【早期文明】
秘魯的土地上在 20000 年前就有人居住。最早原始文化出現在公元前 10000 年。3000 之後，人們由捕獵轉為定居生活，開始種植玉米和棉花，並開始馴養動物。之後，又出現了紡織品和最初的陶器。
在秘魯北部海岸的 Norte Chico 地區，發現了南美最早的文明痕跡。在公元前三十世紀這個地區就已經開始了它的繁榮期。這種文明除了以 Norte Chico 命名，又被稱為 Caral-Supe 文明或 Caral 文明。卡拉爾（Caral）也是地名，位於 Supe 山谷，是 Norte Chico 文明中最大、最完善的遺址，佔地 66 公頃，繁盛期居民數超過 3000。在 Norte Chico 文明遺址中，卡拉爾是研究最為完善的一處，通過對卡拉爾文化遺存的解讀，五千年前的秘魯人的生活狀況逐漸被現代人了。
秘魯早期文明分佈圖
從卡拉爾起，直到西班牙殖民者入侵之前，安第斯一帶活躍的文明主要為：
卡拉爾（Caral）：公元前2627年~公元前2020年
查文（Chavin）：公元前900年~公元前200年
帕拉加斯（Paracas）：公元前800年~公元200年
莫奇卡（Mochica）：公元100年~公元700年
納斯卡（Nazca）：公元前300年~公元800年
蒂亞瓦納科（Tiahuanaco）：公元前200年~公元1000年
瓦利（Wari）：公元500年~公元1200年
奇穆（Chimu）：公元1000~公元1460年
印加帝國（Inca Empire）：公元13世紀~公元16世紀
【庫斯科王國時期】1200-1438年
印加人的祖先生活在安第斯高原的的喀喀湖畔，公元10世紀，他們在第一代王曼科·卡帕克（Manco Cápac）率領下，開始向北遷徙，並在1243年佔領了今秘魯庫斯科（Cusco，印加語的意思是“大地的肚臍”），建立了庫斯科王國（The Kingdom of Cusco）。
庫斯科王國位置圖
【印加帝國時期】1438-1533年
印加帝國的擴張
1438年，帕庫查提即位後，隨即對臨近的王國發動了一系列成功的戰役。使他的帝國領土範圍從今厄瓜多爾一直延伸的智利，成為南美洲最強大的王國。庫斯科王國發展為印加帝國（克丘亞語Tawantin Suyu或Tahuantinsuyo，英語The INCA Empire）。國王帕查庫提（Pachacuti）把印加帝國分成四大行政區，稱為“塔萬廷蘇尤”，意思是“世界的四個部分”，東部叫“安蒂蘇尤（Antisuyu）”，西部叫“孔蒂蘇尤（Contisuyo）”，北部叫“欽察蘇尤（Chinchaysuyu）”，南部叫“科利亞蘇尤（Collasuyo）”。而四個“蘇尤”的中心，就是國都庫斯科（Cusco）。
傳統上，只有印加之子才可以統領軍隊。帕查庫提之子圖帕克·印加·尤潘基（Tupac Inca Yupanqui）在1463年開始對北部的征服。直到1471年帕查庫提死去，征服還在繼續。其中最重要的就是戰勝了奇穆（Chimu）王國。當時這個秘魯北部海濱的王國強大而又富有，也是印加最大的對手。從此，南美洲剩下的小國中幾乎再沒有能夠挑戰印加帝國的國家存在。印加帝國擴大到整個南美洲西部（地跨秘魯、厄瓜多爾、哥倫比亞、玻利維亞、智利、阿根廷）。南北長達4000公里，面積約90萬平方公里。
1522年，西班牙征服者弗朗西斯科·皮薩羅遠征今哥斯達黎加境內的烏拉卡部落，受到友好接待並滿載而歸。遠征中他聽說了“盛產黃金”的印加，併產生了征服印加、攫取土地、地位和財富的念頭。
