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阿里不哥最終丟掉汗位，我認為有這幾個原因：
第一，阿里不哥沒有戰功。這是阿里不哥的硬傷。蒙古帝國的汗位繼承方式，從成吉思汗開始，到蒙哥繼位，從來就沒有理順過。不過，歸納起來，不外乎考慮三點：一是考量繼承人的戰功，二是上一任大汗的遺囑，三是幼子守灶的傳統。
（阿里不哥）
阿里不哥唯一佔據優勢的，是幼子守灶的傳統。但是，這個傳統，其實是在成吉思汗之前流行的，或者是在蒙古民間流行的，從成吉思汗開始，到窩闊臺，到貴由，到蒙哥，從來沒有執行過。也就是說，這基本上是一條被廢了的傳統。所以，就算這一點，阿里不哥也不佔優勢。
而戰功，是立大汗最重要的一個考量。有一個實際的證明，為什麼蒙哥會御駕親征，親自帶領軍隊向南宋發動進攻？就是因為他看到忽必烈在經略漠南以後，立下了赫赫戰功，獲得了巨大的支持，他心裡慌張，所以才會這樣做。既然蒙哥作為大汗，沒有戰功，都忌憚忽必烈，何況是阿里不哥。
（忽必烈）
第二，支持阿里不哥的宗王都是沒有實力的。我們看看阿里不哥召開忽裡臺推舉大汗的大會上，支持他的宗王有哪些？
朮赤家族來的人，是朮赤的孫子忽裡迷失和合刺察兒，可汗別兒哥則沒有來。察合臺家族來的人，是察合臺的兒媳兀魯忽乃、察合臺的孫子阿魯忽。窩闊臺家族來的人，是窩闊臺的孫子爾赤與海都。拖雷家族支持阿里不哥的，是已故大汗蒙哥的兒子玉龍答失等。在旁系宗王中，成吉思汗的幼弟帖木格的兩個兒子塔察兒和別勒古臺也派人來參會。
這一套陣容，看起來十分龐大。但是有一個問題，這些人都是閒王，手中都沒有什麼軍隊，在戰爭中也沒立過什麼戰功。而手握重兵，又立下赫赫戰功的幾個人，旭烈兀、別兒哥、忽必烈，這最響亮的三個名字，都沒有來，或者沒有支持他。從某種意義上說，就算來了一百個宗王，也抵不上一個旭烈兀或一個別兒哥，而他們偏偏不支持。
因此，在沒有實力的情況下，阿里不哥被推舉，基本上是無效的。
（蒙哥）
第三、阿里不哥武力不行。其實，當蒙古的汗位發展到蒙哥的時候，武力威懾，已經替代其他三種方式，成為最重要的一種方式。蒙哥汗位的獲得，就已經有拔都憑藉武力，強行讓汗位從窩闊臺系轉移到拖雷系的。因此，忽必烈和阿里不哥爭奪汗位，武力更是起了決定性的作用。就算阿里不哥召開忽裡臺，讓大家選他當了大汗，也沒有一點用處。
所以，最後汗位就到了忽必烈手上。
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這個問題可能要從“拖雷監國”“史源”來悠起。拖雷監國13年。拖雷是鐵木真的最小兒子，忽必烈的父親。在成吉思汗一統中國的同時，鐵騎展開了東進與西征。其“大帳（大本營）”按蒙古族人的傳統習慣應由幼子“守帳”、“守窩”。成吉思汗是“大汗”“總汗”，分封了從亞洲到歐洲的汗國“分汗”“國汗”。由於拖雷就成了分汗國中央（中國）汗國的實際統治者，同時也負責對其他汗國統籌協調，代行“總汗”的一切權力。直到拖雷的二哥窩闊臺在成吉思汗死後繼承“大汗位”之後，拖雷才隱居幕後。但是，拖雷對蒙元政權影響仍然極深，蒙古貴族擁戴他繼承汗位的呼聲蓋過窩闊臺（因成吉思汗長子血統有疑），由於窩闊臺隨父“西征”，功勞極大，是成吉思汗遺命的汗位接班人。所以，大家只能遵從遺詔！
