（1）环境处理：放水前一周，用EM益生菌代替石灰均匀喷洒净化环境。放养前3天，用EM益生菌稀释液泼洒水面，放养后每15天喷洒一次，水质较差的地方应加大浓度，并缩短泼洒间隔时间。
（2）调节水质：在每次换水后泼洒EM益生菌稀释液，可泼在增氧机旁或进水口，通过机器和水流作用扩散有益微生物，以利最短时间分解有害物质，尽快稳定水质。虾类、甲鱼等养殖品种每月泼洒稀释液2-3次，发病季节适当增加用量。
（3）鱼饲料加工：用EM益生菌稀释液与粉状饲料一起搅拌均匀，成团状饲喂。投喂新鲜动物性饲料的甲鱼池，可先把饵料铰碎，再和配合饲料、100倍EM益生菌稀释液一起均匀搅拌投喂。
（4）食台处理：主要是甲鱼池，每次投喂前用EM益生菌稀释液泼洒，以净化食台。
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