PCR分幾種？別再犯暈分不清了（附引物設計網站）

PCR分幾種？別再犯暈分不清了（附引物設計網站）

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聚合酶鏈式反應（Polymerase Chain Reaction，PCR）是一種用於放大擴增特定的DNA片段的分子生物學技術，在生物、臨床、法醫甚至考古等多個領域有廣泛的應用。然而，PCR 究竟分為幾類？區別與聯繫又是什麼？

一、PCR與RT-PCR

眾所周知，PCR的原理是將模板DNA （template DNA）特定擴增放大的反應。模板DNA可以用基因組DNA等作為模板，也可以用RNA鏈逆轉錄（reverse transcription， RT）成為互補DNA （complementary DNA， cDNA），再以此為模板通過PCR進行 DNA擴增。一般來說，如果如果使用逆轉錄的cDNA作為模版，那麼就可以稱為RT-PCR（reverse transcription-PCR, 逆轉錄 PCR）。簡單說，RT-PCR就是在基本PCR反應之前有RNA逆轉錄（RT）的過程，並以逆轉錄的產物cDNA進行PCR擴增。

二、那什麼是 qPCR、real-time PCR？

其實 qPCR（quantitative PCR ）和Real-time PCR是一回事，都是實時定量PCR，指的是PCR過程中每個循環都有數據的實時（real-time）記錄，因此可以對起始模板數量進行精確的分析。其原理是在PCR反應體系中加入熒光基團，利用合成雙鏈DNA過程中加入的熒光信號積累實時監測整個PCR進程，因而也稱為實時熒光定量PCR （real-time fluorescent quantitative PCR）。

特別注意：雖然real-time PCR和 reverse transcription PCR（反轉錄PCR）英語語法上都可以縮寫為RT-PCR，而且文獻中出現頻率都不低。但是，國際上的約定俗成的是：RT-PCR特指反轉錄PCR，而real-time PCR一般縮寫為 qPCR（real-time PCR➡quantitative real-time PCR➡qPCR）。這一點不僅中國科研員偶有混淆，外國科學家也有很多分不清。

三、什麼是 qRT-PCR？

quantitative RT-PCR中間的“RT”是 reverse transcription（逆轉錄）的意思，。qRT-PCR指的是 qPCR+RT-PCR的組合，是說將mRNA逆轉錄為cDNA後再作為模板進行實時熒光PCR分析。同樣的，因為qPCR=real-time PCR=quantataive real-time PCR,所以qRT-PCR=RT-qPCR(reverse transcription qPCR)=RRT-PCR(real time RT-PCR,這種縮寫比較少見)。

簡單說，小李個人認為，RT-PCR是從反應模板的角度命名，即模板是否為逆轉錄（RT）生成的cDNA； qPCR是從方法的角度命名，即該方法是否能夠實時定量，兩者不是互斥概念，二者結合就是qRT-PCR。

四、除了qRT-PCR外，RT-PCR是否可以定量？

其實PCR的產物都可以用兩種方法定量：一種是real-time PCR，即實時定量PCR（qPCR）；另一種是End-point PCR，即終點定量PCR終點定量PCR是在PCR反應結束後通過對產物染色、獲取照片後分析、定量的方法。由於步驟繁瑣，主觀性強，定量不準確、不能實時監控等缺點，在qPCR技術出現後已被逐漸取代，而qPCR則是目前為止最有效、最靈敏的核酸檢測金標準方法。

重點總結：

1. RT-PCR是逆轉錄PCR，一定涉及RNA逆轉錄成cDNA的過程；

2. 檢測RNA表達含量的PCR一定是RT-PCR的一種；反之，如果模板不是RNA轉錄成的cDNA，切忌寫成RT-PCR;

3. real-time PCR的縮寫不是RT-PCR，而是qPCR,中文名稱是實時定量（熒光）聚合酶鏈式反應；

4. qPCR、real-time PCR、quantataive real-time PCR三者等同;

5. quantataive real-time PCR 不能縮寫成qRT-PCR;

6. qRT-PCR、RT-qPCR、RRT-PCR三者等同，既屬於RT-PCR，又屬於qPCR。

最後，分享幾個PCR中好用的網站

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene 美國國立生物技術信息中心基因網站，查詢基因序列的權威網站。

http://www.genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr?command=start

http://bisearch.enzim.hu/

兩個機構的網站，數據可能權威性不足，僅供參考。

此外 Oligo 6.0和Primer 5.0 是目前常見的兩個引物設計軟件。

1. Rajeevan MS, Vernon SD, Taysavang N, Unger ER (February 2001). "Validation of array-based gene expression profiles by real-time (kinetic) RT-PCR". J Mol Diagn. 3 (1): 26–31. doi:10.1016/S1525-1578(10)60646-0. PMC 1907344.

2. https://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_chain_reaction

3. https://www.biomart.cn/experiment/430/457/463/240494.htm

關鍵字: 定量PCR cDNA RT-PCR