公元16世紀，越南後黎朝政治出現動盪，統治者昏庸暴虐，1518年，武臣莫登庸開始獨攬大權，並在1527年篡位，建立莫朝。莫朝建立的合法性嚴重不足，使得其根本無法鎮住局面。
莫登庸為了鞏固權利，採取了一系列措施，其採用陳朝的太上皇制度，傳位於兒子莫登瀛，自己操縱實權；同時嚮明朝屈服（當時明朝已經覺察越南政局不穩，因為安南已達二十年沒有派使者來朝），做為宗主國的明朝有義務處置這種亂臣賊子，但莫登庸親自與大臣到廣西鎮南關嚮明朝納降求封，見莫朝恭順，明朝下詔降安南國為安南都統使司，封莫登庸為安南都統使，軼從二品，世襲，銀印，使安南在理論成為明朝轄理的特區。莫朝算是解決了外交危機。
“大將南征膽氣豪，腰橫秋水雁翎刀。 風吹鼉鼓山河動，電閃旌旗日月高。
天上麒麟原有種，穴中螻蟻豈能逃。 太平待詔歸來日，朕與先生解戰袍。”
——《送毛伯溫》
這是明世宗嘉靖朱厚熜所作的一首七言律詩，送給出徵前的大將毛伯溫，公元1540年，覺察到安南有情況的明世宗派大將毛伯溫南征，當年秋天，毛伯溫等人進駐南寧，徵集兩廣、福建、湖廣官兵十二萬五千餘人，傳檄安南臣民，莫朝大懼，上表請降
但外部危機解決了，內部的危機則未解決，當時，清化守將阮淦（或作阮弘淦）忠於舊主黎氏，遍訪黎氏子孫，終於找到黎昭宗少子黎寧，他於1533年（黎元和元年、莫大正四年）迎黎寧到哀牢（在越南羈縻控制的老撾），擁其為帝，恢復了後黎朝正統。
1540年，莫登庸親到中越邊境的南關隘迎見明朝使節，出降認罪及割地進貢。本圖出自《安南來威圖冊》，圖中稱登庸為“偽王莫登庸”
這樣，越南事實上陷入了南北分裂的情況，北方由莫朝控制，而清化以南則是由阮氏實際控制的黎朝，公元1543年（黎元和十一年、莫廣和三年），黎氏攻取西都清化。於是後世將統治清化以南的黎氏朝廷稱為南朝，統治山南以北的莫氏朝廷稱為北朝。
雙方不斷交戰，均認為對方為逆臣，彼時南部豪傑輩出，兵精糧足，1592年，後黎朝大將鄭松擊破北方莫朝，黎氏朝廷重返昇龍。
然而，越南卻並未迎來久違的統一與和平，因為，南朝內部出現了內訌。功臣集團事後內訌，這種悲劇無論是古今中外都是屢見不鮮。
上文提到了，一開始重建黎氏朝廷的是阮淦，他在討伐莫朝中起著重要作用，但是，1545年，阮淦被莫朝降將楊執一毒殺，而其女婿鄭檢接手控制了整個御林軍，並隨即控制了後黎朝的實權。之後鄭檢開始打壓阮家，阮淦的兩個兒子阮汪、
阮潢頗有才能，為鄭檢所忌憚。阮汪被迫害致死，阮潢惶惶不可終日，決定稱病隱退，以消除鄭檢的戒心。但阮潢並不甘心落於人後，根據謀士阮秉謙的建議，其準備去南部另起爐灶，他透過自己的姐姐阮氏玉寶（鄭檢的王妃，鄭阮兩家事實上存在聯姻關係），向鄭檢請求出鎮南方順化，順化一帶屬於當時越南南部邊疆地帶，是越南剛剛從占城國擴張來的領土，而且很多人和北方莫朝通過海路有聯繫，局勢很複雜，鄭檢視為“雞肋”，於是公元1558年同意其請求，但規定需要每年向朝廷上繳白銀400斤，絲帛500匹。
“橫山一帶，萬世容身。”——阮秉謙，橫山是分隔越南北部及中部的山脈，為越南河靜省和廣平省兩省的邊界
