乔丹虽然在公牛队待过，但是他与公牛队之间却发生了很多矛盾，甚至到了决裂的地步，就连乔丹在1999退役后的时候，也没有与公牛队解开矛盾。公牛队的克劳斯，还有杰里•雷恩斯多夫虽然曾经都表示要向乔丹道歉，但是他们之间的矛盾始终没有解决。
曾经和乔丹一起呆在公牛队的皮蓬在自己退役后成为了公牛队的形象大使，还担任了特别顾问。而当年在公牛队毫不起眼的约翰•帕克森如今也完全不一样了，改头换面成为了公牛队的副总裁，但是曾经为公牛队拿到6个总冠军的乔丹却在退役后与公牛队再无任何联系，曾经的情谊不复存在。
乔丹职业生涯大部分时间都是在公牛队度过的，在后来他效力过奇才队。乔丹在第二次复出之前与公牛的矛盾没有解决，所以他是在奇才队复出的，在奇才队效力的时候还到过芝加哥公牛队的主场联合中心球馆。但那还是乔丹作为球员的时候，他不得不到，在2003年退役之后，乔丹再也没有去过芝加哥公牛队的主场。为什么乔丹与公牛队的关系会变成这样，公牛对乔丹做过什么呢，为何乔丹退役17年，从未去过公牛队的主场？
乔丹得到的总冠军有六个，但是球迷觉得原本是不止六个，因为当时公牛队在1998年的时候强硬的拆掉了团队。其实乔丹能拿到六枚总冠军戒指已经是自己努力的结果了，当时的乔丹无论如何都要维持这个阵容，虽然最后他拿到了六连冠，但是却与球队彻底决裂。
在1997年，乔丹带领球队拿到了第五个总冠军，大家为此欢呼的时候，公牛的管理层却在心里打起了算盘。他们认为公牛队的平均年龄过高，对球队发展没有好处，所以他们想要利用皮蓬作为交易，换取猛龙的新秀麦迪。
除了想用皮蓬交易麦迪，他们还想把主教练菲尔-杰克逊也换掉。而始作俑者就是总经理克劳斯，克劳斯一心想要换掉杰克逊，并且找到了另外人员替代他这个位置。当乔丹知道这个消息后非常愤怒，他没有办法让自己的恩师还有好搭档离开，但是克劳斯也下定了决心，就算乔丹以退役作为威胁，最后两方吵得不开交。最后还是球队老板杰里-雷恩斯多夫出面，才平息了这场矛盾。
公牛队老板：雷恩斯多夫
虽然最后克劳斯的计划没有立马执行，但是队员们对于球队却再也没有以前的心了，队员们指责克劳斯所做的一切，一点情义都没有。不过好在还有篮球之神，在乔丹的带领下，公牛队完成了伟大的第二次三连冠。在夺冠之后，克劳斯立马拆散了这个 阵容，所以乔丹在1999年的时候宣布退役。
退役后乔丹曾经想要购买公牛队的股份，但是雷恩斯却不念旧情拒绝了他，所以这下两个人彻底决裂。正所谓爱得深恨之切！直到现在，乔丹也没有原谅他们的所作所为，曾经作为功臣，却被这样对待，也怪不得乔丹不原谅他们。
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