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阿里不哥最终丢掉汗位，我认为有这几个原因：
第一，阿里不哥没有战功。这是阿里不哥的硬伤。蒙古帝国的汗位继承方式，从成吉思汗开始，到蒙哥继位，从来就没有理顺过。不过，归纳起来，不外乎考虑三点：一是考量继承人的战功，二是上一任大汗的遗嘱，三是幼子守灶的传统。
（阿里不哥）
阿里不哥唯一占据优势的，是幼子守灶的传统。但是，这个传统，其实是在成吉思汗之前流行的，或者是在蒙古民间流行的，从成吉思汗开始，到窝阔台，到贵由，到蒙哥，从来没有执行过。也就是说，这基本上是一条被废了的传统。所以，就算这一点，阿里不哥也不占优势。
而战功，是立大汗最重要的一个考量。有一个实际的证明，为什么蒙哥会御驾亲征，亲自带领军队向南宋发动进攻？就是因为他看到忽必烈在经略漠南以后，立下了赫赫战功，获得了巨大的支持，他心里慌张，所以才会这样做。既然蒙哥作为大汗，没有战功，都忌惮忽必烈，何况是阿里不哥。
（忽必烈）
第二，支持阿里不哥的宗王都是没有实力的。我们看看阿里不哥召开忽里台推举大汗的大会上，支持他的宗王有哪些？
术赤家族来的人，是术赤的孙子忽里迷失和合刺察儿，可汗别儿哥则没有来。察合台家族来的人，是察合台的儿媳兀鲁忽乃、察合台的孙子阿鲁忽。窝阔台家族来的人，是窝阔台的孙子尔赤与海都。拖雷家族支持阿里不哥的，是已故大汗蒙哥的儿子玉龙答失等。在旁系宗王中，成吉思汗的幼弟帖木格的两个儿子塔察儿和别勒古台也派人来参会。
这一套阵容，看起来十分庞大。但是有一个问题，这些人都是闲王，手中都没有什么军队，在战争中也没立过什么战功。而手握重兵，又立下赫赫战功的几个人，旭烈兀、别儿哥、忽必烈，这最响亮的三个名字，都没有来，或者没有支持他。从某种意义上说，就算来了一百个宗王，也抵不上一个旭烈兀或一个别儿哥，而他们偏偏不支持。
因此，在没有实力的情况下，阿里不哥被推举，基本上是无效的。
（蒙哥）
第三、阿里不哥武力不行。其实，当蒙古的汗位发展到蒙哥的时候，武力威慑，已经替代其他三种方式，成为最重要的一种方式。蒙哥汗位的获得，就已经有拔都凭借武力，强行让汗位从窝阔台系转移到拖雷系的。因此，忽必烈和阿里不哥争夺汗位，武力更是起了决定性的作用。就算阿里不哥召开忽里台，让大家选他当了大汗，也没有一点用处。
所以，最后汗位就到了忽必烈手上。
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这个问题可能要从“拖雷监国”“史源”来悠起。拖雷监国13年。拖雷是铁木真的最小儿子，忽必烈的父亲。在成吉思汗一统中国的同时，铁骑展开了东进与西征。其“大帐（大本营）”按蒙古族人的传统习惯应由幼子“守帐”、“守窝”。成吉思汗是“大汗”“总汗”，分封了从亚洲到欧洲的汗国“分汗”“国汗”。由于拖雷就成了分汗国中央（中国）汗国的实际统治者，同时也负责对其他汗国统筹协调，代行“总汗”的一切权力。直到拖雷的二哥窝阔台在成吉思汗死后继承“大汗位”之后，拖雷才隐居幕后。但是，拖雷对蒙元政权影响仍然极深，蒙古贵族拥戴他继承汗位的呼声盖过窝阔台（因成吉思汗长子血统有疑），由于窝阔台随父“西征”，功劳极大，是成吉思汗遗命的汗位接班人。所以，大家只能遵从遗诏！