阮潢南下之後，苦心經營，並繼續開疆拓土，使得使順化、廣南一帶成為“市無二價，人不為盜，諸國商船湊集之地”，他還從越南北方逃避瘟疫及戰禍的平民以充實力量，並多次派兵協助鄭氏北伐，打消鄭氏的戒心。
此時越南境內呈現三股勢力混戰的局面，最北邊是莫朝（都城升龍，即河內），中間是鄭氏，南方則是阮氏
北邊鄭氏的北伐進行的很順利，1570年鄭檢去世，其兩子鄭檜、鄭松內訌，最後次子鄭松勝利，鄭檜被迫流亡莫朝，在鄭氏不斷打擊之下，1592年莫朝終於被其滅掉，但事成之後，他對於阮氏割據南方，形同諸侯的情況非常不滿，甚至一度扣留了來到了朝廷助戰的阮潢，直到1600年，年過六十的阮潢避過鄭氏的耳目成功返回廣南。
1613年，阮潢去世，臨終告誡族人：“順（化）廣（南）北有橫山靈江之險，南有海雲碑山之固，山產金鐵，海出漁鹽，實英雄用武之地。若能馴民厲兵與鄭氏抗衡，足建萬世之業。”
事實上，莫朝滅亡後，莫氏勢力並未被完全消滅，莫氏宗室又聚結於北部高平建立統治，託庇於中國明、清政府的保護之下。一直延續到1677年，才被後黎朝鄭主滅亡。上圖為1650年的形勢。粉紅色為莫朝殘餘勢力，粉紫色為鄭主，黃色為阮主，綠色為越南領國佔婆，南方阮主在與北部對峙同時，也不斷南侵佔婆以開拓疆土。
雖阮氏名義上仍稱臣，但事實上兩大家族已經決裂，其實，這兩家本來是後黎朝開國君主黎利關係密切的戰友與助手，本肝膽相照，在之前討伐莫朝的時候，雙方再度聯手並肩，但涉及權鬥後，竟決裂至此，令人嗟嘆。
阮潢去世後，南方阮氏政權繼任的阮福源切斷了和北方朝廷的關係，直接掌握了南方全部政事，阮氏政權有一個優勢，就是通過海路可以更接近當時的西方殖民勢力，阮氏從葡萄牙人手中購買歐洲的先進大炮，同時學習歐洲船舶的設計方法，還和中國、高棉、日本等地發展貿易。以積蓄力量，1620年，阮氏宗親阮福洽和阮福澤與鄭氏政權內通被察覺，鄭氏見陰謀敗露，只好退兵，阮福源正式拒絕交稅並臣服於北方朝廷。雙方矛盾激化。
阮主政權的首都在富春（今天的順化，也是後來越南阮朝都城）
1623年鄭松逝世，其子鄭梉繼立，再度要求阮氏稱臣納貢被拒絕，矛盾已經無法調和，1627年，鄭氏正式南征，雙方開始首次交戰，大戰四個月不分勝負，雙方呈現分裂居民，令人驚訝的是，雙方的分界線在廣平省的江上。這條疆界與北緯十七度線非常接近，這正是後來南北越的分界線。
1630年形勢，這裡的華英和南蟠是一種阮朝的羈縻政權，1471年越南攻破佔婆後，割佔了大片土地，把佔婆剩下的地盤分成三個臣屬於大越的小國（佔婆，華英，南蟠）
當時的情況是，北方鄭主控制了越南傳統重心：北越紅河平原，這是越南精華地帶，人口充足的多；南方阮主硬實力遠遠不如鄭氏，但能接觸到洋人，尤其是葡萄牙人，這讓他們得以購置較先進的歐洲軍備，在城防中僱傭歐洲的軍事專家，而且由於越南的地形狹窄，北方南下很難通過大兵團進行，所以阮氏只要守住關鍵要塞就行，鄭氏幾十萬大軍南下，都無法攻破防線。
