希腊空军的起源可追溯到1912年，当时仅有4名飞行员在拉里萨成立了第1支空中作战部队。这支部队在希腊王国时期变成了“皇家希腊空军”。1930年希腊空军部成立，并于1934年成立空军总参谋部，经历过巴尔干战争、第一、二次世界大战。
希腊空军现在拥有3.3万人，空军总参谋部下辖3个司令部：空中战术司令部、空军支援司令部和空中训练司令部，并包括防空、战术、训练和后勤等许多工作。
其中空中战术司令部设有6个战机联队（第110、111、114、115、116和117联队）、1个空中战术训练中心、3个战区管制中心，还有1个防空导弹部队（第350联队）。
一、战机部队
拉里萨空军基地建立于1912年，1952年5月成立第110战机部队，并接收第1架F84G战斗机后正式开启了希腊空军的喷气式战机时代。
联队下辖第337“幽灵”中队，使用机型为F16；第140情报电子战中队，目前拥有16架由希腊航空工业公司生产的E1—79“飞马”2型战术侦察无人机，主要任务是执行土耳其海岸和其他地区的各项监控、情报侦察。
新安基亚洛斯空军基地目前驻防第111战机联队，包含3个中队（第330、341、347中队），1989年希腊空军开始采购F16，而第330“雷电”中队是第1个赴美国亚利桑那州直接换装F16战机的国外作战单位。
第341“神箭”中队的历史可追溯到1954年，当时以操作F86E战斗机为主。1954至1965年间，成立希腊空军第1支飞行表演队“希腊之火”，F86战机于1965年全部退役后，便以F5“虎”式战斗机担任全天候拦截任务，直到1998年才改用F16担任战备任务。该中队也是希腊空军中唯一具备海外快速打击能力的作战单位。
塔纳格拉空军基地的第114战机联队，是全天候负责爱琴海空域警戒与拦截任务的作战单位，下辖两个中队。第331“忒修斯”中队是希腊空军第1个换装幻影2000战机的单位。1990年，这批幻影战机在法国达索公司协助下，由希腊航空公司进行升级后，除了可携带S530D中程空对空导弹，以增加防空拦截能力；也具有挂载AM39“飞鱼”反舰导弹和SCALP-EG联合视距外武器，大幅提升空对空、空对地目标打击能力。
苏达空军基地的第115战机部队，下辖的第340“狐狸”中队于1960年2月部署到该基地，此中队操作过F84、A7H和TA7H等机种，2003年3月换装F16C/D。
第343“星辰”中队曾使用F86D/E和F5A/B战机，担负防空拦截任务，2003年7月全面换装F16C/D，这两个中队的战机除了配备最新的航电系统，还增设连接到垂直尾翼根部的背脊航电舱。
阿拉索斯空军基地的第116战斗机联队，为世界上最后使用A7“海盗”2式攻击机的作战单位。自1992年开始换装改良型的A7H攻击机，担任攻击和拦截任务。2014年10月，希腊空军宣布A7H攻击机全数退役，并由希腊总参谋长主持隆重的退役仪式。
第116战斗机联队下辖的第335“老虎”中队是希腊空军中历史最悠久的飞行单位，1943年曾到北非、意大利、南斯拉夫等地区参战，目前操作的机型是F16M；
第336“老鹰”中队于二战期间，对克里特岛、提洛斯岛和多德卡尼斯群岛的德军，执行多达3250次作战任务，也折损了15名飞行员，其中3名遭到俘虏，现在操作改良版的F16C/D为主要作战机种。
部署于安德拉达维空军基地的第117战机联队第338“战神”中队，是希腊空军最后操作F4E“鬼怪”战机的飞行单位。希腊空军在1963年开始接收F4E，服役至今超过50年。虽然经历多次集体翻修和电子设备升级，但面临集体寿命问题，希腊也逐渐撤销了部分飞行单位，让“鬼怪”慢慢退役。
F4E战机以独特的“爱琴海鬼魂”迷彩为主要涂装，据称在海面作战环境中具有不错的欺敌效果，目前希腊空军只剩下38架F4E，能够正常作业的只有15架。
二、支援飞机
运输部队由支援司令部下辖的两个联队负责，除了一般运输任务，也担负特种作战、搜救、空中消防、医疗护送和行政专机等任务。
第112联队共有3个战术运输机中队，希腊空军为强化战术运输和经济效益的需求，向意大利采购了12架C27J“斯巴达人”运输机，均配备于第354中队；第355中队配备13架CL215轻型水陆消防运输机；第256中队则配备15架C130B“大力神”运输机。
第358、384中队为搜救中队，配备3架A109E直升机、12架AS332C1“超级美洲豹”直升机，4架贝尔B212直升机，和12架AB205A直升机，目前均驻防在伊留希纳空军基地。
另外密克拉空军基地的第113联队第383特种作战与空中消防中队，配备10架CL415水陆消防运输机，除了负责高风险地区巡逻和火灾的空中消防，还可于半径370公里内执行长达4小时的海上搜索和救援任务，并以时速330公里飞往任务地区。
该机的水上作业能力，可使救援人员不需依靠其他设备单独完成救援任务，此外也支援希腊海军水下拆除作业小组的训练和任务。
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