首先，我來說說察合臺后王封地和元政權的關係，其實這兩個政權的關係並不是一直緊張，也是有友好期的，其中摩擦的時間段是在元成宗大德七年之前，以後的關係基本上還算和睦。
那麼這段時間為何和元朝廷關係不友好呢？
雙方交惡還得追溯到蒙哥汗時代，想當年蒙哥繼承汗位的時候，時任察合臺汗的也速蒙哥和元太宗、元定宗勢力站在了一起，反對蒙哥繼承汗位，由於歷史原因雙方關係本身就好不到哪裡去。
元年辛亥春，諸王、大將再會於闊帖兀阿蘭之地。太宗、定宗諸子及察合臺子也速蒙哥皆不至。
大家看這段史料，這明顯就是不買拖雷系的賬！
等到忽必烈和阿里不哥爭位的時候，當時的察合臺汗王阿魯忽又站在了阿里不哥一邊。當然後來由於利益分配的問題又與阿里不哥鬧翻，又倒向了忽必烈的一邊，在背後牽制阿里不哥，加速了忽必烈的勝利。忽必烈也承認了阿魯忽對察合臺地方的統治權。自此，在阿魯忽執政期間兩國關係還是有所緩和的。
等到阿魯忽過世形勢又是一變，阿魯忽的妃子倭耳幹那又立了自己的兒子謨巴里克沙為汗，而他們在選定繼承人的時候並沒有考慮元朝廷享有的最高認定權。於是，忽必烈採取了比較隱蔽的措施，派察合臺系的博拉克去輔佐，說好聽點是去輔佐，而他的真實目的從事態發展來看就是讓博拉克奪取汗位牽制窩闊臺系后王海都。
欲借其力以制叛王海都
而博拉克廢掉謨巴里克沙自立後，確實執行了忽必烈給的任務，與海都開戰。但是最後居然在元太宗的孫子乞卜察克的調停下和好，更讓忽必烈大感意外的是野心進一步膨脹的博拉克還進攻位於新疆的元軍。
至元五年，博拉克在進攻旭烈兀汗國后王阿八哈汗的時候兵敗身死，海都藉機控制察合臺汗國的內政，立博拉克之子篤哇為汗。於是，兩國關係進一步惡化，兩國交戰不休。
海都立博拉克之子篤哇，由是篤哇甘心從叛，海都勢益張。
兩國關係直到元成宗大德五年，海都死後才有所轉機，由於篤哇屢戰屢敗，眼看軍事形勢不利，於是在大德七年請和。自此以後，兩國關係才和解。
而窩闊臺汗國與元朝廷關係惡劣的原因就比較好解釋了，真可謂是“一天二地恨，三江四海仇”。
首先還是歷史問題。想當年，窩闊臺那一系子孫沒有爭位成功也就罷了。元憲宗蒙哥上位的第二年就開始打壓元太宗的子孫，具體時間就是在憲宗二年的夏四月，大家可以去看看。所以窩闊臺系的子孫還是很“委屈”的。
第二點原因其實也是由這個歷史遺留問題引起的。看著汗位在拖雷一系手裡打轉轉，身為元太宗嫡孫並且手握重兵的海都嫉妒之火熊熊燃燒，而海都在以後更成為了讓忽必烈頭疼的人物。“又自以太宗嫡孫，不得立，而憲宗、世祖皆以皇侄承大統，內不平。”
第三點，據《劍橋中國史》上說那就是三觀不和了。海都蒙古守舊派勢力的代表，而忽必烈在那時是傾向漢化的。
無論如何，他表現為蒙古傳統的捍衛者，並且在他看來，忽必烈是背叛者。
以上三點就是窩闊臺汗國與元朝勢同水火的原因。
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