1627年至1672年期間，雙方進行了七次大規模交戰，始終保持均勢，雙方都打累了，於是在清朝調停下，雙方停戰，劃定江為界，鄭阮各管一方，阮氏奉黎皇為越南國主，史稱“自是南北弭兵”。阮氏政權在當時越南正式文章中亦被稱為“南河”或“南河國”；在口語上則被稱為“內路”和平持續了100多年，雙方嚴守邊界，然而百年後，鄭阮兩大朝廷均開始腐敗，1771年，南方廣南阮氏統治的歸仁府西山邑，爆發大規模民變，這就是著名的西山起義，北方鄭氏見南方大亂，渾水摸魚派兵南下支援西山軍，1776年，西山軍攻滅阮主；然而很快矛頭指向北方的鄭氏的統治者，1786年，西山大軍北伐直搗昇龍，擊破鄭主並廢除本就是傀儡一般的黎氏皇帝，西山軍領袖阮惠自立為帝，終於結束了越南近200年的分裂局面。
江，經鄭阮七次交戰後成為雙方交界
然而，意外的是，西山朝後來也沒存在多久，由於西山軍領袖內訌，1802年（嘉隆元年），阮主後裔阮福映滅西山朝即位，正式建立了阮朝，這是越南歷史上最後一個封建王朝，也就是說，可以認為，最終得到南國河山的，是南方的阮主。
越南的南北分裂時期是相當特殊的，首先，雙方均未稱帝而是尊奉同一個帝王（黎氏），古史學一般只稱呼為“鄭主”和“阮主”；然而黎氏本身卻沒有實權，而是鄭氏的一個傀儡（“鄭氏掌權之時，皇室稱為“朝廷”，鄭主的幕府稱為“府僚”。所有事務，不論是政治還是軍事事務，皆由府僚管理。後黎朝的朝廷僅僅具有虛名，沒有任何實際權力”（《越南通史》，陳仲金），鄭主甚至可以根據自己的意願隨意廢黜、擁立皇帝，並且誅殺反對自己的後黎朝宗室。）
1760年時的越南地圖。由柯文斯·艾·莫蒂埃公司在阿姆斯特丹出版，可見歐洲國家普遍把當時的越南視為兩個國家
北方鄭主的地位實際就有點像日本的幕府將軍，黎朝皇帝設置的六部被架空，其職能由鄭主府內“六番”行使，後來，鄭王直接在御座左側與黎帝並排而坐，甚至連入朝趨拜、上奏具名等臣下禮節都一併豁免；那南方阮主的名分是什麼呢？阮主名義上奉後黎朝皇帝為君主，並使用後黎朝的年號，但並不服從鄭氏，其自稱“大越國阮主”，但實際已經另起爐灶，外國人一般稱這裡為廣南國，因為廣南地區有一個重要外貿港口會安，在當時越南的正式文章中亦被稱為“南河”或“南河國”，在口語上則被稱為“內路”；而北部在當時越南的正式文章中亦被稱為“北河”或“北河國”；在口語上則被稱為“外路”，中國商人習慣稱為“交趾國”，而日本人稱為“東京國”（越南的東京是指河內）。
也就是說，名義上，越南還是一個統一的後黎朝，但是事實上黎朝皇室早已形同虛設，而且南方分裂已成定局，所以1533年之後的這種後黎朝，越南歷史學家有個特殊的稱呼，叫“
黎中興朝”。即便是阮朝建立後，也不得不面對這段尷尬的歷史，為緩和矛盾，冊封后黎朝宗室為延嗣公，主後黎朝祭祀；鄭氏宗親鄭楈主鄭主祭祀，以安撫北城之人。當然，對於農民軍建立的西山朝，則被視為叛逆，阮朝國史館所修《欽定越史通鑑綱目》對西山軍起義更恨之入骨，極盡誣罵之能事，立場是極為明顯，誣之為“叛亂”，“反逆”，“偽朝”，根本不視為正統，直到越南近代才得以改觀。而對於莫朝，越南後世也是普遍評價極差，一方面是因為其本就屬於篡位，另一方面也是由於民族主義情緒，越南人不滿其歸附明朝，成為名義上明朝臣子，這使得即使是封建朝廷和殖民政權被推翻後，越南人對其評價也極差。
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