1524年11月，得到巴拿馬督軍佩德拉里亞斯的特許，皮薩羅和強盜阿爾馬格羅、惡棍神甫盧克三個人合夥帶領112個西班牙人和少量印第安人俘虜，對秘魯進行了第一次探險，迷航到了哥倫比亞，並未到達印加，僅獲得少量黃金。
1526年，皮薩羅和阿爾馬格羅重新組織了160人的探險隊伍，進行第二次遠征。他們在厄爾多瓜登陸後，與數不清的印第安人發生激戰，阿爾馬格羅因此瞎了一隻眼睛。皮薩羅知道不得到巴拿馬殖民者的援軍，難以達到目的，便派阿爾馬格羅回巴拿馬求援。阿爾馬格羅回到巴拿馬後，巴拿馬的督軍已經換成了里奧斯。新的督軍不信任皮薩羅的膽大計劃，扣留了阿爾馬格羅，並派出使者，要召回皮薩羅，強令他放棄征服事業。結果，只有“加略島十三勇士”決定追隨皮薩羅，一起去南方探險。
1528年春，在說服西班牙國王查理五世後後，皮薩羅被任命為“新卡斯提爾”總督，負責征服印加。皮薩羅可以獲得新殖民地4/5的財富。阿爾馬格羅為秘魯城市通貝斯城的司令，神甫盧克為通貝斯城的主教。“加略島十三勇士”，全部被授予世襲的騎士稱號，每人分到1000個印第安人奴隸和大量的莊園土地。
1529年，在瓦伊納·卡帕克和皇位繼承人尼南·庫尤奇（Ninan Cuyochi）感染天花而意外去世後，兩位繼承人選瓦斯卡爾（Huascar）和阿塔瓦爾帕（Atahualpa）為了爭奪王位，而爆發內戰。瓦斯卡是活著的嫡系中最大的兒子，但瓦伊納·卡帕克一直偏愛阿塔瓦爾帕。而阿塔瓦爾帕只有一半王族血統，他的母親只是瓦伊納·卡帕克以前的一個情婦。
印加帝國最終被一分為二，交由瓦斯卡和阿塔瓦爾帕分別管理。其中，90%的土地和80%的人口，以及首都庫斯科和重要廟宇都給了瓦斯卡爾。阿塔瓦爾帕只得到了北部三個重要城市：卡哈馬卡（Cajamarca）、基多（Quito）、Tumebamba。印加北部也正是阿塔瓦爾帕母親的故鄉。
1531年，瓦斯卡爾要求阿塔瓦爾帕向他宣誓效忠，阿塔瓦爾帕拒絕了。瓦斯卡的舉動可能原本就是為戰爭尋找藉口。他的軍隊很快越過了阿塔瓦爾帕領地的邊界。但阿塔瓦爾帕的軍隊很快擊敗了瓦斯卡，瓦斯卡向南撤退。
1532 年 4 月，瓦斯卡兒的軍隊退到了庫斯科附近，被阿塔瓦爾帕的軍隊消滅。瓦斯卡爾的家庭成員和他的支持者都被處死，庫斯科失陷，瓦斯卡爾被俘。印加帝國再次統一。阿塔瓦爾帕成為整個印加帝國唯一的統治者。在內戰中，至少 10 萬士兵死亡和10萬平民被屠殺，而實際死亡人數可能是這個數字的十倍。小城市被夷為平地，連Tumebamba 這樣的重城也被燒成灰燼，這次內戰大大地削弱了印加帝國的實力。
皮薩羅得知印加內戰的消息，感到時機成熟，開始第四次遠征庫斯科。從巴拿馬出發一年後到達秘魯海岸。1532年11月，皮薩羅帶領180人的軍隊到達卡哈馬卡城。阿塔瓦爾帕帶領一支約4萬人的軍隊駐在該城。皮薩羅施計俘虜了阿塔瓦爾帕，為了獲得自由，阿塔瓦爾帕付給皮薩羅價值約2800萬美元的金銀財寶作為贖金。
1533年8月29日，阿塔瓦爾帕以基督徒的身份被皮薩羅通過螺旋絞刑（Garrote）的方式處決。印加帝國滅亡，淪為西班牙帝國的殖民地——秘魯總督區（Viceroyalty of Peru）。
歷任國王及在位年表
1438-1471 帕查庫提·印加·尤潘查（Pachacuti Inca Yupanqui）
1471-1493 託帕·印加•尤潘查（Túpac Inca Yupanqui）
