填料投放階段
1.填料投加時，觀察是否出現堆積現象，一旦出現堆積停止投放。等第二天繼續觀察再投加。
2.投放填料時，採用間歇式曝氣，夜間可持續曝氣，但是需要減少曝氣量。
3.運行24小時後，連續進水2-3小時，再繼續上述曝氣，運行48小時後，觀察填料上的掛膜情況，並加大進水量延長進水時間，檢查池內溶解氧狀況，最好保持在1.5-2.0mg/L左右。運行72小時後，聯繫進水並逐步加到設計要求，根據常規檢查進水出水的水質值班，預計7天左右可到設計水質要求。
生物膜的培養階段
所謂生物膜的培養就是通過一定的手段，使處理系統中產生並積累一定量的微生物、使填料上的生物膜達到一定厚度，其培養方式主要有靜態培養和動態培養。
1.靜態培養
所謂的靜態培養是:為了防止新生微生物隨水流走，儘可能的提供微生物與填料層的接觸時間，為加快生物膜的形成，開始階段為了避免由於廢水營養單一，故每天一次以BOD5;N:P=100:5:1比例投加尿素、二胺、白糖等營養底物。首先將接種汙泥(10%生化有效體積)和廢水泵打入生化池內，然後開始曝氣培養。生化池內填料的堆放體積按反應池有效容積35%~40%。靜置4-5h不曝氣，使固著態微生物接種到填料上，然後曝氣1h，再靜置2h，曝氣1h，重複操作，4-5天后，填料表面已全部掛上生物膜，第6天開始連續小水量進水。
2.動態培養
經過6天的悶曝培養，填料表面已經生長了薄薄一層黃褐色生物膜，故改為連續進水，進行動態培養，調整進水量，控制溶解氧在2~4mg/L之間(用溶氧儀測定溶解氧)。約15天之後，填料上有一些變形蟲、漫遊蟲(用生物顯微鏡觀察)，手摸填料有粘性、滑膩感，在20天以後出現鞭毛蟲、鍾蟲、草履蟲遊離菌等原生動物。在經過20天的培養出現輪蟲、線蟲等後生動物，標誌生物膜已經長成。可以開始連續工業運行。
生物膜的馴化階段
馴化的目的是選擇適應實際水質情況的微生物，淘汰無用的微生物，對於有脫氮除磷功能的處理工藝，通過馴化使硝化菌、反硝化菌、聚磷菌成為優勢菌群。具體做法是首先保持工藝的正常運轉，然後，嚴格控制工藝控制參數，DO平均應控制在2~3mg/l之間，好氧池曝氣時間不小於5小時，在此過程中，每天做好各項水質指標和控制參數的測定，當生物膜的平均厚度在0.2-0.5mm左右生物膜培養即告成功，直到出水BOD5、SS、CODCr等各項指標達到設計要求。
MBBR生物填料選擇
1.材質
MBBR工藝是一次性投加，無須更換生物填料的新型工藝，所以對材質的要求很高，一般選用高純淨度的HDPE材質的生物填料壽命可以達到15年以上。如果使用劣質材質，很容易在後期使用工程中，導致生物填料碎裂，堵塞管道。
2.生產工藝水準
生物填料通過流體力學設計幾何結構，一般為圓柱形多孔狀為主，在製作工程中對生產方的生產工藝技術要求極高，從模具的開發到專業的生產機器和生產過程中溫度，速度的調試都很重要。比如一些壁厚不均的生物填料，很容易韌性不足。
3.比表面積
生物填料的比表面積直接影響到單位立方水體中培養的微生物數量，而培養的微生物數量越多，處理汙水能力就越強。但是在實際的填料選擇中並不是只考慮生物填料的比表面積，同時也要考慮填料的直徑大小和孔隙大小。填料直徑大小和攔截網的孔徑相關。填料的孔隙大小，會影響比表面積大小的同時，也會影響到老化生物膜是否容易脫落，目前市場上有些MBBR生物填料比表面積很大，但是孔隙很小，前期掛膜後處理效果很好，但是實際運行一兩年後，老化的生物膜不能脫落，導致後期水質無法達標。
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