一是高校、科研机构有效供给不足。高校、科研机构是科技成果的主要来源，而大部分高校院所的科研成果是基于科研兴趣或者是前沿热点，没有真正形成以需求为导向、以市场为依归的研发模式。这造成科研人员的技术研发活动在立项阶段就可能与市场需求不一致，导致具有转化价值的成果比例不高。
由于不需要经历市场竞争，高校院所的科研活动动力不足，难以与市场贴近，大部分科技成果很多时候与企业的现实需求是错位和脱节的。导致高校院所的科技成果看起来十分丰厚，但真正能转化为现实生产力，成为有效供给的成果却很少。
现行考核体系下“重研发、轻转化”“重论文、轻专利”等现象仍然存在，这导致科研人员片面追求发表论文的数量，对转化科技成果的市场意识和积极性都不强烈。大量科技成果仅仅成为课题或项目完成的标识而被束之高阁，未能通过转让、许可、技术作价入股、创办企业等形式得到应用并转化为现实生产力。
二是企业科技成果转化能力不够。现在不能单纯地就转化谈转化，而是要面向市场，企业在科技成果转化中要承担主体作用，形成科技成果从研发到市场化的渠道。但目前在科技成果转化能力方面，90%以上的企业研发、转化科技成果的动力能力不足。国企大而不强、外企强而不为、民企长而不大，中小企业大多处于产业低端，对成果转化“有心无力”。
我国企业的主体是中小企业，最 需要技术支持，但总体来看又最缺乏技术创新和转化的条件。中西部地区的一些省份，90%以上的企业没有研发活动，购买专利和改造生产线的能力弱，难以依靠科技进步经营企业。国有企业技术人才多，研发条件好，因考虑科技投入风险大、见效慢，一般只对现有的生产要求开展科研，一些科技含量高、市场潜力大但要过一定时间见成效的科技成果难以在企业转化和推广应用。
企业吸收技术尤其是高新技术的能力与动力不足是科技成果转化短板之一。由于科技成果在转化过程中存在技术不成熟、市场需求不确定、与科研机构整合难等问题，企业不愿单独承担运用新技术开发新产品所需的高额资金与风险，而是倾向于追求快速反应、低成本及高利润的技术成果。科技成果中还存在大量的隐性知识，单独依靠企业是难以完全了解和掌握的，这也限制了知识转移和科技成果转化。
多数情况下，企业并不具备单独的研发能力。企业能否带动高校、科研机构以及金融、投资等机构参与成果转化和技术创新，目前看来还存在困难。例如，虽然高校、科研院所和企业之间往往能够以协议的方式建立合作关系，但“貌合神离”现象突出，科技成果与产业应用脱节的问题尚未解决。
