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學費差距
這是最為明顯的一個差別。從普通專業來講，公辦學校可能是5000塊錢左右的學費，而到了民辦的話是一萬六七。所以四年下來，學費差距就在5萬塊錢左右。
社會認可度
社會還是對公辦學校比較認可。對三本高校的畢業生是有一點區別認識。所以在企業招聘考錄的過程中，三本有時候會受到一些歧視。
獨立學院還公立學校舉辦的獨立學院，有民營企業辦的獨立學校。
公辦大學舉辦的獨立學院比其他的更好一些。
在大部分的情況下差別比較小，甚至有的三本院校的錄取分都要超過二本線。
大學專業深一度
隨著社會的不斷髮展，很多省份已經將二本和三本合併，沿海發達省份已經將一本、二本、三本全部合併統稱本科，但事實上公辦和民辦還是存在的。公辦二本和民辦三本存在兩個區別：
一、學雜費的巨大區別
民辦三本學雜費是公辦二本學雜費的3-5倍。
雖說公辦大專（高職）學雜費很低，畢業生在社會上也廣受歡迎，但不管怎麼說畢竟叫大專（高職），就比民辦三本低一個層次，其實現代社會一般家庭也支付得起民辦三本的學雜費。
有人說讀民辦三本不如讀公辦大專（高職），其實真正受歡迎的大專（高職）也不多，好的大專（高職）也很難進，例如深圳職業技術學院，全國高職院校類第一名，畢業生在企業簡直就是供不應求，但是很多人或許還不知道，深圳職業技術學院錄取分數線是超過公辦二本的。
二、認可度的微小區別
一些企業招工，有點歧視民辦三本。
有的民辦三本從畢業證上的校名（院名）一看就知道（例如廣東白雲學院、廣東東軟學院、廣東培正學院等），但是一些民辦三本院校，校名（院名）十分大器，一般人看不出是民辦三本（例如：廣州商學院、廣東科技學院、廣東理工學院、廣州工商學院等）。
英雄不問出處，有一點特別說明，政府絕對不會歧視民辦三本，如果報考公務員、事業編等，只要是本科畢業，民辦三本和公辦二本、公辦一本，哪怕是“985”、“211”，都是沒有區別的。
長天含秋
公辦二本和民辦三本是存在較大差別的，主要區別有三個。區別＜一＞公辦二本一般有明確的收費標準，民辦三本一般根據學校實際情況收費。（收費標準根據校環境，伙食，管理，師資等等。）區別＜二＞根據社會實際情況公辦二本比民辦三本更容易就業，如我是有名的企業，我都會招公辦二本畢業生，因為公辦二本是國家認可的，不存在著用人風險。區別＜三＞以校名譽公辦二本可參加各種運動賽或奧運會，民辦三本是沒有參賽資格的。
