在南美洲的安第斯山脉中，曾经崛起过一个强大的帝国——印加帝国，1532年西班牙文盲冒险家弗朗西斯科.皮萨罗率领一支168人的小部队在卡哈马卡战役奇迹般的战胜了帝国皇帝阿塔瓦尔帕的8万大军并俘虏了皇帝作为人质，皮萨罗勒索了大量黄金白银后于次年处死了阿塔瓦尔帕，攻占帝国首都库斯科，但拥有悠久历史的印加民族不甘心西班牙人的殖民统治，复仇的怒火潜滋暗长。
油画，皮萨罗俘虏印加皇帝阿塔瓦尔帕，1845年约翰·埃弗里特·米莱斯作
曼科·印卡·尤潘基即位新印加王
为了欺骗印加人、缓和民族矛盾，皮萨罗计划建立一个傀儡政权，因此扶植之前被阿塔瓦尔帕废黜的瓦斯卡尔为印加皇帝，然而倒霉的瓦斯卡尔登基后就突然感染天花去世。由于几乎所有的印加王室贵族不是在之前的内战中被杀就是染上天花死亡，皮萨罗就钦点了瓦斯卡尔的弟弟曼科·印卡·尤潘基，由他登上帝位有足够的说服力，而且曼科自己也有意登上皇位。他找到了皮萨罗，双方一拍即合，1534年，在皮萨罗的主持下，曼科在库斯科正式加冕：曼科从征服者手中接过皇冠而非从印加僧侣手中，而且被迫服从宣告"西班牙国王拥有至高无上统治权"的文件。
曼科·印卡·尤潘基（西班牙语：Manco Inca Yupanqui；克丘亚语：Manqu Inka Yupanki；1516－1544），又称曼科·卡帕克二世
弗朗西斯科·皮萨罗大为放心，于是和他的老朋友迭戈·阿尔马格罗分别前去探索秘鲁的北部和南部，只留下弟弟贡萨洛、胡安、埃尔南多镇守库斯科，由于库斯科地处内陆，不利于商业贸易，皮萨罗率领一部分人马到海边建立新城，即后来的秘鲁首都利马。按照皮萨罗和阿尔马格罗的约定，库斯科应该属于阿尔马格罗的势力范围，但是皮萨罗的兄弟埃尔南多抽空去了趟西班牙拜见国王，国王把库斯科给了皮萨罗，阿尔马格罗没想到会得到这样的对待，于是他率部去南征智利，梦想掠夺更多的财富。
最初，曼科对待西班牙人非常友善，送给他们不少黄金和美女，但皮萨罗的兄弟纵容部下大肆抢劫，甚至当着曼科的面强奸他的妃子，这令他大为愤怒，他密谋发动暴动，但一些印第安人告发了他，结果被投进了监狱。
印加人的复仇行动
曼科决定想办法脱身，他向西班牙人透露了一些财物的隐藏地点，渐渐赢得了信任，他继续欺骗埃尔南多·皮萨罗说有一尊他父亲瓦伊纳.卡帕克的纯金塑像藏在某一山洞中，他愿意去把它取回来交给西班牙人。埃尔南多信以为真，还派了两名士兵与他同行，得到允许后曼科立刻飞速离开库斯科。
一个星期过去了，曼科杳无音信，埃尔南多意识到自己放跑了一条大鱼，他命令胡安.皮萨罗率领60名骑兵去追捕曼科，胡安花了好几天才在库斯科郊外的尤开河谷附近的山里找到了那两名士兵：他们告诉胡安曼科已经用自己印加皇帝的声望组建了一只庞大的军队并准备夺回库斯科复仇，不过曼科对他们还算够意思，主动放了他们。胡安继续搜索，很快就在尤开河发现集结完毕的印加军队，大约几千人，胡安率领骑兵渡河向印加人发起冲锋。
印加士兵，装备铜质的长矛、战斧和棉制的盔甲
令西班牙人意外的是，印加人并没有像以往那样见到战马就吓得魂飞魄散，反而结成严密的阵型将西班牙士兵团团围住，印加人向西班牙骑兵发射无数的弓箭，却纷纷被西班牙人坚硬的板甲弹开，西班牙骑兵用长矛长剑杀死了很多印加士兵，尽管印加人粗糙的铜质长矛、战斧、棍棒很难对身披重甲的西班牙骑兵造成致命的伤害，他们还是死战不退，战斗打到黄昏，西班牙军才勉强打退了印加人的进攻，胡安清点人马，发现只损失了几匹战马和若干骑兵，胡安根据经验估计印加人很快就会溃散，于是下令士兵在山麓宿营。然而第二天印加人不仅没有撤退，反而占领了河谷周围的制高点把他们包围。
