南明唐王政權在福建成立之時，鄭芝龍、鄭成功父子都是其擁護者。鄭成功對唐王的復國志非常敬佩，唐王對鄭成功也十分賞識，賜其姓名朱成功（“國姓爺”的由來），而且封他為忠孝伯，賜尚方寶劍，甚至對鄭成功說：
“恨朕無女妻卿。”
唐王的籠絡也收到效果，鄭成功日後為感謝唐王知遇之恩，一生抗擊清朝，原因也與此相關。
鄭成功
鄭芝龍不聽鄭成功勸告，投降了清朝。唐王不久也殉國，而鄭成功的母親也被清軍戕害。面對國仇家恨，鄭成功哭文廟、焚儒衣，棄文從武，舉起抗清旗幟。他起兵之初，勢力羸弱，但各地勤王之師紛紛來歸，經過幾年的努力，實力強勁。到順治親政時，鄭成功已經有廈門作為根據地，並在海澄、漳州等地數次打敗清軍。
順治九年，“湖南、川、廣處處用兵，力不暇及”，朝廷擔心各地反清復明勢力與鄭成功“萬一勾連狂逞，為禍愈大”，因此，滿清大臣向順治建議，對鄭成功實行招撫。鄭成功的父親已經歸順清朝，如果打出“親情牌”，預料鄭成功大概率會投降。順治採納招撫的建議，下旨給閩浙總督劉清泰，命其策劃。在聖旨中，順治先向鄭成功解釋多爾袞對其父背信棄義，以及清軍進攻廈門是地方軍官的“行事乖張”。鄭成功只要歸順，朝廷就會給高官厚祿，不需要來京城，可以在東南沿海管理對外貿易與船隻。由於有這道聖旨，朝廷與鄭成功的談判開始了。
順治
與此同時，鄭芝龍也在朝廷的授意下，派家人帶著親筆信到福建與鄭成功見面，希望以父子親情勸說鄭成功投降。鄭成功在回覆鄭芝龍的信中寫道，清廷沒有兌現優待父親的承諾，而且對福建巡撫攻打廈門表示不滿，同時也說了“兵集難散”的善後問題。鄭成功雖然沒有拒絕投降，但提出的條件也不少。
順治知道後又下旨，除了答應封鄭成功為海澄公、鄭芝龍為同安侯、鄭鴻逵為奉化伯、鄭芝豹為左都督外，又保證說：
“敕諭到日，滿洲大軍即行撤回，閩海地方保障事宜，悉以委託。”
為了以示誠意，順治特派專差與鄭成功的表親攜帶公爵印信南下。
鄭芝龍
朝廷擔心鄭成功拒絕接受海澄公印信，又指定鄭芝龍家人南下廈門勸降。鄭成功為了父親在京城的安全，又想到不如“將計就計，權措糧餉以裕兵食”，他寫了一封信給鄭芝龍。信中，鄭成功依舊抱怨清廷不信守承諾，但也說到如果談判成功，清廷就沒有南顧之憂，也免掉“勞師遠圖，空費帑金”之難。同時，他也順便待價而沽，提醒清朝，他已經是南明的王爵，“人臣之位已極，豈復有加之呼？”而古代也有“大義滅親，從治命不從亂命”的案例，必要時可以移孝作忠。
鄭成功的條件越來越大，但清廷經過王公大臣會議，還是以皇帝的名義又給了鄭成功更加優厚的條件，不僅一門三爵位，並答應漳州、泉州、潮州、惠州四府之地讓給鄭成功，又發放錢糧。清廷為何會讓步呢？
鄭成功
在那段時間，湖南戰場失利，親王尼堪兵敗被殺，大西軍又逼死孔有德，“兩蹶名王，天下震動”，清軍面臨嚴重威脅。鄭成功方面，也在東南沿海厲兵秣馬，多次襲擊清軍。朝廷無法兩線作戰，對鄭成功只能以合議牽制。
在後來的談判過程中，鄭成功看準了清廷的軟肋，使勁要價，不僅要求擴大封地，而且要求仿朝鮮例。
清廷知道鄭成功的心意後，改變了策略，實行剿撫並用，一邊派鄭芝龍的次子南下和談，一邊增派大軍備戰。談到後來，雙方又因剃髮問題出現矛盾，結果和談又是無疾而終。
鄭芝龍
福建巡撫佟國器認為鄭成功“終無剃髮受撫之意”，上表順治，主張討伐，朝廷的王公也持同樣看法。於是，順治便任命濟度為定遠大將軍入福建。鄭成功也不甘示弱，積極擴軍備戰，攻打福建沿海。
由於鄭成功以金廈為基地，海風強勁，滿洲兵又不擅海戰，因此，在交手時，清軍水師潰不成軍。清軍在戰敗之際，深感以戰“平海”難以實現，於是採取“禁海”之策，並離間鄭成功的部下。
順治因鄭成功拒命不就撫，下令將鄭芝龍一家就放至寧古塔，最後還以謀反罪將他們“咔嚓”。
鄭芝龍和鄭成功
父在清朝，子在南明。鄭芝龍從投降的那一刻起，命運就已經掌握在清朝手中。在皇帝眼裡，鄭芝龍只是朝廷籠絡鄭成功的一顆棋子，有用時可以擺上棋盤，無用時可以扔到苦寒之地。
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