《北洋海军章程》的颁行，虽然开近代中国军制改革先河，但还有很多不完善之处。不仅新旧杂陈，而且对军队的指挥体制、兵役体制、编制体制、管理体制等方面的变革没有实质性的突破，对海军军制的革新不是根本性的。
北洋海军后勤指挥体制的致命缺陷在于：北洋海军的前方舰队和后方的后勤机构没有隶属关系，各后勤部门也是各自为政，缺乏一个类似于总后勤部的机构来统一指挥、协调建设。整个北洋海防体系由李鸿章一人居中指挥，这种领导模式妨碍了后勤人力、物力和运输力的统一调用，严重影响了战时海军舰队补给的及时性和准确性。
首先，北洋海军提督无节制后勤权。
章程规定的后勤建制原则:后路局“皆受命于海部，与提督各不相辖，所以隆体制专责任。”这可能是西方行之有效的制度，但当时不合中国国情。这首先与曾国藩所倡导的湘、淮军中行之已久的“合事权与军权归一”的思想相背离。
这就束缚了海军提督的手脚，造成了后勤供应与舰队需要相脱节，成为导致甲午海战失败的一个重要原因。北洋海军的后勤权与军权全统一于北洋大臣李鸿章一人之手，而海军提督仅有一点前线指挥权，其他如后勤策划、管理的大权则几乎一点没有。
水师提督丁汝昌从舰队作战角度提出的修理舰船、补充弹药、供应燃煤等后勤保障请求，各厂、局、坞、矿只是敷衍了事，甚至动用鱼雷艇都要和旅顺船坞总办协商。这一点弊病太大了。
海军是一个新事物，它的外向性、机动性决定了它有许多特殊的地方，最主要的是:它要远洋出海作战，与外国强大势力相较量，须有独自筹划，独自供应，与海岸应当紧密相连。
总之，如果不能掌管后勤权，事事仰承北洋大臣，受官僚机构的牵制迁延，遇事必致贻误。而北洋大臣体制隆重，掌管水陆各军，还有政务，口理万机，不可能专精治于海军，又加上长居陆上，必然与海事相隔膜。其弊端在甲午战争中暴露无遗。
丁汝昌对舰队的后勤问题进行了多方交涉。但是由于其职权有限，无法对这些后勤部门发号施令，这样的体制在战时只能贻误军机。甲午海战后北洋海军对此曾有反思，如来远舰帮带张哲荣说:
“统帅无权。兵法瞬息万变，岂容泄露机宜，海军提督受制于北洋大臣，动辄必享命而行，每电覆未来，众莫知行止。敌布奸细，几于无地无之。我军情形均为所晓。兼之炮台、船坞，不特令不能从，且事多掣肘。南帮炮台失守，误却大局，可为明证。”。
镇远枪炮大副曹嘉祥、定远副管驾李鼎新、守备高承锡呈文说:
“海军提督须历练老成之水师官出身，又管辖各船坞、局、所之权，应专折奏事，或战或守，方得相机而行。海军提督无统辖之权，船坞局厂皆调动不灵，且多方牵制，号令所以难行。水师军械、船械两库，以及煤厂，务必设在水师驻防之处，专归统领节制。随时添足，按年配发。至军务之时取用亦便，以免备文请领，设辞推延，耽误大事。”
其次，水师提督对威海卫基地陆军无节制权。
威海卫海军基地是为了保障北洋海军兵力驻泊和机动而建立的军事基地，集指挥、通信、驻泊和岸防功能于一体。因此，威海除了有海军舰队之外，还有陆路护军和岸防炮兵，威海卫战役前夕，基地共有南帮炮台三座、护军4个营，北帮炮台三座、护军4个营，刘公岛炮台2座、护军2个营和口岛炮台1座。
但是驻节此处的丁汝昌却无法对炮台守军和护军进行指挥，由于威海陆海军互不统属，又缺乏统一协调的基地军事管理机构。因为战争进程中屡屡出现海陆军将领意见难以统一，相讼于李鸿章之事。而李鸿章又远在天津，难以对事实作出客观评价。
这样，由于海军基地指挥权的多元化，始终没有对基地后路防御做出有利的部署，对战争进程产生了极为不利的影响。甲午战后，北洋海军将领在总结呈文中，一针见血的指出：
“沿海各炮台水雷营等地，须归海军提督节制，作为一气。不舍唇齿相依。威海之败，诚为此也。”
可见，如何处理好海军基地海陆军的指挥权，以及基地守军和地方防军之间的指挥权问题，关系重大。
来稿/马腾
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