装备精良的西班牙征服者
印加人这次不再和西班牙人正面肉搏，而是据守制高点向西班牙人投射标枪擂石。经过两天的战斗胡安打退了印加人一定的围困但自身也伤亡不小，这时他突然接到埃尔南多的命令火速撤往库斯科，早就无心恋战的胡安立刻率部急行军在黄昏时到达了库斯科，他们的敌人则尾随其后，用歌声庆祝他们的胜利。
此时呈现在西班牙人眼前的是一幅壮观的画卷：印加人的军队和营帐密密麻麻地把库斯科团团围住，印加贵族华丽的羽毛头冠、印加士兵铜质的长矛、战斧和旗帜像森林不停地挥动，在晚霞中映射出夺目的光芒，太阳神的后裔们这次终于团结起来，要从白人殖民者手里夺回他们世代的家园。
血战库斯科
由于皮萨罗和阿尔马格罗带走了西班牙殖民军的主力，尽管胡安的部队已经返回库斯科，西班牙守军仍只有190名西班牙士兵，其中80名是骑兵，还有约一千名土著盟军。因此局势对曼科十分有利，他的大军号称有10到20万人，这显然是注水，不过按照后世历史学家的估计也有4万左右，在装备和战术上，印加军队更是有了长足的进步。经过与西班牙人的多次战斗，从来没有见过马的印加人领教了西班牙征服者骑兵的厉害，但他们也不再像之前那样将骑兵认为是一种双头怪物；在心理上不再恐惧西班牙人的马匹和枪炮，为了鼓舞士气，曼科更是手持长矛骑在一匹缴获来的战马上作战。得益于曼科从几名西班牙战俘学习的知识，印第安人已经知道对付骑兵的一些基本操作，印加人还装备了不少缴获和山寨的欧洲式的头盔、圆盾和长剑，甚至用缴获的战马成立了一小队骑兵。
1536年5月6日，伴随着晨曦中的海螺军号和铜鼓声，印加士兵不停向城市发射标枪——但大部分都掉在城里并没有造成什么伤害，与此同时他们还投射燃烧着的箭和裹着棉花烧红的石头——棉花在类似沥青的物质中浸泡过。这些东西落在屋顶上，由于库斯科的屋顶全都是茅草覆盖，城内立刻燃起熊熊烈火。大火持续了数天，几乎把库斯科化为灰烬，历代印加王室修建的金碧辉煌的神庙和皇宫也化为废墟。
印加军队围攻库斯科
不过走运的是，西班牙军队扎营在皇宫广场的帐篷和附近的一座神庙中，帐篷的面对的火势的一侧正巧是没有房子的空地，因此面对火灾毫发无伤，至于那座神庙的屋顶虽然被打的起火，却很快熄灭了，按照西班牙人的记载，这都是圣母玛丽亚显灵的结果，后来西班牙人把这座神庙改成了教堂。
火攻停止后，印加军队发起大规模进攻，大火中坍塌的房屋给西班牙骑兵的行动带来很大障碍，西班牙人派步兵和土著盟友好不容易清除了它们，印第安人又在道路上钉木桩、设路障，给西班牙人造成更大的障碍。西班牙人只好冒着印第安人的弓箭去清除这些障碍，印第安人则用弓箭和投石器回击他们，他们还用一种套索，把长绳一端结成一个圈套，扔到西班牙骑兵头上，或是绊马腿，利用这种特殊的武器擒获了不少西班牙人；印加人还利用狭窄的城市街道打巷战，一部分人在正面引诱西班牙骑兵的进攻，另一部分战士从残垣断壁中侧面伏击敌人，他们甚至勇敢地冲向战马，把骑士从马鞍上拽下来杀死。印加军队逐步占领了大部分城市，西班牙人躲进皇宫广场附近的两座大型建筑物中坚守。
激烈的库斯科巷战
与此同时，秘鲁各地发生了无数的印第安人暴动，起义者杀死白人殖民者、挣脱西班牙统治的传言雪片一样传进被围困的库斯科，西班牙人也不知道目前他们实际还控制了多数地盘，人心惶惶。埃尔南多努力地劝说士兵他们已经掠夺了惊人的财富，只要再坚守一个季度，皮萨罗和阿尔马格罗一定会派援军增援，之后埃尔南多重新布置战斗，他将剩余的骑兵集中成三个小分队，让土著盟军去清理道路，在城市的主要道路上拦截印加军队，同时用火绳枪侧面掩护，他们杀死了不少印加士兵，暂时稳定了局势。
