崇拜在自然神崇拜的同时，原始人还相信有生命的动、植物，尤其是人类的灵魂具有某种超自然的力量，这就是古老的灵魂崇拜。灵魂观念是人们认识活动的结果，除了对自身亡灵的崇拜，原始人也相信世界万物皆有精灵。有的原始部族还认兽为祖，或认为他们源于某种特定的物种，是为“图腾崇拜”。与世界其他民族相比，中国古代神话虽然有点贫弱，但后起的志怪书和神魔书却格外发达，足以能补上神话大量散供这一课。
在动物神中，古代的“四灵信仰”源于原始的“万物有灵”观念。所谓“四灵”，指的是麟、风、龟、龙，它们一直被中华民族视为祥瑞的象征。其中，麒麟、风凰和龙在现实中并不存在，是人们根据多种动物想象并组合出来的。据说，龟能预测吉凶，有“神龟”“灵龟”之称，故而还被看作是人与神之间的媒介。古时候，在举行重大活动之前，巫师都要烧龟甲，然后根据龟甲上爆裂的纹路来占卜吉凶。
早在六朝志怪书《搜神记》中，“万物有灵”的观念就被具体落实为物种的生灭变异，如该书卷十二说：“千岁龟，能与人语；千岁之狐，起为美女；千岁之蛇，断而复续；百年之鼠，而能相卜：数之至也。”这种极富民间传闻色彩的思维方式显然来源于先民“万物有灵”的观念。由于在动物中龟具有生命长、耐饥渴等特点，故而人们主要用以象征长寿。在此之前，从现存一些文字记载和壁画来看，人面蛇身之神已较多见。据《山海经》说，人类的母亲神女娲就是这样一副模样。
麒麟的外形是一个多种动物的集合体，据《史记》之《索隐》引张揖注说：“雄曰麒，雌曰麟，其状糜身，牛尾，狼蹄，一角。”这就集中赋予了麒麟以牛的勤劳、马的勇敢、鱼的美丽、富足等诸多动物的优点。人们多用麒麟象征有出息的子孙，也用以表达祈望早生贵子、家道繁荣的意愿，还喻杰出人才，如《水浒传》中“英名播满乾坤”的卢俊义就被称为“玉麒麟”。凤凰向来被奉为百鸟之王，雄性称“凤”，雌性称“凰”，据《尔雅·释鸟》云，其形状是：“鸡头、蛇颈、燕颔、龟背、鱼尾、五彩色、高六尺许。”
古有风毛麟角、凤鸣朝阳、凤凰于飞、凤凰来仪、凤凰不与燕雀为群、凤凰台上忆吹箫等象征吉祥、高贵的成语、谚语或词牌。相对而言，中国人对龙的崇拜更甚。龙一度以神的化身成为汉民族的图腾物，并成为皇权的象征，古代帝王自称“真龙天子”。在民间，龙被人们看作吉祥和平的象征。与龙有关的民间活动有舞龙狮、挂龙灯、赛龙舟等。此外，关于龙的成语则有龙盘虎踞、龙争虎斗、龙飞凤舞、龙腾虎跃、龙行虎步、龙凤呈祥、望子成龙、龙马精神等。
“四灵”崇拜之后，在中国北方，人们还提出了“四大仙”观念，被附会为姓胡的狐狸、姓白的刺猬、姓柳的蛇、姓黄的黄鼠狼，这四种动物很有灵性，人们不要伤害它们，否则会遭到它们魔祟，不是生病，就是丧命。《聊斋志异》反其道而行之，不再写这些动物的魔祟，而是写它们的人情。如其中所写众多“狐精”就是基于古代逐渐流行起来的“狐”文化，而狐文化的根源自然是原始的“万物有灵”观念。
此外，《礼记·郊特牲》在关于“蜡八”的祭祀记载中还谈到了人们曾崇拜过有功于农业生产的动物，这些动物包括吃田鼠的猫和吃野猪的老虎等。正因为人们臆想动物是有灵魂的，所以每当要行使杀载时，就担心遭到它们亡灵的报复。为免除这种灾祸，古人便用祈祷、献供物等办法来向被杀的动物谢罪。我国现在仍有部分地区在宰杀牲畜时还念《往生咒》，就是这种风俗的遗留。有时，人们为了不被动物作祟，还推卸杀生罪责，如民间在杀鸡时往往念叨这样一番话：“鸡、鸡你别怪，你是阳间一道菜。有心不杀你，就怕客来怪。”
把杀载罪责狡会地推到客人身上。这种遗俗也来自“万物有灵”原始宗教观念。除了动物，植物也常被人们想象为有灵性。史学家钱穆说过：“中国社会中之神的世界，其实皆由人来建立。不仅五谷有神，就是一棵大树，生长几百年以上，我们即封它为神，并由它来代表土地神，那树便不许斩伐，并要每年去祭祀它。”《吴偃》是一篇关于树怪的故事，原出《宣室志》，说的是醴泉县民吴偃的女儿，见一棵槐树的树洞很小，觉得好奇，趴在洞口往里边看了一下，就被里面的槐树鬼拉下去了。家人找回时，小姑娘像中了邪似的，噤口不能语。
家人无奈，只好请了道士来画符念咒，小姑娘才开口说话。直到砍掉这棵槐树之后，她的病才慢慢好起来。在《西游记》的神奇世界里，万物皆可以行妖变人，不但一虫一鱼、一鸟一兽等动物能成精变人，就是一花一草等植物也会成精兴风作浪。清代蒲松龄在《聊斋志异》中写了那么多花妖狐魅，其中的各种植物，如牡丹精葛巾、菊花精黄英，都能变化为美女，与人间男子婚恋。根据古老的说法，惊蛰间，百花开始绽放，花神出场，人们要举行花朝节迎接花神；芒种过后，群芳摇落，花神退位，人世间便要隆重地为她钱行，以示感激。《红楼梦》写了大观园的姑娘们为花神钱行的情景：
那些女孩子们，或用花瓣柳枝编成轿马，或用绫锦纱罗叠成干施旌幢，都用彩线系在了每一棵树上，每一支花上，满园里绣带飘飘，花枝招展，更兼这些人打扮得桃羞杏让，燕妒莺惭，一时也道不尽…
比起迎花神的喜悦，钱别花神似乎有点落寞，但在依依惜别中又有期待，请那花神逢春再来，给人间带来芳芬。
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