清光绪二十九年（1903），广南中学借光孝寺内虞仲翔先生祠为校址，同年八旗小学借用大殿后房屋。
到了军阀时期和国民党时期，改为市立第五小学。私立越华小学，借用寺东房屋。后改为市立二十七小学，嗣又改为中南中学。1913年某军乐队借用西铁塔一带双桂堂等房屋，嗣为广东法官学校借用，后改为广东法科学院。同年警监学校借用，后改为警官学校，同时广东课吏馆亦曾借用。寺内钟楼、鼓楼、昆卢殿、五祖殿等，都被法官学校拆去。东廊、西廊、客堂寺，被警监学校拆去。大门原为明代建筑物，被法科学院拆毁，改为洋楼。当时很多民众反对、劝止，学校置之不理。
1937年，法科学院停办时，将全寺房屋交回。当时寺僧和佛教四众，正拟恢复光孝古刹丛林，适值抗战开始，军队借驻，事遂搁置。
广州沦陷时，光孝寺为日伪“鸣嵩纪念学校”及日伪广东大学附中所占用。抗战胜利后，又为省立文理学院临时校址。该学院迁出后，佛教界为纪念佛教圣地，保存文物古迹，认为亟应收回，恢复光孝本来面目，曾经请准省府转令市府发布保护光孝寺的布告，嗣后无论机关、学校、部队、团体、个人等，一律不得占住、借用。当佛教界正在筹备恢复光孝寺面貌，而行政院竟徇司法行政部之请，指拨该寺为广州地方法院院址，当时佛教群众力争，行政院又藉口无证据，无理拒绝。佛教界即刻缴出以前各校借用确据，据理力争。行政院理屈词穷，始批准发还。谁料省府又故弄玄虚，竟任令省立艺术专科学校暗中迁入，强占寺内各殿堂房屋。佛教界虽为保存光孝文物古迹迭与力争，但省府教厅置若罔闻，佛教界只好吞声饮恨。此足见国民党政府之欺骗人民，损害佛教数千年历史文物古迹之梗概。
传闻光孝寺被该艺术学校占用后，寺内三尊大佛、六侍者、十八罗汉、四大天王、禅宗初祖，以及慧能六祖等共有60多尊塑像，破坏无存。该寺佛像造自唐代，庄严端妙，无与伦比，不但为佛教之瑰宝，实是古代艺术之结晶，一旦无端破坏，其损失无可补偿，一般识者莫不悼叹！
三宝大佛被毁后，佛座中发现木雕像、铁铸像，或文或武，或坐或立，或信士或罗汉，身有涂金和敷彩造像，约五六十躯，无头者占多数。该校选其完整者留存，余皆变作坭土扫除。当时挖出唐肃宗年号之“乾元通宝”古钱，可以断定这三尊大佛，实为唐肃宗前的劳动人民艺术结晶，或东晋隆安年间的古迹。
光孝寺古迹文物，多数被拆毁摧残，或将原有材料拆了，改建洋房和其他新式房屋或变卖寺内建筑物，以充新建筑费用。解放后，由于中国共产党和人民政府英明正确的领导，执行宗教政策，把寺内各古代建筑物，根据原有形状，有计划、有重点地分期修葺。大佛殿七间，政府拨出巨款维修，修理工程两年完工，现已焕然一新。伽兰殿、六祖殿、囗发塔、东铁塔（国民党统治时期，变成七零八落，解放后由党和人民政府向各处搜寻拼凑成原形七级，并盖以塔殿，以便瞻览）、西铁塔、石经幢、法幢一对、达摩六祖□碑、洗砚池、洗钵泉、诃子树、菩堤树、白莲池、大铜钟、睡佛一尊、古榕四株、达摩井、铜佛一尊、白石佛一尊、《六祖碑记》、《重修光孝寺碑记》，以上各种，都是光孝寺的文物古迹，党和人民政府为保护古迹起见，一一为之修理保存，使参观者，知有2000多年的名胜古迹，映现于脑海中而不忘怀，这是何等宝贵呢！