西班牙人的反击
为了解除威胁，埃尔南多决定采取一个"围魏救赵"的策略，冒险进攻萨克塞瓦曼要塞，这座要塞位于库斯科北部，座落在一块陡峭的巨石上，由内外两面半圆形的巨大的石块筑成的城墙保护，每道约有一千二百英尺长，内墙以内则是堡垒，由三座塔楼组成。要塞可以俯瞰整个库斯科城，印加人已经把这个制高点作为一个重要的营地，并把城门用石块堵住加固防御，由于之前西班牙人的大意，对这个重要的军事据点没有任何防御，印加人不费吹灰之力就攻陷了此地，甚至从这个地方向库斯科投掷标枪，埃尔南多对自己的之前的决策追悔莫及，所以他决定拔掉这个钉子。
萨克塞瓦曼要塞(Sacsayhuaman)遗址，为克丘亚语"山鹰"之意
胡安·皮萨罗亲自率领50名骑兵在黄昏时出发，向要塞相反的方向开去，这成功的欺骗了印加人——他们没有追击，在夜晚他们突然调头前往要塞，印第安人根本没有夜间作战的概念，甚至不知道安排哨兵。外墙几乎没有任何防御，西班牙人不费吹灰之力就占领了外墙，当进入内墙时，西班牙人发现了密集的印加士兵，惊慌的印加人向西班人发射标枪和投石，胡安让一半士兵下马步战，冒着弹雨搬开堵塞城门的石块，随后西班牙骑兵冲进城门，将敌人消灭占领了内墙，残余的印加人逃入内部的堡垒，他们站在塔楼下的场院坚守，不停的投射标枪，塔楼上的印加兵投下石块和滚木还击，胡安举着圆盾身先士卒，这时一块石头击中他的头部受他受了重伤，但他仍然坚持战斗，西班牙人最终把场院和塔楼上的印加士兵全部消灭，堡垒的印第安指挥官不肯被俘，在堡垒被攻破的那一刻跳下塔楼自杀身亡，胡安在14天后伤重死亡。
占领萨克塞瓦曼成功地消耗了印加人的大部分兵力，战斗进入了漫长的围困相持阶段，在此期间，西班牙人成功地实施了恐怖战术，使印加军队士气低落，其中包括命令杀死任何被捕的妇女并切断被俘男子的手。曼科拆分了他的部队，他派遣他的兄弟基佐·尤潘基率领号称三万的大军攻打弗朗西斯科·皮萨罗驻扎的利马，起初取得了一定的胜利杀死大约500名西班牙人和数千名土著盟军，但不久被300名西班牙士兵和二万人以上的土著盟友组成的庞大援军包围，基佐兵败阵亡。之后皮萨罗曾经先后派出四支队伍，总数大约四百多人的骑兵去支援库斯科，但是印第安人巧妙地把他们引得迷了路，最后困在山谷中，印第安人从四面的山梁上投下无数标枪，滚下无数巨石，将他们歼灭。
围攻总共持续了五个月，可是到了八月份，耕种的季节来临了。印加的军队并不是职业的军人而是武装的农民，如果不回去耕作，来年将一无所获，无数人将被饿死，曼科只得逐步遣散自己的军队，让他们回去耕作，以期来年继续围困库斯科。但此时天花开始流行，许多残存的印加士兵感染天花死去，当他率领约1.5万人的残部撤退时，又被从智利返回的阿尔马格罗击败，他最后放弃了夺回库斯科的计划，带领余部撤往比尔卡班巴，这是位于秘鲁东北部的一片被热带丛林环绕的山区，在这个易守难攻的地方建立了新印加国，之后他在这里不停的打游击战，消灭了一些西班牙军队，并打败了西班牙人的土著盟友万卡人，甚至把新印加国的领土扩张到今天的玻利维亚一带。
新印加国的大致领土
征服者的内讧和曼科之死
阿尔马格罗在探索了智利之后大失所望的返回秘鲁，当时智利还处于游猎生活的蛮族马普切人控制，他损失了不少兵力却没有得到什么财富，嫉妒的心理使得他和老朋友皮萨罗反目，他武力夺取了库斯科。因为他觉得库斯科属于宫廷册封给他的地域，他甚至认为连利马也在这地域内。不久双方在库斯科附近的萨利纳斯大战，阿尔马格罗兵败被杀。
