去掉了兵變之患，又清除了東林後七君子後，魏忠賢對東林黨斬盡殺絕，進入最後階段——搗毀東林書院。
曾經是天下讀書人聖地，雲者萬人之眾的東林書院一夜之間，化為一片廢墟。 這還不算，魏忠賢對書院已經達到恨屋及烏狀態，對全國書院下達封殺令，下令拆毀全國所有書院。
此時，魏忠賢把所有的仇人都想起來了，瘋狂報復。三宮案中表現突出的東林“漏網之魚”，一併由此遭到清算。
挺擊案中主審，刑部主事王之寀，此時已是刑部右侍郎，但是仍未能倖免遭害。他不是搞個《復仇疏》嗎？這會閹黨給他來個反覆仇。魏忠賢指示黨羽竭力詆譭王之寀，王之寀被革職。之後又被劃入汪文言案（六君子前案）。魏黨誣指王之寀敲詐鄭貴妃的弟弟、國舅鄭國泰兩萬兩黃金，逮王之寀下獄，最後，王之寀與東林六君一樣慘死於獄中。
挺擊案中上疏發難鄭貴妃姐弟的言官何士晉，此時已是兵部右侍郎、總督兩廣軍務兼巡撫廣東，但也無法抗衡魏黨勢力，遭魏黨誣陷被革職，不久憂憤而死。
紅丸案中指責浙黨內閣的禮部尚書孫慎行，在魏黨撰寫的《三朝要典》中，被指為罪魁，魏忠賢唆使天啟帝下詔，將孫慎行發配西北邊陲寧夏。
就連魏忠賢講和不成的東林溫和派韓爌，也遭到魏的報復，魏忠賢傳聖旨“責爌獨霸內閣，其他名臣形同伴食”，說這個老傢伙獨霸內閣，把其他閣臣都當自己隨從，圖謀不軌。韓爌遭此彈劾很害怕，便上疏退休。魏忠賢並不罷休，藉口他事，誣陷韓爌貪贓白銀二千兩，韓爌只得出賣田宅和向親友借貸，償還了所謂“贓銀”，以至無處棲身而居於先人墓地，落魄到墳邊落腳了。
《明史》用了八個字來形容“東林黨”當時慘狀：“累累相接，駢首就誅。”也就是說，東林黨人遭到滅頂之災，一排排骨幹頭領悉數被殺。
值得一提的是，就在東林黨蒙難之際，齊楚浙諸黨趁火打劫，靠攏魏忠賢，慫恿魏忠賢殘酷鎮壓東林黨人、興起黨獄﹐並推波助瀾，合力編造黑名單，《點將錄》《天鑑錄》《同志錄》之外，又加《雷平錄》《剃裨錄》《蠅蚋錄》《蝗蝻錄》四冊﹐合稱“東林七錄”，凡列名者，活著的開除公職，死了的追奪功名。協助魏忠賢，意欲將東林黨人一網打盡。
這種行徑，充分暴露了他們就是一群蠅營狗苟、唯利是圖的利益集團，爭的就是名利，與道義無關。僅憑這一點，他們就無法與東林相提並論，也無法形成東林黨人般的歷史影響力。
魏忠賢搗毀東林書院後，朝中東林黨勢力被魏黨徹底消滅，朝廷要員全部換上閹黨成員，可謂善類一空。然後，魏忠賢令閣員會修《三朝要典》，將東林黨定性為亂黨，將東林人所涉大三大案重新理論定調。
關於梃擊案，他們是這樣評述的：
“以此來開骨肉之爭，誣陷皇祖(萬曆帝)，有負先帝(泰昌帝)”。說東林黨利用此案挑撥皇帝父子關係，愧對先帝託孤之恩。
對紅丸案，論述得則更“精闢”：
“創‘不嘗藥’之說，妄說先帝(泰昌帝)駕崩不得善終”。說東林黨人竟然將光宗之死，瞎猜為不得好死。大逆不道。
對移宮案，則直論“楊漣等人勾結王安，故意加重李選侍之罪，以邀擁戴之功。”說那是楊漣這幫人勾結太監王安，危言聳聽，意在邀功求賞。
結論是：東林人不是有功之臣，而是三案罪魁禍首，將他們繩之以法，是他們罪有應得。
關於三宮案，我們在前面幾集都分別講過了，東林黨人的表現，總得來說算得上是忠君為國，但是經過《三朝要典》這麼一編排，這麼一翻案處理，東林黨人統統變成了三宮案的反派了。
治罪，清洗，定調。完成了這一系列動作後的魏忠賢終於鬆了口氣。
此時，時鐘指向公元1626年即天啟六年九月。打敗了東林黨的魏忠賢總攬朝內外一切大權，政治生涯達到頂峰，儼然已成名副其實的“代皇帝”。這一年雖然還叫天啟年，但實際上卻進入了貨真價實的魏忠賢獨裁時代。
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