蒙元政權終究還是受拖雷的至深影響，窩闊臺病逝後，汗位由其子貴由接任。貴由英年早逝，眾貴族推舉拖雷長子蒙哥接替了“汗位”。這樣，“大汗位”經歷兩任大汗後，回到拖雷一脈。在蒙哥戰死後的汗位長達五年之爭中，雖然阿里不哥有“大本營”貴族擁立，但忽必烈有南方中央汗國政權的支持和擁戴。最後，以忽必 烈的勝利，阿里不哥的失敗而告終。至此，元在中原地區的執政一脈，都是“拖雷一脈”。忽必烈“行漢法”，任用漢人管理財政與國庫，遭到了蒙古貴族的強烈反對，以至於從屬蒙古汗國與他分裂，不認其為“宗主國”。又因疆土拓展，連年征戰，賦稅高舉不下，各民族苦不堪言。加上蒙古貴族歧視、掠奪各民族財富，造成多民族也因此起義不斷。據史記，忽必烈在位期間各族起義過千次。蒙元政權，儘管橫跨歐亞，劍指非洲，建立了若干個從屬於“中央汗國”的屬國。終因學漢、行漢、融漢、重漢等“漢化不夠”主宰中原沒有過百年。
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因為阿里不哥打不過忽必烈。蒙哥當時把重心放在了南宋，蒙元精銳盡在漢地。忽必烈身在前線，擁兵自重，進而黃袍加身。阿里不哥身處漠北，雖然西方汗國紛紛表示支持他，但是太遠了，鞭長莫及。
必須說，內訌是蒙古人最大的問題，不然蒙元很有成為繼漢唐之後第三個巔峰的潛力。
忽必烈繼承汗位，在合法性上是有問題的。因為蒙古人的傳統是幼子繼位。成吉思汗死後，按照道理應該是拖雷接班，但是鐵木真表示，繼承雖然要看基本法，但是中央的決定也很重要。死前硬是指定了三子窩闊臺。拖雷縱然不服，也沒辦法和成吉思汗的遺威抗衡，只好打落牙齒和血吞。窩闊臺死後，蒙古貴族重新推舉拖雷一系，當時拖雷其他兒子還小，而蒙哥是打過西征的，軍中威望高，人面熟，於是被拔都和合丹這些老戰友推了上去，接位大汗。蒙哥死後，按照傳統來說，應該是小弟弟阿里不哥接班。而且蒙哥死前並沒有明確傳位給忽必烈的指示。所以忽必烈登基這事，四大汗國有三個表示了明確的反對。
其實到了這個時候，蒙古人，我是指漢地的蒙古人，忽必烈旗下，真正能打的，已經不是蒙古人了，而是漢人。比如說，我們知道，蒙古大汗必有怯薛軍，蒙哥死後，他的怯薛軍護送屍體一路北上回草原，順帶直接就效忠了阿里不哥，忽必烈於是就從部下漢人各個軍頭那裡，抽調了三萬人，組成了自己的怯薛軍，叫御林軍。那怯薛軍咋辦？幹一點太監的活。忽必烈出征乃顏部的時候，怯薛長月赤察兒要求參戰，忽必烈說，你天天就給我背好弓箭袋子就行了，跟那些賣命的搶什麼功勞。
話說阿里不哥獲得了大部分蒙古貴族的支持，在哈林以逸待勞等忽必烈北返，誰知道忽必烈直接在開平召開了一個忽裡勒臺大會，宣佈自己是大汗了。阿里不哥頓時就怒了，這尼瑪還有沒有基本法了？拉開隊伍準備開懟。
當時賬面上阿里不哥的實力強於忽必烈，畢竟大部分蒙古人都是支持他的。但是別忘記本文開頭說的，論內訌，蒙古人比漢人不知道強到哪裡去了，阿里不哥旗下的蒙古人各屬不同派系，互相看不上眼。被忽必烈旗下的漢軍一頓摩擦，阿里不哥在漢地的軍隊基本被全殲在漢中地區。嗯，誰說漢人打不過蒙古人的？經過休整以後，當年冬天，直接拉進草原開始北伐。