1493-1525 瓦伊納·卡帕克（Huayna Capac）
1525-1532 瓦斯卡爾（Huáscar）
1532-1533 阿塔瓦爾帕（Atahualpa）
【西班牙殖民地秘魯總督區】1542-1824年
秘魯總督區 新格拉納達總督區 拉普拉塔總督區
1535年，皮薩羅建立利馬城，為作為秘魯的新首都。
1536年，傀儡印加王逃走並領導一支印地安起義軍反抗西班牙人的統治。西班牙軍隊曾一度被圍困在利馬和庫斯科。次年，西班牙恢復對國家大部分地區的控制。
1537年，阿爾馬格羅認為皮薩羅戰利品分配不公而反叛。阿爾馬格羅聯合皮薩羅的下屬進攻皮薩羅，後他被皮薩羅俘獲並處死。
1541年，就在皮薩羅的軍隊勝利進入印加首都庫斯科8年以後，阿爾馬格羅的追隨者攻人皮薩羅的宮殿，殺死了這位66歲的首領。
1572年，西班牙任命的總督託雷多借口使臣被殺，派兵進攻比爾卡班巴，最後一位印加王、還是少年的圖帕克·阿馬魯（Tupac Amaru）棄城逃亡，最終兵敗被俘。儘管很多人都相信圖帕·卡馬魯是無辜的，託雷多仍然決定將他處死。圖帕·卡馬魯最終在庫斯科中央廣場被當眾梟首。但是西班牙國王菲利普二世並不同意處死圖帕·卡馬魯的決定，託雷多失去了西班牙國王的信任和寵愛。1581年他被召回西班牙並被囚禁起來，直至1584年自然死亡。
西班牙人對印加實行了殘暴的統治。他們殺死幾乎所有祭司，強行推行天主教。由於祭司是印加唯一的知識分子階層，這一屠殺導致大量印加史料和文明失傳。他們還大量毀滅印加建築、木乃伊和陵墓，搜刮財物，導致許多珍貴的文明遺蹟被毀。更嚴重的是，他們帶來了可怕的疾病，如天花、麻疹，毫無抵抗力的印第安人因此大批死亡，據歷史記載，西班牙人抵達後半個世紀內，印加核心區域的人口竟從700萬下降到不足50萬。
1718年，新格拉納達總督區從秘魯總督區中劃出，首府波哥大。
1810年，哥倫比亞獨立運動爆發。1821年，哥倫比亞與現厄瓜多爾、委內瑞拉、巴拿馬組成大哥倫比亞共和國。此時新格蘭納達改名為“大哥倫比亞共和國”（Gran Colombia）。後來改名為今哥倫比亞。今天哥倫比亞周圍國家的一些人依然稱哥倫比亞人為“新格拉納達人”（neogranadinos）。
1776年，拉普拉塔總督區又從秘魯總督區中劃出，首府布宜諾斯艾利斯。領土覆蓋拉普拉塔平原大部分地區，包括今天的阿根廷、玻利維亞、巴拉圭和烏拉圭等國。
1806-1807年期間，英國兩次試圖吞併拉普拉塔，但沒有成功。
1810年，布宜諾斯艾利斯爆發了五月革命，拉普拉塔總督被廢黜。
1811年，西班牙最高中央軍政府任命拉普拉塔河東岸區（即今烏拉圭）的省長弗朗西斯科·哈維爾·德·埃利奧為新拉普拉塔總督。5月18日，革命軍在拉斯彼德拉斯戰役中戰勝西班牙殖民軍。
1812年1月，新總督逃回西班牙。
1814年，蒙得維的亞陷落，拉普拉塔總督轄區不復存在。
1824年12月9日，來自拉美各國的起義軍在名將蘇克雷率領下，大破西班牙軍於印加故地、秘魯的阿亞庫巧，這次戰役被稱為“獨立奠基之戰”，印加亡國之恥得到洗雪，標誌秘魯總督區解體。
南美各國獨立演變圖
【南美太平洋戰爭】1879-1883年
南美太平洋戰爭玻利維亞喪失領土
1866年，智利與玻利維亞簽訂邊界條約，規定以南緯24°線為兩國邊界，南緯23°線與25°線之間一切礦產品和輸出產品的關稅，由兩國平分。同年，智利和英國合資經營的硝石公司同玻利維亞簽訂合同，取得在安託法加斯塔地區的開採權。
