刘裕收到的消息很短，却触目惊心：卢循再反，何无忌战死。
建康朝廷已经乱成一团，京城戒严。甚至商议迁都，往下邳去依靠刘裕。后来听说卢循的军队在休整，才没有带安帝渡江。
而刘裕抛下军队后，单船渡江，至京口后并未休息，直奔建康。四月，刘裕入京，朝廷众人这才有了主心骨，宣布京城解严。由此可见，在面对征伐之事时，刘裕已经成为了当仁不让的领袖。
刘毅很不服，他一直觉得刘裕只是运气好，之前卢循击败何无忌后，他由于生病，所以没有出征，但是朝廷众人似乎并不因为他还在豫州，就不害怕卢循。这让刘毅更想证明自己。
刘裕知道刘毅想要独自出战，赶快派随自己征南燕的刘毅之弟刘藩去姑孰劝说，并且带去了自己的一封信: “我从前多次与卢循的军队交手，不能轻视，等北伐的军队归来，我们合兵，出征。”
然而站在刘毅的角度解读一下这封信 ，‘多 次与卢循交手’，可是谁不知道你刘裕正是因为多次击败孙恩、卢循才崭露头角；‘不能轻视’的意思就是我如果单独出征就打不过卢循。听听这说的是人话么！所以刘毅对弟弟刘藩说：“之前我让着刘裕，所以你就真以为我不如他吗！”这句话不仅是对刘藩所说，也是对朝廷众臣的。
刘毅也学刘裕征南燕的行为，抗表出征。率两万军队，从姑孰迎击卢循。
卢循刚刚击败了荆州刺史刘道规的军队，便迎来豫州刺史刘毅的二万精兵。义熙六年
(410年) 5月，两军于桑落洲(今安徽宿松)爆发战斗。结果证明了卢循之前屡次失败，不是卢循太弱，而是刘裕太强。
刘毅军队全军覆没，舟船全毁，辎重尽丧。刘毅在亲兵的掩护下步行逃离战场，奔回建康。
这一战后，建康群臣彻底慌了神，因为赖以支撑的江州何无忌，荆州刘道规、豫州刘毅分别败于卢循，而北府的军队刚刚征讨完南燕，返回建康的士兵伤兵满营，京城几乎无兵驻守。更有败兵为了掩饰失败，向建康中人描述卢循军队有战士十余万，运粮草的车百里不绝。绝望情绪笼罩了建康的每一一个人。
东晋朝廷为何如此惧怕卢循的军队?因为他们算是狂热的宗教分子。
事情要从孙泰说起。孙家世奉五斗米教，孙泰以道术聚集了一大批次等士族出身的官员，他们皆以孙泰马首是瞻。甚至执政司马道子的儿子司马元显也很信奉他。孙泰的活动本质上是集结了东晋的一些次等士族，妄图夺取权力。这使得一些高门门如琅琊王氏、太原王氏、陈郡谢氏感到了威胁。不久，会稽内史谢蝤(音you，二声)举报孙泰图谋不轨，司马道子将孙泰诛杀。但是孙泰的侄子孙恩却逃往海上，没有被抓捕归案。
后来司马元显执政，为了对抗桓玄，增加军事力量，发客为兵（即征发士族门阀名下的农民为士兵，受朝廷管辖），引起了三吴士族豪强的不满，孙恩趁机登陆会稽，以五斗米教的名义起义。无论是被司马元显侵犯了利益的地方士族，还是底层信奉五斗米教的教众都汇集到了孙恩的旗下，一时之间有数十万人。义军们攻城掠地，凡是不信奉五斗米教的，皆遭到诛杀，婴儿也不曾放过。甚至随军的家属，如果携带婴儿，不利于行军的，就将婴儿投入水中，宣称是“贺汝先登仙堂， 我寻后就汝。”后来孙恩被刘裕连续击败，走投无路下跳海自杀。义军余众推孙恩的妹夫卢循为领导，继续在三吴地区攻略郡县，当时赶上桓玄与朝廷开战，双方便都对卢循采取怀柔政策，以广州刺史的名义安抚他。
双方心知肚明，一旦朝廷缓过来，肯定会再次爆发战争。所以趁刘裕远征，卢循从广州进军。一路先后击败何无忌、刘道规，现在又大破刘毅，距离攻破建康只有一线之隔了。
如果卢循攻进了建康，那这些高门大族肯定会死无葬身之地，双方不存在和平的可能，这也是朝廷众臣如此恐慌的原因所在。
