明朝天啟六年，九千歲魏忠賢權傾朝野，各級官吏爭相為其獻媚，竟然在全國展開了一場為“九千歲”建立生祠的浩大工程。
北京城朝陽門外三里處，為京師防禦衛隊屯兵之所在，故此被稱為“三里屯”。三里屯住著一名工部輿圖局繪製地圖的一名小吏，名叫孫林，於昨日午夜時分被人殺死在自家院子當中，尤其是下身被兇手用菜刀砍得血肉模糊，死狀慘烈。捕頭李重厚接到報案後，清晨時分帶領手下人等趕到了案發現場。
根據李重厚的調查得知，孫林的工作就是負責在北京城東郊一帶為“九千歲”建立生祠的製圖官員，因為工作繁忙，孫林整整兩個月沒有回家了，他是聽聞近來妻子寧氏被鬼魂纏身，而臨時請假返回家中一探究竟的，不想當晚即魂飛天外。
此案最大的嫌疑人貌似是孫林的妻子寧氏，但經過李重厚的初步勘察，他認為兇手並不是面前這個神情異常憔悴，但依然擋不住其萬種風情的寧氏。當然，李重厚更不認為是鄰居們口中的鬼魂索命，並將起鬨“鬧鬼”的百姓一頓訓斥。人群中有一箇中年人器宇不凡，身旁跟著個十七八歲的小姑娘，他們兩個看到李重厚的表現後，微微點了點頭。百姓們對眼前這個頭戴獵鹿帽、身穿大斗篷、嘴裡叼菸斗、揹著雙肩揹包的人十分好奇，都想看看這個奇怪裝扮的刑部捕頭如何破解這個離奇命案。
李重厚從雙肩揹包內取出了放大鏡、戴上白手套，仔細勘察了整棟房子的每一個角落，並對屍體現場初步檢驗後，心裡得出了大致結論。之後，李重厚分別對主張鬧鬼的鄰居大嬸、死者妻子寧氏、躲在門縫默默觀察的鄰居家小姑娘進行了詢問後，他將犯罪嫌疑人鎖定在了街道東頭第一家的王七頭上。
王七見到李重厚找上門來，自知罪行敗露，遂奪路而走。李重厚在追逃過程中，不慎闖入一個郊外的莊園，並巧遇一名正在裸身練功的美麗女子，由於女子擔心走火入魔，硬生生被李重厚看了個通透，在教堂見慣了西方文藝復興時期人體油畫的李重厚，再加上李重厚心中的女人是“秋芊”姑娘，所以並沒覺得這個女人有什麼好看的，於是面對女子羞愧驚訝的神情，顯得不以為然，這也給他日後留下了殺身大禍的隱患。
這個王七身手矯健難以制服，李重厚本不會武功，但是他精通外科手術，所以手中的手術刀近距離打鬥時也可以出奇制勝。經過一番驚險抓捕後，王七最終落網，百姓們紛紛稱讚李重厚真乃“神捕”。根據王七的供述，他自從住到寧氏家附近後，就一直垂涎寧氏的美貌。於是，王七每晚潛入寧氏房中並藏於床下，到了半夜用迷薰香將寧氏迷暈，隨後奸之。那晚，孫林突然回到家中，膽大的王七竟依然如法炮製。誰知，正在王七犯案之時，孫林漸漸醒了過來。為了掩蓋罪行，王七將孫林殺之。
正當李重厚洋洋得意的朝眾星捧月的百姓們揮手示意之時，人群中那個一直在觀察李重厚的中年人突然擠出人群亮出身份，並帶領一干手下將李重厚拿下。原來，這個中年人就是當朝大理寺正卿梁威，身邊的小姑娘是他的義女名叫梁小年，因為是五年前在小年夜被梁大人救回家的孤兒，故而取名“小年”。梁威將李重厚帶走，並不是因為李重厚身犯律法，而是要將一起皇上指派的秘密案件交由李重厚偵破，並將其提拔為大理寺少卿。
梁威告訴李重厚，皇上和妹妹長樂公主前幾日凌晨出宮時，來到有“鬼市”之稱的古玩街時，遇到一件奇事。一個赤身裸體，身上寫滿文字的胖子，身披一間肥大外衣，坐在祭天的祭壇上，口中叨唸著什麼……，“屋瓦掉落殿梁陷，禾女哭時鬼影現，兆示有司藏兇奸”，而後在官軍驅趕他時，他竟然放出鬼火燒傷官軍，之後竟然坐地憑空消失，此後其叨唸的內容竟然在皇宮大內中一一應驗。於是，皇上深感事出蹊蹺，所以才與梁威商定，由李重厚來偵破此案，時限只有七天。梁威還告訴李重厚，破案時順便找找性格古怪的長樂公主，她那天趁著混亂逃走了，至今未歸。