蒙元政权终究还是受拖雷的至深影响，窝阔台病逝后，汗位由其子贵由接任。贵由英年早逝，众贵族推举拖雷长子蒙哥接替了“汗位”。这样，“大汗位”经历两任大汗后，回到拖雷一脉。在蒙哥战死后的汗位长达五年之争中，虽然阿里不哥有“大本营”贵族拥立，但忽必烈有南方中央汗国政权的支持和拥戴。最后，以忽必 烈的胜利，阿里不哥的失败而告终。至此，元在中原地区的执政一脉，都是“拖雷一脉”。忽必烈“行汉法”，任用汉人管理财政与国库，遭到了蒙古贵族的强烈反对，以至于从属蒙古汗国与他分裂，不认其为“宗主国”。又因疆土拓展，连年征战，赋税高举不下，各民族苦不堪言。加上蒙古贵族歧视、掠夺各民族财富，造成多民族也因此起义不断。据史记，忽必烈在位期间各族起义过千次。蒙元政权，尽管横跨欧亚，剑指非洲，建立了若干个从属于“中央汗国”的属国。终因学汉、行汉、融汉、重汉等“汉化不够”主宰中原没有过百年。
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因为阿里不哥打不过忽必烈。蒙哥当时把重心放在了南宋，蒙元精锐尽在汉地。忽必烈身在前线，拥兵自重，进而黄袍加身。阿里不哥身处漠北，虽然西方汗国纷纷表示支持他，但是太远了，鞭长莫及。
必须说，内讧是蒙古人最大的问题，不然蒙元很有成为继汉唐之后第三个巅峰的潜力。
忽必烈继承汗位，在合法性上是有问题的。因为蒙古人的传统是幼子继位。成吉思汗死后，按照道理应该是拖雷接班，但是铁木真表示，继承虽然要看基本法，但是中央的决定也很重要。死前硬是指定了三子窝阔台。拖雷纵然不服，也没办法和成吉思汗的遗威抗衡，只好打落牙齿和血吞。窝阔台死后，蒙古贵族重新推举拖雷一系，当时拖雷其他儿子还小，而蒙哥是打过西征的，军中威望高，人面熟，于是被拔都和合丹这些老战友推了上去，接位大汗。蒙哥死后，按照传统来说，应该是小弟弟阿里不哥接班。而且蒙哥死前并没有明确传位给忽必烈的指示。所以忽必烈登基这事，四大汗国有三个表示了明确的反对。
其实到了这个时候，蒙古人，我是指汉地的蒙古人，忽必烈旗下，真正能打的，已经不是蒙古人了，而是汉人。比如说，我们知道，蒙古大汗必有怯薛军，蒙哥死后，他的怯薛军护送尸体一路北上回草原，顺带直接就效忠了阿里不哥，忽必烈于是就从部下汉人各个军头那里，抽调了三万人，组成了自己的怯薛军，叫御林军。那怯薛军咋办？干一点太监的活。忽必烈出征乃颜部的时候，怯薛长月赤察儿要求参战，忽必烈说，你天天就给我背好弓箭袋子就行了，跟那些卖命的抢什么功劳。
话说阿里不哥获得了大部分蒙古贵族的支持，在哈林以逸待劳等忽必烈北返，谁知道忽必烈直接在开平召开了一个忽里勒台大会，宣布自己是大汗了。阿里不哥顿时就怒了，这尼玛还有没有基本法了？拉开队伍准备开怼。
当时账面上阿里不哥的实力强于忽必烈，毕竟大部分蒙古人都是支持他的。但是别忘记本文开头说的，论内讧，蒙古人比汉人不知道强到哪里去了，阿里不哥旗下的蒙古人各属不同派系，互相看不上眼。被忽必烈旗下的汉军一顿摩擦，阿里不哥在汉地的军队基本被全歼在汉中地区。嗯，谁说汉人打不过蒙古人的？经过休整以后，当年冬天，直接拉进草原开始北伐。
