隋仁壽二年（公元602年）八月二十四日午夜，獨孤皇后於永安宮奄然而逝，這對垂暮隋文帝的打擊是毀滅性的，她的死標誌著其大展宏圖時代的結束。皇后崩年五十九，“年過五十不稱夭”，在當時社會條件下也不算低壽。然而時年六十二歲，和她整整做了四十五年夫妻的隋文帝仍像個熱血衝動的熱戀少年，縱情而放肆地追懷著他深愛的妻子，其用情之深、思戀之苦，實在讓人不忍卒讀。
也許是皇后從病發開始起，隋文帝早已失魂落魄得人盡皆知。皇后剛剛去世，非常善於把握上意的著作郎王劭立刻上書安慰文帝稱：皇后是聖德仁愛的觀世音菩薩下凡，她的死亡只是在諸天神佛的迎接中歸位而已。隋文帝讀後，“且悲且喜”。另一位天竺高僧同樣聲稱皇后是被諸神佛迎接到西方阿彌陀淨土，悲喜交集的隋文帝激動之下賜物兩千餘段。這種數額的賞賜一般只有身死王事、忠義節烈立下巨大功勞的人才能得到。要何等深厚的恩愛之情，才會讓他傻傻地用這種不經之語來麻醉自己。
獨孤皇后的喪事規格之高，是異常罕見的：皇后喪事由隋朝尚書左僕射（也就是宰相）楊素親自負責。楊素不僅要統籌安排喪葬各項事宜，而他身為宰相居然帶著人馬日曬雨淋，親自到荒郊野外之中為皇后尋找福地。不僅如此，選好地址為皇后建設山陵時，楊素也始終堅持在第一線，凡事親力親為、辛苦不已，連隋文帝都被他感動了。隋文帝后來在表彰楊素的詔書中稱，楊素為皇后尋訪山陵辦後事的功勞，比他南征北戰平戎定寇的功績還重要。楊素是平陳統一全國的一支主力，之後又轉戰江南各地兩年多平叛，而且開皇末年數次出擊突厥。也就是說，在隋文帝看來，皇后等同於他的人生功業。
皇后的喪儀史書沒有記載細節，不過從佛教典籍裡透露的一鱗半爪，可以想象當初葬禮的盛大。根據《續高僧傳》等記載，“獻後之喪，福事宏顯”。皇后去世後，隋文帝即召高僧大德五十餘人進宮，在皇宮內舉行了七七四十九天的宏大法會超度皇后亡魂，然後又講《淨名經》(即《維摩詰經》)，皇太子楊廣親臨聽講，參加的大德皆為“四海宗師，一時翹楚”。據《續高僧傳》記載，有善權、立身、智脫、慧海等。此外，漢王楊諒從晉陽帶回高僧志念，自為施主，為母親經營法祀。揚州的天台國清寺也為大行皇后舉辦法事祈福超度，隋文帝厚加賞賜。
隋朝為獨孤皇后上諡號為“獻”，根據《逸周書》對諡法的解釋，獻者：聰明睿智曰獻、賢德有成曰獻、智能翼君曰獻。同年閏十月，隋文帝又做了一件相當震撼的舉動：晚年迷信、已經62歲的他，決定親自為妻送葬。術士蕭吉勸諫和告誡道：“根據陰陽書，皇帝今年送葬對自身是不利的”。隋文帝卻置之不理。垂暮的他冒著嚴寒親自奔波了數百里把愛妻送到太陵陵園。當初他把14歲的小新娘伽羅接回來，她從此成為了他血肉相融的一部分，如今陰陽兩隔，他要陪著心愛的伽羅走完人生最後一程。
仁壽四年七月，隋文帝病逝，十月帝后合葬太陵。大業年間，隋煬帝曾在太陵立寺為父母祈禱冥福。太陵位於今天陝西省咸陽市楊凌區三畤原上的五泉鎮王上村，陵寢至今猶存。經過考古勘探，證實了太陵確為文獻所記載的“同墳而異穴”，也即帝后各自擁有獨立墓室，位於同一封土之下。這表明禮制在尊崇“一人之下，萬人之上”的皇后地位時，同時也注重家庭關係。
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