李重厚聽罷， 本不想接受此次皇上的差遣，因為李重厚向梁威提出，這個王七因迷姦寧氏在先，為長期霸佔寧氏殺死其夫孫林在後，雖然此人對於犯罪過程供認不諱，但是總讓人覺得有不對的地方，比如：此人是幾個月前才入住三里屯，而且孤身一人住著偌大的院子，人生地不熟的就敢公然強姦、殺人，並且在擒拿此人時，發現他竟然武功高強，看來應該不是普通人，背後的隱情應該挖掘出來，說不定有什麼驚天大案。梁威聽後一個勁兒的搖頭，規勸李重厚“王七殺人案”是小，皇命不可違是大，梁小年十分喜歡李重厚，也勸他遵從皇命，李重厚權衡利弊後勉強應允。隨後，李重厚問梁威公主長什麼樣子，梁威說自己也沒見過，李重厚只得咧咧嘴。
於是，李重厚找來了準精通法醫學，且深戀自己的“小師妹”陳寬作為得力助手，以及貪財好色，但天賦異稟又迷戀陳寬的好哥們兒唐鎮，來共同查證此案。
梁威向皇帝交旨。原來，李重厚也是皇室血脈，因其母是宮女身份，被先皇臨幸後生下李重厚，為保皇室顏面，所以將其送到西方傳道士那裡撫養，傳道士威廉神父年輕時是一名英國皇家警察，這倒讓本就聰明絕頂的李重厚，學得了一身中西合璧的探案本領。
李重厚和唐鎮、陳寬、梁小年來到“鬼市”查看案發現場，發現所謂鬼火不過是硫磺煙硝等物，沒傳說的那麼神。唐鎮依照現場目擊者的描述，給“鬼市怪人”畫了一幅人像，“人肉照相機”是李重厚送給唐鎮的綽號。怪人留下的白袍令李重厚很是好奇。這時，前者李重厚追捕王七時，被李重厚看光的那名女子突然出現，見到李重厚不由分說便上前行刺。這名女子名叫冷豔，李重厚認為她是因為被自己看了胴體而惱羞成怒，解釋了半天，冷豔根本不聽，誓要取李重厚性命。一番打鬥後，冷豔見刑部捕快越聚越多，自己不能成功，隨後飄身離開。陳寬得知內情，認為李重厚與冷豔有情，隨之醋意大發，令李重厚好生煩惱。唐鎮對陳寬一往情深，見到她如此迷戀李重厚，也跟著心生不滿。
李重厚等人回到大理寺衙門後，有人稟報王七在獄中上吊自盡。李重厚在查驗現場時，覺察到王七是被人縊死後偽裝上吊。李重厚認為此案背後一定大有隱情，但是“鬼市案”由有七天限期。於是，他決定兵分兩路，由唐鎮和陳寬來負責“王七案”。
唐鎮和陳寬來到了位於京東燕郊的孫林辦公住所。
夜晚，李重厚和梁小年對著“屋瓦掉落殿梁陷，禾女哭時鬼影現，兆示有司藏兇奸”思索。忽然，李重厚從字裡行間似乎悟出了一些門道，但又不慎明瞭。這時，唐鎮和陳寬急匆匆跑了回來，兩人有了驚天的發現。
原來，唐鎮和陳寬來到孫林辦公所在後，發現室內被人翻得一塌糊塗。詢問附近茶館的掌櫃得知，孫林住處附近近來多了很多可疑人等，尤其是前天他離開之前，家中來了一個胖胖的員外，之後孫林就匆匆離開了。孫林離開後，家裡又陸續來了兩個人，一個是年輕的公子，但沒見他出來。之後，又來了一個是白髮道人，白髮道人走的時候，身上有傷，背後還多了一個大大的畫軸。茶館老闆向唐鎮描述了胖員外的外貌，唐鎮畫了下來，剛準備描述年輕公子時，茶館老闆被人用暗箭所殺。
李重厚聽後眼睛瞪得溜圓。唐鎮把那個到過孫林家的員外畫像拿了出來，大家都十分震驚，孫林家的員外，竟然就是“鬼市案”中那個消失的胖子。李重厚激動得流下眼淚，佩服自己真是個天才，這下兩個案子可以併案偵查了。