就这么来来回回，打了五年，才算把阿里不哥打服，向忽必烈投降。一个月后，染病身亡。
九十多年后，朱元璋一路高歌猛进，把蒙元朝廷打得仓皇北窜，军队在捕鱼儿海被明军全歼，忽必烈的后裔在逃亡中被阿里不哥的后裔也速跌儿杀死。
天道轮回啊。
郝子曰
1259年7月，蒙哥汗在四川打钓鱼城时死去。他死后，忽必烈以长兄的资格于1260年3月在开平即皇帝位。拥护他的蒙古宗王有合丹（窝阔台汗第六子）、阿只吉、塔察儿、也先哥、忽喇忽儿、爪都等。
蒙哥汗的幼弟——阿里不哥，不仅继承母亲唆鲁和帖尼的吉利吉思欠欠州的封地，而且蒙哥汗出征前命他管理蒙古故地。他也认为自己有权继承大汗之位置，他于1260年4月在哈拉和林宣布为大汗。拥护他的宗王有阿速台、玉龙答失、海都、也速、脱里赤等。
阿里不哥也不是怂货，他派阿兰答儿南下，准备武力夺取关陇地区，作为获得粮食以及物资供应的根据地，以便于同忽必烈交战。阿兰答儿出兵不成功，被忽必烈军的合丹、汪良臣等部队击败于删丹。
同时，《元史》记载，忽必烈正亲率大军讨伐阿里不哥。阿里不哥命令旭烈兀之长子木哈儿同其他一些宗王南下会战，但被忽必烈的前锋也孙哥击溃。
《史集》中说，蒙古和林等地习惯上上依靠中原地区的供应粮食和酒类。忽必烈中断供给，导致这些地方出现饥荒。忽必烈随后大军到，很快就击溃阿里不哥。这时候山东发生李璮之乱，忽必烈下令回师，没有继续追击阿里不哥。阿里不哥被驱赶到欠欠州边境的玉须河（Yus）一带，手下将士们相当疲惫和不安。于是，阿里不哥派人像忽必烈求饶，并表示要亲自去称臣。
事情还没有罢休，一方面蒙古帝国各地的汗王、宗室，有支持忽必烈的，有支持阿里不哥，有来调节的，反正很热闹，另一方面阿里不哥不服输，还在整军备战。
经过1261年夏、秋两级的休养后，阿里不哥的人马又强壮起来。他便食言，又去进攻忽必烈。当他的军队接近也孙哥的驻地时，事先派人告知来投降，然后乘也孙哥无戒备，突袭击溃也孙哥的部队。逼得也孙哥逃进沙漠地带，迂回去向忽必烈报警。
接着的事情就很简单，双方再次开干。11月27日，这里发生好几场战役，就不详细述说，简单的说一下结果：没有谁彻底打赢另一方，最后双方各自撤兵。并且，直至1262年夏，双方都没发生战争。
阿里不哥没有进攻忽必烈，是因为他在收拾中亚的河中地带以及新疆的蒙古部众。由于，他在这里滥杀当地的部族，引发手下人的不满，大家都认为他残害成吉思汗缔造下的蒙古人。于是，绝大多数的人离开阿里不哥。
接着，1264年的春天，阿里不哥的驻地伊犁河谷的阿力麻里发生饥荒。又有很多人投奔驻扎在扎布堪河的玉龙答失，向忽必烈投降。在汉文史料里讲“西北诸王率部民来归。”
1264年秋，阿里不哥不得不向忽必烈投降。一场汗位之争正式结束，忽必烈成为蒙古帝国的最高统治者。
子屠龙
阿里不哥是不是真的拿到了皇帝玉玺呢？不大可能，如果有也是他自己刻制的不是猛哥的玉玺。忽必烈的谋士建议忽必烈说派遣一支军队把猛哥的灵舆请过来，收取皇帝玉玺。就这一句就证明玉玺不在阿里不哥手里在已死的猛哥手里。忽必烈把猛哥的丧葬队伍握在手里玉玺也就落在他手里了。
