公元190年，袁紹聯繫了十幾家願意反對董卓的實力派人物，組成聯軍，討伐董卓。而漢獻帝在董卓手中，所以聯軍只能由袁紹發號施令。整個反董卓同盟部署嚴謹，這對董卓極為不利，他常年駐守在西北，於是想把都城遷往長安，便於控制形勢。
董卓當然會帶走漢獻帝，他遷都的藉口是神學著作的理論，劉邦在長安建都傳了十一代。劉秀在洛陽立國也是十一代。董卓說，循環往復，就得遷都長安。
但是，以楊彪為首的大臣說，治理天下最重要的是讓天下安定，讓百姓安穩。尤其是現在，更需要安定。“天下動之甚易，安之甚難。”更何況這些年，東漢處於混亂之中?這樣的大折騰，引起恐慌，就會讓國家安定的目標更變得遙遠。
這個看法是深刻有道理的。不過董卓為了滿足個人利益，非要遷都，他指著楊彪的說法是獨夫民賊的粗魯認識。於是在董卓的武力挾持下，東漢王朝被迫遷都長安，董卓為了防止官員和人民逃回故都洛陽，將整個洛陽城燒燬。昔日興盛繁華的洛陽城，瞬時之間變成一片廢墟。
董卓的遷都也對漢獻帝的統治造成了難以泯滅的負面影響。首先是動搖了東漢政權的統治基礎，為日後漢獻帝改善統治增加了難度。整個東漢王朝的中心一直在洛陽，官僚與管理都以此為中心。現在遷都長安，管理系統是缺乏的，所以長安與國家的東部南部都脫節。
如果要坐鎮長安，很難指揮天下。所以，曹操有著名的評論：“向使董卓倚王室，據舊京，東向以臨天下，雖以無道行之，猶足為患。今焚燒宮室，劫遷天子，海內震動，不知所歸。”如果佔據洛陽，以此為根據地，以漢獻帝的權威，哪怕許多事不合道義，力量本身是可怕的。
董卓放棄了洛陽，遷到長安，使得整個朝廷脫離了成熟的管理系統，中央就成了無本之木。而且造成人心震動，這極大傷害了漢獻帝的統治基礎。遷都發生在東部反董聯盟成立時，這些諸侯的實力雖有差別，但是每個人都有號召力。當董卓他們還在洛陽時，這些人可以團結在反董的旗幟下。東部同盟想取得與漢獻帝的聯繫，不是完全沒可能。
但是遷都長安後，諸侯的鬥爭目標也失去了，他們失去了與漢獻帝的聯繫。這十幾位實力派人物，失去目標後，就進入了一個互相間你爭我鬥中了。國家開始分裂，這個同盟內部就進入了“外託義兵，內圖相滅”狀態中，這就為後來東漢後的四分五裂埋下了禍根。
遷都長安加深了東部實力派人物與漢獻帝間的對立。漢獻帝被挾持到長安後，“關東諸將議，以朝廷幼衝，迫於董卓，遠隔關塞，不知存否。”漢獻帝幼小，到遙遠的長安，哪怕被害死了，他們也不知道。
這種疑慮被袁紹利用了，他就聯合一部分人提出建議，要在東部另立皇帝。表面是袁紹與董卓的矛盾，也不可避免地讓袁紹與漢獻帝間存在隔閡。之前不敢公開反對漢獻帝，現在正好給了袁紹一個否定漢獻帝的機會。
袁紹甚至不惜散佈謠言，說漢獻帝不是漢靈帝的兒子，想借此來否定皇位的合法性。他給袁術寫信時，說“今西名有幼君，無血脈之屬，公卿以下皆媚事卓，安可覆信?東立聖君，太平可冀，如何有疑?”袁紹提出要取代漢獻帝的是劉虞，也是劉氏宗親。
袁紹是諸侯盟主，他對漢獻帝的態度，也影響到一部分人，像劉表之類。劉表後來對漢獻帝就是牴觸的。所以，董卓把漢獻帝遷到長安，造成了反對董卓的人，也跟著反對漢獻帝。這對漢獻帝的統治極為不利，後來多虧了曹操，才擺正了漢獻帝的正統地位，使得國家趨於一統。
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