1874年，玻、智兩國簽訂新約，規定智利政府放棄南緯24°線以北地區的全部權利，玻利維亞同意在25年內對智利公司不提高現行稅率。
1878年，玻利維亞政府出於籌措軍費的需要，決定單方面增加智利－英國礦業公司稅額。但礦業公司根據1874年條約拒絕交納。玻利維亞政府決定沒收其全部資產並公開拍賣。
1879年2月14日，智利在英國的支持下，出兵佔領玻利維亞最大的港口安託法加斯塔。而秘魯與玻利維亞關係親密，雙方曾在1873年秘密締結軍事同盟條約。智利遂於4月5日正式向秘魯和玻利維亞兩國宣戰。這次戰爭被外界稱為“南美太平洋戰爭（War of the Pacific in Southern America）”，又由於戰爭起因來自三國對鳥糞和硝石資源的爭奪，因此也被稱為“鳥糞戰爭”或“硝石戰爭”。
1880年初，智利軍隊在秘魯伊洛和帕科查港登陸，佔領莫克瓜，通過沙漠地帶，在塔克納和阿里卡兩次戰役中打敗了玻秘聯軍。至此，玻利維亞失去了所有太平洋沿海領土，秘魯海軍則全軍覆沒。
1880年6月，三國代表舉行談判，但秘魯拒絕智利提出的議和條件，只同意暫時休戰。
1881年1月，2.6萬智利軍隊向利馬城發起總攻，秘魯守軍只進行了兩天抵抗便四散奔逃。
1883年10月20日，秘魯與智利在利馬北部安孔城簽訂條約，結束了南美太平洋戰爭。根據《安孔條約》，秘魯將塔拉帕卡省割讓給智利，並將塔克納和阿里卡兩地區交給智利管轄10年。玻利維亞則先後於1884年和1904年與智利簽訂了《瓦爾帕萊索協定》和“和平友好條約”。玻利維亞喪失了安第斯山脈與太平洋沿岸之間的全部領土，變成了一個沒有出海口的內陸國。
【查科戰爭】1932-1935年
查科戰爭玻利維亞喪失領土
格蘭查科地區位於巴拉圭河以西、安第斯山脈以東，亞馬孫盆地以南，潘帕斯草原以北，面積約65萬平方公里，但人煙稀少、缺乏物產。玻利維亞和巴拉圭對格蘭查科北部約26萬平方公里土地的歸屬一直存在爭議。
1928年起，玻、巴兩國開始在查科大峽谷爆發武裝衝突。玻利維亞軍隊竭盡全力想控制流經查科大峽谷的巴拉圭河，藉以獲得通向大西洋的入海口。
1932年6月15日，玻利維亞出兵佔領了北查科荒漠中的巴軍要塞皮蒂安圖塔和博克龍，以這一次小規模邊界衝突為藉口向巴拉圭正式宣戰，查科戰爭全面爆發。
1933年5月10日，巴拉圭正式對玻利維亞宣戰。指揮官何塞·費利克斯·埃斯蒂加里維亞（José Félix Estigarribia）中校經數月準備，於1933年10月指揮2.5萬名巴軍在70公里長的戰線上發起反攻，至12月中旬把戰爭推向玻利維亞佔領的查科地區，玻利維亞慘敗。
1934年11月17日，巴伊維安失陷。至年底，巴拉圭控制歸屬有爭議的北查科地區。
1935年6月，在國際聯盟和周邊國家的調停下，玻、巴雙方實現停火。
1938年，波、巴兩國代表在阿根廷首都布宜諾斯艾利斯簽訂了《查科和約》。巴拉圭獲得北格蘭查科地區約18萬平方公里的土地，並稱之為“查科地區”（Chaco）；玻利維亞獲得約8萬平方公里，並得到經巴拉圭河進入大西洋的航行權。
【玻利維亞所喪失的領土彙總圖】1860-1935年
【玻利維亞為出海口而努力】
