一是高校、科研機構有效供給不足。高校、科研機構是科技成果的主要來源，而大部分高校院所的科研成果是基於科研興趣或者是前沿熱點，沒有真正形成以需求為導向、以市場為依歸的研發模式。這造成科研人員的技術研發活動在立項階段就可能與市場需求不一致，導致具有轉化價值的成果比例不高。
由於不需要經歷市場競爭，高校院所的科研活動動力不足，難以與市場貼近，大部分科技成果很多時候與企業的現實需求是錯位和脫節的。導致高校院所的科技成果看起來十分豐厚，但真正能轉化為現實生產力，成為有效供給的成果卻很少。
現行考核體系下“重研發、輕轉化”“重論文、輕專利”等現象仍然存在，這導致科研人員片面追求發表論文的數量，對轉化科技成果的市場意識和積極性都不強烈。大量科技成果僅僅成為課題或項目完成的標識而被束之高閣，未能通過轉讓、許可、技術作價入股、創辦企業等形式得到應用並轉化為現實生產力。
二是企業科技成果轉化能力不夠。現在不能單純地就轉化談轉化，而是要面向市場，企業在科技成果轉化中要承擔主體作用，形成科技成果從研發到市場化的渠道。但目前在科技成果轉化能力方面，90%以上的企業研發、轉化科技成果的動力能力不足。國企大而不強、外企強而不為、民企長而不大，中小企業大多處於產業低端，對成果轉化“有心無力”。
我國企業的主體是中小企業，最 需要技術支持，但總體來看又最缺乏技術創新和轉化的條件。中西部地區的一些省份，90%以上的企業沒有研發活動，購買專利和改造生產線的能力弱，難以依靠科技進步經營企業。國有企業技術人才多，研發條件好，因考慮科技投入風險大、見效慢，一般只對現有的生產要求開展科研，一些科技含量高、市場潛力大但要過一定時間見成效的科技成果難以在企業轉化和推廣應用。
企業吸收技術尤其是高新技術的能力與動力不足是科技成果轉化短板之一。由於科技成果在轉化過程中存在技術不成熟、市場需求不確定、與科研機構整合難等問題，企業不願單獨承擔運用新技術開發新產品所需的高額資金與風險，而是傾向於追求快速反應、低成本及高利潤的技術成果。科技成果中還存在大量的隱性知識，單獨依靠企業是難以完全瞭解和掌握的，這也限制了知識轉移和科技成果轉化。
多數情況下，企業並不具備單獨的研發能力。企業能否帶動高校、科研機構以及金融、投資等機構參與成果轉化和技術創新，目前看來還存在困難。例如，雖然高校、科研院所和企業之間往往能夠以協議的方式建立合作關係，但“貌合神離”現象突出，科技成果與產業應用脫節的問題尚未解決。