就這麼來來回回，打了五年，才算把阿里不哥打服，向忽必烈投降。一個月後，染病身亡。
九十多年後，朱元璋一路高歌猛進，把蒙元朝廷打得倉皇北竄，軍隊在捕魚兒海被明軍全殲，忽必烈的後裔在逃亡中被阿里不哥的後裔也速跌兒殺死。
天道輪迴啊。
郝子曰
1259年7月，蒙哥汗在四川打釣魚城時死去。他死後，忽必烈以長兄的資格於1260年3月在開平即皇帝位。擁護他的蒙古宗王有合丹（窩闊臺汗第六子）、阿只吉、塔察兒、也先哥、忽喇忽兒、爪都等。
蒙哥汗的幼弟——阿里不哥，不僅繼承母親唆魯和帖尼的吉利吉思欠欠州的封地，而且蒙哥汗出征前命他管理蒙古故地。他也認為自己有權繼承大汗之位置，他於1260年4月在哈拉和林宣佈為大汗。擁護他的宗王有阿速臺、玉龍答失、海都、也速、脫裡赤等。
阿里不哥也不是慫貨，他派阿蘭答兒南下，準備武力奪取關隴地區，作為獲得糧食以及物資供應的根據地，以便於同忽必烈交戰。阿蘭答兒出兵不成功，被忽必烈軍的合丹、汪良臣等部隊擊敗於刪丹。
同時，《元史》記載，忽必烈正親率大軍討伐阿里不哥。阿里不哥命令旭烈兀之長子木哈兒同其他一些宗王南下會戰，但被忽必烈的前鋒也孫哥擊潰。
《史集》中說，蒙古和林等地習慣上上依靠中原地區的供應糧食和酒類。忽必烈中斷供給，導致這些地方出現饑荒。忽必烈隨後大軍到，很快就擊潰阿里不哥。這時候山東發生李璮之亂，忽必烈下令回師，沒有繼續追擊阿里不哥。阿里不哥被驅趕到欠欠州邊境的玉須河（Yus）一帶，手下將士們相當疲憊和不安。於是，阿里不哥派人像忽必烈求饒，並表示要親自去稱臣。
事情還沒有罷休，一方面蒙古帝國各地的汗王、宗室，有支持忽必烈的，有支持阿里不哥，有來調節的，反正很熱鬧，另一方面阿里不哥不服輸，還在整軍備戰。
經過1261年夏、秋兩級的休養後，阿里不哥的人馬又強壯起來。他便食言，又去進攻忽必烈。當他的軍隊接近也孫哥的駐地時，事先派人告知來投降，然後乘也孫哥無戒備，突襲擊潰也孫哥的部隊。逼得也孫哥逃進沙漠地帶，迂迴去向忽必烈報警。
接著的事情就很簡單，雙方再次開幹。11月27日，這裡發生好幾場戰役，就不詳細述說，簡單的說一下結果：沒有誰徹底打贏另一方，最後雙方各自撤兵。並且，直至1262年夏，雙方都沒發生戰爭。
阿里不哥沒有進攻忽必烈，是因為他在收拾中亞的河中地帶以及新疆的蒙古部眾。由於，他在這裡濫殺當地的部族，引發手下人的不滿，大家都認為他殘害成吉思汗締造下的蒙古人。於是，絕大多數的人離開阿里不哥。
接著，1264年的春天，阿里不哥的駐地伊犁河谷的阿力麻裡發生饑荒。又有很多人投奔駐紮在扎布堪河的玉龍答失，向忽必烈投降。在漢文史料裡講“西北諸王率部民來歸。”
1264年秋，阿里不哥不得不向忽必烈投降。一場汗位之爭正式結束，忽必烈成為蒙古帝國的最高統治者。
子屠龍
阿里不哥是不是真的拿到了皇帝玉璽呢？不大可能，如果有也是他自己刻制的不是猛哥的玉璽。忽必烈的謀士建議忽必烈說派遣一支軍隊把猛哥的靈輿請過來，收取皇帝玉璽。就這一句就證明玉璽不在阿里不哥手裡在已死的猛哥手裡。忽必烈把猛哥的喪葬隊伍握在手裡玉璽也就落在他手裡了。
