1241年，窩闊臺汗去世。如果蒙古的西征大軍不是因為在1242年初得知窩闊臺大汗的死訊而東還，或許維也納這座“音樂之都”在美妙的圓舞曲尚未誕生之前，便在蒙古鐵騎踐踏之下淪為歷史的陳跡了。
窩闊臺汗於1241年暴死後並未指定繼位者，因此諸王大臣推窩闊臺的妻子乃馬真後臨朝稱制。直到5年後的1246年，在又一次“忽裡勒臺”大會上，各地的”宗王和異密們各自帶著自己的部屬和侍從們來臨了”，乃馬真後將自己的兒子貴由推上了汗位。為了籠絡人心，貴由大賞眾人，凡是參加了“忽裡勒臺”大會的人員，包括諸王的隨從都得到了賞賜，但因為貨物太多，仍舊沒有賞完，最後貴由索性下令打開倉庫大門由人自取，愛拿多少拿多少。如此大款派頭，令來訪的羅馬教廷使節普郎迦濱大為驚歎。但在如此繁華盛會的背後，是這次的“忽裡勒臺”缺少了一位重量級人物出席。這就是宗王之長，朮赤系的拔都。拔都缺席不是因為路遠，而是他和貴由有仇，根本就不肯來。
貴由汗
說來話長， 就在西征的過程中，拔都和貴由發生了嚴重的衝突。在一次宴會中，拔都先喝了一兩杯。按說他既是大軍統帥，又是黃金家族第三代的長兄，這本無可厚非。但貴由卻以為這是把看成低一等的人，辱罵拔都是帶弓箭的婦人，仗著貴由的威勢，察合臺的孫子不裡竟辱罵作為伯父的拔都是有髯的婦人，並用腳後跟順勢把拔都踢翻了。事情傳到蒙古汗廷，窩闊臺只輕描淡寫地讓貴由向拔都道歉，至於不裡則假惺惺地交給最最寵愛這個孫子的祖父察合臺去處置。然後，就沒有然後了。到窩闊臺死後，拔都得知“忽裡勒臺”準備推薦仇人貴由繼位，乾脆留在了欽察草原，藉口身體不好和腿病不來參加“忽裡勒臺”。
無論怎樣，拔都的缺席顯然冒犯了汗威尊嚴（至少貴由汗如此認為），拔都的敵對態度，使貴由對他更為怨恨和疑懼。為防止可能發生的政變，貴由在登基大典上要求向他勸進的諸王發誓保證““只要你的家族中還留下哪怕是裹在油脂和草中，牛狗都不會吃的一塊肉，我們都不會把汗位給別人”，也就是以後把大蒙古國的汗位永遠保留在他的家族內。
這還不夠，剛愎自用的貴由又採取了進一步的行動。在繼位的第二年，他藉口“ 父親（窩闊臺）給我的舊禹兒惕的水和空氣對我更為有益”，於1248年冬，親率大軍離開和林浩蕩“西巡”葉密立-忽真（在今天的新疆維吾爾自治區北部），實際上就是領兵去進攻拔都。
天下沒有不透風的牆。拖雷的遺孀暗中給拔都送去消息說，貴由汗的到來不無奸計。這樣做的原因其實也很簡單，朮赤和拖雷兩系的友誼早在成吉思汗在世時就建立並鞏固了。彼時，察合臺和窩闊臺就總與朮赤發生衝突，“在（朮赤）長大後，就經常伴隨父親，無論是幸福或不幸都不離開他左右。但是他與他的兄弟察合臺窩闊臺總是拌嘴、爭吵、不和睦。”而“朮赤和拖雷及其家庭友善，據說拖雷不嫌朮赤是蔑兒乞種”。
因此，拔都的疑心加深了，他小心謹慎地等待貴由汗的到來。眼看一場內戰難免，貴由突然暴死，年僅43歲。貴由之死顯得非常突然，志費尼作為同一時代的史學家，在自己的《世界征服者史》卻只是輕描淡寫地記錄道，“當他抵達距別失八里一週之程的橫相乙兒境內時，大限已到，不給他片刻時間從該地向前進一步”，這與作者對於其他近事詳盡到幾乎繁瑣的記錄相比，顯得過於簡略而不同尋常。而蒙哥汗時出使蒙古的西方教士魯不魯乞更記錄了一則傳聞：“關於貴由之死，我未能獲悉任何明確的說法。安德魯修士說：他是由於服用了給予他的某些藥而死去的，一般都懷疑是拔都乾的。但是，我聽到的卻是另一個故事：貴由曾經召拔都前來朝見，以對他表示臣服，拔都當即舉行了盛大的儀式，啟程出發。然而，拔都和他的部下非常害怕，因此派他的一個名叫思梯坎的兄弟先行。當思梯坎到達貴由那裡，並且正要向他獻盞時，發生了爭吵，他們兩人互相把對方殺死了。” 魯不魯乞出使蒙古時，距貴由之死為期還不遠，他所記載雖是傳聞，但肯定也不是空穴來風。