面对兵临城下，朝廷出现了分歧。孟昶、诸葛长民等人认为应该奉皇帝渡江，往广陵暂避锋芒。刘裕认为一旦出京，军队一定崩溃，就算到了广陵，那也是苟延残喘。只能在建康坚守，方才有一线生机。孟昶屡次建议应赶紧逃走，刘裕终于生气了，两人大吵起来。刘裕说：“ 如果城破，我自当横尸庙门，绝对不会苟且偷生”，孟昶也极为恼火，认为必败，不如现在就杀了自己，省得到时候被卢循羞辱。刘裕愤怒的质问说：“你既然不怕死，为何不先打一仗，到时候失败了再死也不迟！”然而孟昶回府之后，觉得走到这步田地，是因为自己曾大力支持刘裕征讨南燕，所以导致京城空虚，卢循再反，他羞愧难当，上遗表将罪过揽到了自己身上：
刘裕北讨，众并不同，唯臣赞裕行计，致使强贼乘间，社稷危逼，臣之罪也。谨引咎以谢，天下！
然后仰药自杀。
孟昶的死并没有动摇刘裕的决心。他下令募民为兵，赏赐等同于随自己从京口起兵讨伐桓玄的士卒。并且亲自引军驻扎在石头城(建康之西的要塞，紧邻长江)。许多市民来看热闹，刘裕好奇的问参军张邵，张邵回答说：“如果您没有回归建康，那这些人四散奔逃都来不及，怎么还有心情看热闹呢？贼军到达后如果直接登陆，那凭着锐气一鼓而下，我们就危险了，但是如果他们到达后在对岸集结， 那就必定失败。”刘裕很赞同他的看法，于是登城遥望卢循军动向。
纵观刘裕一生，这一战最为凶险。因为这一战的主动权不在他的手里，而是在敌人的手里。所以当他看见卢循军直奔新亭而来的时候，大惊失色，但是后来卢循军不知为何，逐渐奔向了对岸， 刘裕极为开心， 知道自己即将度过这一关。
卢循是随先头部队一起抵达建康的，他的姐夫徐道覆建议直接登陆新亭，但是卢循害怕刘裕，认为等大军集结后进攻，方才万无一失。于是回转西岸，等待大军的到来。徐道覆叹息说：“我早晚被卢循害死啊，如果使我得以在英雄手下效力，平定天下也是易如反掌。”徐道覆的叹息不是没有理由的，此次卢循从广州出兵，乃至击破刘毅，都有徐道覆出谋划策的功劳。
所谓机不可失，失不再来。等卢循集结完军队，刘裕这边也已经布置完善，两军数次交锋，卢循军都不曾突破晋军防线，虽然一度在登陆丹阳郡，但始终不能击破晋军，逼近建康。随着时间的推移，晋军越来越强，而卢循军锐气尽失，最终于七月，返回江州的寻阳。
建康解严，刘裕立即下令孙处、沈田子率军出海，直扑广州，并且下令说:“大军十二月之交必破卢循，你们先到广州，抄他们的后路，使他们退无可退。”
建康的危机解除了，但是卢循军返回寻阳后，很快溯江而上，攻打江陵，希望占据中游，来对建康保持压力。与此同时，益州的谯纵派出桓氏余党桓谦，领兵从上游顺流而下进攻江陵。
刘道规令从襄阳来支援的鲁宗之部队守城，自己领兵出战。时任天门太守的檀道济先登陷阵，一举冲破桓谦阵势，导致桓谦军队大败,桓谦本人也被杀死。随即乘胜追击，击破卢循的部将苟林，江陵之围遂解，等徐道覆率后援三万赶到江陵时，已经只有自己一支孤军，所谓兵败如山倒，士气全无的军队再次被刘道规击破，徐道覆本人也逃回了卢循的本部。
十月，刘裕率领刘藩、刘敬宣、檀韶自建康出发，征讨卢循。正如刘裕对孙处等人所下的命令一样，甚至时间都惊人的一致。十二月，刘裕击破卢循全军，卢循、徐道覆分别逃跑，然而等待他们的，是已经被孙处、沈田子攻占的大本营，最终二人皆被诛杀。至此，持续了12年的孙恩、卢循之乱彻底被平定。
义熙七年(411年) 3月，刘裕登台辅，成为三公之一――太尉。
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