公元542年，位於歐洲東南部的拜占庭帝國首都君士坦丁堡出現了一次大災難。
前一年，帝國其他地區便已出現了類似的災難。這災難在之後的二百多年間繼續在地中海地區肆虐，奪去了幾千萬人的性命，到了公元750年才告結束。這場可怕的災難，在歷史上稱為「查士丁尼瘟疫」。
瘟疫的出現及傳播
這種病確切的發源地實難考證。拜占庭帝國的史學家普羅科匹厄斯曾指出，查士丁尼瘟疫的原發點是埃及的尼羅河流域，而傳染病在這裡分別向北面的亞歷山卓城和東面的巴勒斯坦地區傳播。
傳染病是如何迅速傳開去呢？
黑鼠便是一個重要的媒介。在公元六世紀，北非地區仍是拜占庭帝國的主要糧倉，也是大量資源的供應地。這些運載糧食、物資和戰利品的商船是老鼠的絕佳容身之所，他們偷吃糧食時，會在這些地方留下病原體。
一般來說，黑鼠從出生到死亡，活動範圍都不會多過二百公尺，但唯有這些商船，無意間把牠們運送到整個帝國的每一個角落。
同時，意大利南部也正在經歷氣候轉變。夏天不尋常地下雪，溫度也比正常要低，加上當時意大利南部戰禍連綿，農作物歉收，居民因此開始變得流動失所，傳染病也就因此傳播得更快。直至公元542年，鼠疫終於在拜占庭帝國全面爆發。由於當時統治帝國的皇帝名叫查士丁尼一世，因此這場鼠疫便被稱為「查士丁尼瘟疫」。
黑死病的病徵
這場鼠疫也被稱之為「黑死病」。普羅科匹厄斯在他的著作《秘史》提到，患上黑死病的人會有出現幻覺、噩夢、高燒，而且腹股溝、腋窩和耳朵後面會紅腫，有些人更會受不住而暈倒。這些病人出現如此痛苦的病徵幾日後才會死亡。
普羅科匹厄斯認為，瘟疫的大爆發是上帝對查士丁尼一世窮兵黷武、塗炭生靈的懲罰。
頻繁的戰爭和貿易促進了瘟疫的傳播，導致整個拜占庭帝國都受著瘟疫的侵襲。查士丁尼一世在統治初期征服了不少地區——先是打敗汪達爾人和柏柏人並控制了北非地區，後來打敗東哥德人並控制了意大利地區，抵禦了法蘭克人、斯拉夫人和阿瓦爾人和其他蠻族部落對帝國的入侵。因為戰爭，士兵行軍和糧餉補給線就成了傳播病菌的絕佳途徑。
當公元542年時大部份戰爭都已落幕，人們開始安定下來，造成了瘟疫的社區爆發。尤其君士坦丁堡作為帝國政治和商業中心，情況便更加嚴重。這座城市位於亞歐要衝，是中西貿易路線的必經之地，來自中國、中東和北非的商旅都匯聚於此，疫症也因此輕易傳播到這裡。
不過，歐洲北部和內陸郊區並沒有受到瘟疫的影響，這是因為傳播病菌的黑鼠只會出現在港口和商船附近。當時的歐洲北部和內陸郊區並非處於貿易路線要點，因此也就沒事了。查士丁尼瘟疫在君士坦丁堡持續了四個月之久，然後在接下來的三個世紀繼續在歐洲肆虐。最後一次瘟疫爆發出現在公元750年，一直到十四世紀時一場更大規模的瘟疫爆發之前，都未再有如此嚴重的瘟疫發生。
在當時還沒有病理學研究的中世紀裡，患了黑死病的人會如何求醫呢？
如果是有錢人或貴族，他們會找一些在埃及亞歷山卓城學習過的醫生治療。他們所學的醫學理論源自於古希臘醫學家蓋倫。蓋倫曾提倡一種名叫「體液學說」的概念，認為人體是由血液、黏液、黃膽汁和黑膽汁四種體液構成，如果這四種體液失衡，人便會患病。當然，依靠這學說從而治療黑死病的效果成疑。
至於其他平民，就無法那麼容易得到醫生的治療了。他們只好依賴一些「偏方」，例如用冷水浸浴、服食被「祝福」過的粉末、配戴護身符或手環，甚至服用生物鹼。當然，這些「偏方」不會有效，他們最終只好到醫院求助，但他們反而會被隔離自生自滅。有少數人會大難不死自然痊癒，他們會被認為是因為得到上帝的寬恕而康復。
愛琴海北部腓立比未完工教堂遺蹟，據信是因查士丁尼瘟疫而停工
瘟疫對拜占庭帝國的打擊
普羅科匹厄斯認為在瘟疫肆虐期間，君士坦丁堡每天有接近一萬人死亡。但近代史學家認為這個數字是被高估了。但無論如何，帝國因為這次災難的死亡人數估計為2500萬到5000萬，佔整個帝國人口25％。
這場橫掃拜占庭帝國的瘟疫為帝國不論在政治上和經濟上都帶來極沉重的打擊。
首先，因為疫症的蔓延，帝國抵抗外族入侵的能力大減。公元568年，倫巴底人征服北意大利，導致了意大利的分裂，直到十九世紀才再告統一。
至於本屬於拜占庭帝國的北非和近東地區，在查士丁尼一世死後便迅速被阿拉伯人佔領，更曾一度威脅君士坦丁堡。失去北意大利、北非、近東地區後，拜占庭帝國變成了一個環愛琴海的小帝國，而且因為人口大減，帝國無法維持所需軍力作為國防之用，經濟及行政結構也隨之逐漸崩壞。
貿易也因為疫症而停滯，人口驟減使農夫數目下降而導致糧食短缺。但查士丁尼一世繼續執著於「羅馬帝國復興夢」，他依然向自己人民徵收重稅，以維持他發動的戰爭和在首都興建的各項建築——包括著名的聖索菲亞大教堂，造成帝國財政在他死後幾近崩潰。
拜占庭帝國在六世紀到七世紀年間，經歷了接近亡國的艱苦時刻，這也導致了帝國擺脫古羅馬，變成了一個完全迥異的帝國。
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