1929年，在美國總統赫伯特·克拉克·胡佛（Herbert Clark Hoover）調解下，秘魯與智達成《利塔克納－阿里卡協議》（Tacna-Arica compromise）。協議規定：（1）秘魯收回塔克納省，智利佔有阿里卡地區並補償秘魯6百萬美元；（2）智利為秘魯修建一個運輸碼頭、一座海關大樓和一條直達秘魯南部塔克納省的鐵路，並交給秘魯永久使用；（3）在秘魯沒有同意的情況下，智利不能割讓前秘魯領土與第三國。
1963年1月，玻利維亞國防部批准建立了一隻內河海軍。當時只有4艘美國提供的船隻和1800多人。
1975年，智利總統奧古斯托·皮諾切特提議通過領土交換的方式劃出一出海走廊給玻利維亞。但秘魯總統弗朗西斯科·莫拉萊斯·貝穆德斯·塞魯蒂 （Francisco Morales Bermúdez Cerruti）援引1929年《利塔克納－阿里卡協議》否決了這一方案。秘魯同時提議三國共管阿里卡地區，但被智利否決。
1975年智利提議玻利維亞出海走廊
1978年，玻利維亞和智利因出海口的歷史問題得不到解決而斷交，至今只保持著領事級關係。
1992年，秘魯與玻利維亞簽訂協議，秘魯同意玻利維亞使用其南部伊洛港，並在伊洛地區向玻提供土地建立經濟特區，土地使用期限為99年，合同到期後可續延。由於伊洛港規模較小，設施陳舊，無法停泊大型船隻，因此長期以來，玻利維亞的出口業務受到限制。
2003年，由土著人、勞工及古柯種植農聯合會共同發起大罷工，引發玻利維亞全國性騷亂，最終導致貢薩洛·桑切斯總統被迫辭職。事情原由是玻利維亞政府建議通過智利建立一條輸油管道以向外出口天然氣，然而這項計劃立即激起了玻利維亞人的民族情結和壓抑在心中久藏的怒火。因此恢復出海口就成為玻利維亞政府的優先考慮的問題。
2004年1月，在墨西哥蒙特雷舉行的美洲峰會上，玻利維亞總統梅薩提出要將出海口問題在大會上予以討論。智利總統拉戈斯憤然表示拒絕和玻利維亞就任何問題進行討論也拒絕和梅薩私下會晤。拉戈斯聲稱智利和玻利維亞不存在任何懸而未決的問題。
2005年3月，秘魯外長羅德里格斯發表聲明說，如果玻利維亞和智利在對出海口問題進行談判時涉及到可能把阿里卡港作為玻出海口這一問題的話，秘魯政府就要援1929年《利塔克納－阿里卡協議》對此進行干預。
2010年8月，智利總統皮涅拉（Sebastian Pinera）和玻利維亞總統莫拉萊斯（Evo Morales）共同在阿根廷聖胡安舉行的南方共同市場首腦會議。兩位元首會晤以後，智利總統皮涅拉確認準備開放北部的伊基克港作為玻利維亞出海通過的自由區。
2010年10月19日，秘魯總統加西亞卻與玻利維亞總統莫拉萊斯簽署一份補充協議，允許玻利維亞在距離秘魯南部海港伊洛港10英里的地方建造並運行一個小型港口。
2012年6月2日，在哥倫比亞首都波哥大舉行的安第斯議會議會全體會議上通過一項決議，要求智利和玻利維亞克服分歧，“兩國政府和人民在尊重、互補和兄弟情誼”的框架內解決玻利維亞的太平洋出海口要求。
2013年4月17日，玻利維亞通過荷蘭海牙國際法院正式對智利提出控訴，要求智利同玻利維亞展開有誠意的談判，儘快達成實質性的協議，讓玻利維亞擁有永久性的太平洋出海口。對此，智利政府立即作出回應，聲稱：“沒有對話的可能。”智利總統皮涅拉表示，政府不會在領土問題上讓步，並將動用一切力量捍衛智利的每一寸領土。皮涅拉同時表示，智利將保持一種建設性的態度開展對話，力爭找到一個具體的、可實施的、對兩國均有益的解決方案，確保玻利維亞的產品通過智利的港口銷往世界各地。
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