無論如何，貴由汗死後，蒙古宮廷鬥爭的天平頓時失衡。窩闊臺系只剩下一群孤兒寡婦，沒有一個有能力治理國家的新的大汗人選。這時已經到達今天伊塞克湖畔的阿拉套山附近的拔都以黃金家族第三代長兄的身份召集諸王到他的駐地商議選舉新大汗。
這時的拔都在諸王中屬籍最尊，但根據成吉思汗分民、分地的安排，蒙古本土和東方諸地是拖雷系的勢力範圍，這一點他大概是意識到的，與其爭一個沒有實力基礎的大汗座位，不如加強自己在欽察草原的封國的地位更為有利。因此他推舉了拖雷的長子蒙哥。
此時西征大軍仍在拔都手中，而成吉思汗去世時分給拖雷的10.1萬軍戶因為汗位空缺而完全聽命於屬主拖雷系諸王，這使得兩系掌握的武裝力量對窩闊臺系和察合臺系佔據了絕對優勢，因此在1251年舉行的“忽裡勒臺”上，拔都與拖雷的遺孀配合展開緊張的謀奪汗位活動：朮赤系以武力相威嚇，實行高壓政策；拖雷系以恩惠相籠絡，施展懷柔手段，剛柔相濟，恩威並行。儘管爭取到多數宗親貴胄的支持，但還有一些窩闊臺系和察合臺系宗王持頑固反對態度。預定時間已過，但他們仍不肯就範。在蒙古本土操辦此事的別兒哥遣使向其兄拔都請示，拔都回答說:“你擁立他（指蒙哥）登上寶座吧，那些背棄札撒的人都得掉腦袋！”
就這樣，拔都為首的朮赤系和拖雷系聯合推薦了拖雷之子蒙哥繼位為新大汗。察合臺和窩闊臺系諸王心有不甘，策劃暗殺蒙哥，結果事敗被殺者70餘人（也有人認為這純屬蒙哥製造的政治冤案），兩系的力量遭到決定性打擊，除年長的宗王們被處死外，屬於這兩家的部民和軍隊大部份被大汗“奪走並分配掉”，而其依附在屬民概念之下的分地，也由大汗重新進行指派。“黃金家族”的汗統也就此從窩闊臺系轉移到了拖雷系手中，直到明代末期的1632年，末代察哈爾汗林丹敗於滿洲（後金/清），後金汗皇太極會同歸附之蒙古諸部，對其發動了一場大規模的突然襲擊，僅一個月內，數萬滿洲鐵騎深入到內蒙古草原腹地。林丹汗因勢孤力單，不能抵禦，被迫西走青海，並在1634年在那裡去世，他的妻、子隨後歸降皇太極。到了1636年，漠南蒙古十六部49個封建主聚會於盛京，承認皇太極為蒙古可汗“黃金家族”大統的繼承者，並奉上“博克達·徹辰汗（寬溫仁聖皇帝）”的尊號，奉戴其為蒙古之主。也是在這一年，皇太極由於獲得了察哈爾部保留的元代傳國玉璽，自認已獲“天命”，更改國號為“清”，從這時起，大清皇帝就成了“黃金家族”的正統繼承人。因此，歷代清帝都有一個蒙古語尊號，比如清聖祖康熙皇帝就是“恩赫阿木古朗（太平、安寧之意）汗”。此是後話不提。
當蒙哥作為大蒙古國最高統治者的地位鞏固之後，他的注意力不再顧及汗國內部的權力爭鬥，而是轉向征服世界上最遙遠的東方和西方，希望重走祖父成吉思汗的征服之路。根據《史集》的記載，蒙哥汗曾對人說:“既然某些國土已在成吉思汗時代征服，某些國土尚未從敵人處收復，而世界上的土地遼闊無比，因此我讓自己的每個弟兄去開拓邊疆，去完全征服邊地加以守衛，而我自己「合罕]則住在古老的禹兒惕裡坐鎮中央無憂無慮地，依靠仁他們」，我將極幸福地度過歲月，並作出公正裁判。近處的某些敵人領地，我將〔親自〕率領京城附近的軍隊去征服和解救。”
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