李重厚從寧氏那裡得知，胖員外是孫林的表哥劉山，住在離燕郊不遠的香河，但是聽說幾個月前得罪了魏忠賢，因此落了個家破人亡。
李重厚和唐鎮、陳寬連夜動身趕奔香河，梁小年也要跟著去，被陳寬哄著留了下來，她覺得小年對李重厚有意思，所以尤其反感。夜晚，走到通州一密林之處之時，遇到了一夥強盜，他們不像劫財而是害命，李重厚告訴唐鎮，為首的那人應該就是孫林家出現過的年輕公子。打鬥中，唐鎮為救陳寬跌落運河被河水捲走，生死未卜。李重厚在生死時刻，被突然殺出的冷豔誤打誤撞的相救。冷豔為了能手刃李重厚，與年輕公子打鬥，不幸重傷昏厥。李重厚在危急關頭，拿出神父贈予的混元霹靂彈將強盜炸退，救下冷豔。
李重厚悉心照顧冷豔，並向大難不死的冷豔，解釋了自己並非故意偷看她裸體練功的往事。而冷豔此時面對拼死搭救自己的李重厚，說明了自己的心事。原來，冷豔並不是因為李重厚偷看自己而要追殺他，而是因為冷豔自幼又胖又醜，苦練神功，為的就是改變容貌，當時李重厚誣衊她長得醜，所以才大傷自尊追殺李重厚。李重厚聽後，深情的看著冷豔，一時間竟然覺得面前的女子竟和“秋芊”有幾分相似。於是，李重厚迷迷糊糊地說了，她是自己此生見過的最美麗的女子，冷豔聽後欣喜地扎入李重厚懷中。
李重厚與冷豔遇到一夥真的強盜，並救下了一名綢緞莊老闆。根據“鬼市案”中現場遺留下來的白袍，可以確認此袍就是出自他的綢緞莊。根據老闆的述說，得知了，一天夜晚在即將打烊之時，此袍曾經由一位白髮道人購買，而根據店主描述，買袍之人應該就是到過孫林家的那個道人。店主還告訴李重厚，香河的名仕劉山，因為不肯將祖上土地售賣給為“九千歲”建造生祠所用，被錦衣衛來了個全家滅門，只有劉山倖免於難，而劉山又在前段時間吊死在了縣衙門前。李重厚很是奇怪劉山既然已死，又怎會跑到京城鬼市呢？
李重厚與冷豔從縣令處得知，劉山確實已死，人就被草草的埋葬在了一塊亂墳崗上。所有線索全部中斷，唐鎮和陳寬又生死未卜，唯一的希望就只有那個白髮道人了，可是那個道人行蹤不定到哪裡去找呢？李重厚再次拿出了“屋瓦掉落殿梁陷，禾女哭時鬼影現，兆示有司藏兇奸”，在冷豔無意中的提示下，他明白了和“九千歲”魏忠賢有絲絲關係的奧妙，孫林和劉山的死，又都和魏忠賢建生祠的事情有關。那麼眼下最應該做的事，就是去“九千歲”的生祠去看一看了，李重厚堅定的認為，而在劉山家的原址上就有一家。
李重厚和冷豔來到了香河的“九千歲”生祠，迎接他們的是個滿面慈善之氣的老道。他們轉了一圈發現，“九千歲”的生祠，聲勢浩大，佔地面積極廣，並且祠堂內建有很多高大的廠房。不僅如此，“九千歲”的生祠似乎有違風水之道，甚至是逆風水所建，這幾點就連冷豔都看得十分不解。而善面道士則說了一大套自圓其說的道理，敷衍了過去。天色將晚，善面老道請李重厚和冷豔留宿館藝，他們答應後，都暗自提高了警惕。
夜晚，冷豔身著內衣來到楊雲準的房間，李重厚看到婀娜多姿的冷豔浴火難耐，兩人即在館藝內翻雲覆雨。之後，雙雙就寢。不想，半夜從床下殺出一名黑衣人，朝著睡床連刺數劍。熟料，冷豔從房樑上殺出，將黑衣人截住。原來，前者兩人翻雲覆雨是假，引蛇出洞才是真正的用意。此時，又從外面殺出十幾名黑衣人，將冷豔和李重厚團團圍住。冷豔傷勢未愈，李重厚又不懂武功，眼看兩人就要雙雙斃命，有一白髮道人和一男一女相繼殺出，男的就是唐鎮，女的便是陳寬。