阿尔马格罗在巴拿马时和土著女人生有一子，他死后，儿子留置在利马，向皮萨罗要求享有他父亲名分下由宫廷批准的利益被拒绝。小阿尔马格罗和他父亲的部下被称作"智利帮"，在利马饱受欺辱，穷的几个人要轮换穿一条裤子才能出门。最后，他们决定孤注一掷干掉皮萨罗。于是这些人，大约二十个冲进皮萨罗家中，高喊："侯爵（皮萨罗）在哪里？处死这个恶霸！"皮萨罗正在与朋友吃饭，闻讯后准备去穿胸甲拼命，但是胸甲怎么也穿不上。还没等皮萨罗武装好，敌人已经冲到面前，皮萨罗挥剑刺死了一个敌人，但同时也被刺中了咽喉倒在地上，刺客们又往他身上刺了几剑。垂死的皮萨罗喊道："耶稣！"他用手指在血淋淋的地板上画了个十字，垂头去亲吻它，这时，一个刺客从桌上抄起一只水罐狠狠地砸在他后脑勺上，这个文盲天才冒险家就此毙命，享年大约65岁。
皮萨罗被刺后，小阿尔马格罗纠集了他父亲的旧部几百人占领了利马的政府，但不久政变就被西班牙王国派遣的总督平息，小阿尔马格罗战败被杀，新政府建立以后，开始通缉杀死皮萨罗的凶手。策划这次谋杀的人还剩下七个，他们逃到了曼科那里，曼科以为这些逃亡者是怀着诚意来投奔他的，便对这些人很亲近，和他们一起吃饭，一起做游戏。然而这七个人却密谋杀死曼科将功赎罪，以期新政府能看在他们除掉曼科的份上放过自己。
一天，曼科和这七个逃亡者一起玩一个套圈的游戏，地上钉了一些木桩，游戏者将一个绳圈扔出去，套住木桩者获胜。趁曼科玩得兴起，这些逃亡者用匕首刺死了曼科，然而这七个人在逃跑的时候在丛林中迷路了，他们很快就被印第安人发现，印第安人将他们围困在一个木屋里烧死。
印加帝国的落日
1544年曼科死后，其子塞里·图帕克继位。后来塞里在1560年承认了西班牙的统治，前往库斯科居住，并于1561年突然死去，相传是被西班牙人毒死的。他的儿子蒂图·库西在比尔卡班巴继续反抗殖民统治。西班牙殖民者与蒂图谈判，希望他离开比尔卡班巴来到库斯科居住。但蒂图却在1571年突然死去，弟弟图帕克·阿马鲁便继承了皇位。蒂图·库西死后，西班牙殖民者并未得知蒂图的死讯，仍旧向之前一样，派遣了两个使者前去谈判。驻守双方边界的一名印加将领把蒂图的死归咎于西班牙人的谋杀，并将这两名使者逮捕处死，秘鲁总督以不顾外交惯例杀害使者为由，决定向比尔卡班巴宣战，1572年，西班牙人攻入比尔卡班巴，俘虏了图帕克·阿马鲁，押送回库斯科后斩首处决，印加帝国彻底灭亡，此时离库斯科战役已经过去了36年。后来1780年，一位名为何塞·加夫列尔·孔多尔坎基的印加人曾自称图帕克·阿马鲁二世，起兵反抗西班牙殖民政府。
末代皇帝图帕克.阿马鲁（克丘亚语：Thupaq Amaru；西班牙语：Túpac Amaru；1545年－1572年），
和中美洲的阿兹特克和玛雅不同，印加文明是货真价值的中央集权帝国——而非前者松散的部落联盟，同时，印加军队也是货真价实的战士——他们惯于杀死敌人而不是像阿兹特克人那样仅仅是俘虏敌人作为人祭。甚至比起始终不敢骑马的阿兹特克人，印加人更是"师夷长技以制夷"，学会了利用地形在狭窄的通道上伏击和消灭西班牙骑手，但印加人始终不具备在空旷地带打败骑兵部队的能力。当基佐·尤潘基在利马围困西班牙人，并打算向该城发动猛攻时，两个中队的西班牙骑兵在第一次冲锋中就杀死了包括基佐·尤潘基在内的所有指挥官，从而击溃了他的军队。而且随着西班牙本土不断增援，到曼科在比尔卡班巴建立根据地时，最后仅仅是西班牙人就已经达一万人以上，招募的印第安仆从军更是不计其数，印加帝国更是丧失了翻盘的可能性。
