財政部國庫支付中心業務上由國庫司負責指導，是財政部門審核、監督財政資金收付工作的延伸。主要任務是：配合國庫司建立和完善國庫單一賬戶體系，從事國庫集中收付制度改革後財政資金的審核、支付和會計核算工作，監管非稅收入收繳，承擔財政支付機構和收付系統內部的監督檢查、系統維護及國債發行與兌付的管理業務。其職責如下:
一、預算指標及用款計劃管理。接收國庫司核批的部門用款計劃和部門報送的下屬單位的明細用款計劃,複核部門預算指標、用款計劃及下屬單位的明細用款計劃，監控部門預算指標及用款計劃餘額。
二、辦理財政資金支付。接受並審核部門報送的財政直接支付申請,核定財政直接支付金額，開具財政直接支付指令；按用款計劃下達財政授權支付額度通知；監督代理銀行辦理財政資金直接支付與財政資金授權支付業務。
三、監管非稅收入收繳。配合國庫司等有關部門確定非稅收入收繳範圍及收繳方式；監控執收票據的印製、發放、使用和核銷；對執收單位和代理銀行收入收繳執行情況進行監督檢查；定期提供非稅收入執行情況。
四、登記總分類賬及明細賬。處理收支結報並向國庫司報送財政支出日報表及收入報表；登記收支總賬、分類賬和明細賬；按期與國庫司、預算單位和代理銀行對賬；進行有關收支信息統計分析。
五、管理各類賬戶。按統一制定的標準招標選擇代理銀行；辦理有關賬戶的開立、變更和核銷等事宜；監管各類賬戶使用範圍。
六、國債發行和兌付管理。擬定季度國債發行計劃和國債發行及兌付辦法；組織國債發行招投標；編制國債發行、還本付息及費用預決算；經收國債發行款，核撥國債兌付資金及相關費用；跟蹤市場信息，統計國債數據；提出國債發行與庫款變動銜接的操作方案。
七、建設並維護收付管理信息系統。會同有關部門建設和完善收付管理信息系統；負責系統管理；監測系統安全；確定與部門、代理銀行網上收支信息交換的範圍和方式。
八、內部監督檢查。制定收付系統內部管理和監督制度；對財政支付機構和收付系統內部進行監督檢查；受理預算單位及收款人投訴；對資金收付過程進行監測並對疑點問題進行核查。
九、配合國庫司推進財政國庫管理制度改革。配合國庫司制定國庫收支管理制度、確定改革試點範圍、指導地方國庫管理制度改革等工作。
十、辦理部領導交辦的其他工作。
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