已不复以前的威望了。南方的革命党人坚决要求其下野，称袁世凯复辟帝制已经背叛了民国，没有资格再任大总统。
袁世凯万分失望，他已经看出，黎元洪与他貌合神离，徐世昌对南北双方都起不到作用，只有段祺瑞，既在北洋军中有威望，且与蔡锷等人交情匪浅。进可以讲和，退可以付诸武力，此时恰逢徐世昌请辞，袁世凯便任命段祺瑞为国务总理兼陆军总长。
此时，全国各地要求袁世凯退位的呼声，与此前全国劝进的呼声一样强烈，南方革命党人坚决要袁世凯下台，否则坚决不进行南北和谈。袁世凯决定武力讨伐，但段祺瑞坚决主张和谈，反对付诸武力。他说：“既然总统坚持用兵，那您就另请高明吧，我辞职！”随即递交了辞呈。袁世凯不接受他的辞呈，还想亲自布置对独立各省的军事发动进攻，无奈北洋军已不听袁世凯指挥调遣。
不久后，袁世凯最宠信的陈宦突然通电全国，怒陈袁世凯罪状，而这个陈宦在几个月前临离京时，还匍匐在大总统的脚下，要求袁世凯一定要称帝，否则誓不回京。亲信的背叛对袁世凯的打击是致命的。袁世凯终日哀叹忠义古风不存，连气带病，最终忧愤积劳成疾，感染重病不治而病逝。
袁世凯死后，能够左右民国政局的实力人物只有段祺瑞了。他既是北洋军的元老，也是民国内阁总理、参谋总长、陆军总长，手里有军队，又是反对日本“二十一条”和反对“复辟帝制”的急先锋，可谓“德高望重”。当时段祺瑞想不想当大总统，我们不得而知。当时无论南北两派由谁出任民国总统，都势必会带来南北大动干戈，而令中国重陷混乱，何况北洋军内部并不团结，冯国璋野心勃勃，虎视眈眈。最终，段祺瑞推举“首义”都督而非革命党的黎元洪担任总统。1916年6月7日，黎元洪正式就职民国总统，恢复国会和《临时约法》。
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