李重厚見到唐鎮和陳寬十分振奮。原來，唐鎮和陳寬被打入河中後，陳寬昏迷了一整天，醒來後尋找李重厚時，發現了白髮道人跟蹤李重厚和冷豔，唐鎮馬上想到了孫林家那個白髮道人。於是，兩人螳螂捕蟬黃雀在後，一路跟蹤找到了李重厚和冷豔。
李重厚等人雙拳難敵四手，漸漸的也支撐不住。李重厚用最後兩顆混元霹靂彈炸傷了眾黑衣人。領頭的黑衣人正是那名善面道士，此人極難對付，唐鎮和陳寬受重傷，善面道士放出有毒袖箭，欲擊殺李重厚。白髮道人為救李重厚被毒藥袖箭射中，就在此時，李重厚從揹包中取出遂髮式轉輪火槍，擊中了善面道士，善面道人逃走，而白髮道人則奄奄一息的將背上的畫軸交個李重厚，又指了指李重厚睡覺的房間，一命歸西。
李重厚等人打開白髮道人給的畫軸，發現這竟然是孫林偷偷繪製的“九千歲”生祠建造全景圖。又跑到房間裡，發現了床下有個地道，而這個地道只能通向不遠處的主臥室。這是什麼意思呢？這一切隨著白髮道人的死，又成了一個巨大的謎團。
回到了大理寺，李重厚向梁威報告了整件事情的始末。梁威打開孫林繪製的地圖看了又看，也沒有看出端倪。李重厚認為劉山一定沒死，他現在是唯一一個能夠給出自己答案的人，然而七天之約僅有兩天了。李重厚帶著唐鎮和陳寬、冷豔連夜去找寧氏，希望從那裡得到些新的突破口。
李重厚等人晚到一步，寧氏剛剛被人殺死在家中，而兇手又是那個年輕公子。
又一天過去了，這是交付皇命的最後一天了。在此關鍵時刻梁大人和梁小年又出去私訪了，李重厚連個說心裡話的人都沒有，心情十分低落。寧氏的死令李重厚十分不解，如果兇手想殺寧氏為什麼不早早動手，非要在自己去找她之前痛下殺手呢？李重厚等人心灰意冷的走在北京城夜晚的街道上，不知不覺竟然來到了“鬼市”，李重厚跳上祭壇想再看看如何能夠憑空消失。熟料唐鎮無意中提到的，西方魔術中的“大變活人”，解開了李重厚的疑惑。他發現了祭壇上有個翻板，正是這個翻板使人可以在灰濛濛的夜色中“憑空消失”。
李重厚挖開翻板下的新鮮土壤，發現了一條寬寬的密道，順著密道他們不知走了多久，眼前是一處華麗高大的庭院。
李重厚等人進入大莊院後，藉著月色，這裡空無一人甚是陰森。唐鎮離奇失蹤，李重厚只得和冷豔、陳寬繼續前行。他們在院子裡經過了小股的戰鬥後，善面道人押著兩個人出現在了李重厚面前。這兩個人一個是劉山，一個竟然是大理寺正卿梁威。冷豔、陳寬亮劍準備決戰，李重厚左手持手術刀，右手到揹包裡取模遂髮式轉輪火槍，但令其驚訝的是，火槍竟然不見了。這時，唐鎮手握火槍從暗處出現。原來，唐鎮在通州遇襲之時，被黑衣人們抓住，為保陳寬和自己的性命，唐鎮答應做內奸，並與陳寬服食了慢性毒藥，待敵人大功告成之時再賜予解藥，而這一切陳寬因為昏迷不醒，竟然完全不知曉。
陳寬大罵唐鎮，唐鎮卻說，自己名不足惜，完全是為了保存自己深愛的陳寬性命。李重厚一見自己深陷重圍，光憑冷豔、陳寬兩名女孩，哪裡是敵人的對手，讓冷豔等人繳械投降，善面道人十分得意。李重厚希望將事情弄個明白，善面道人卻說，梁威大人已經弄明白了。
梁威言道，自己始終對孫林的地圖不解其中奧妙，於是找到自己兵部的好友侍郎田峰前去求助，田峰看後，拿出一張全國兵部駐防圖，兩張圖一對照，答案顯而易見。原來，每一處兵部駐防的區域，都有一處“九千歲”魏忠賢的生祠，目的是在未來發動兵變，謀朝篡位時，可以第一時間殲滅皇帝的防禦力量。劉山接著告訴李重厚等人，而孫林在繪製工程圖時，發現了這一秘密，所以欲向朝廷彙報。但是，魏忠賢的朝廷黨羽遍及朝綱，所以遲遲未能成行。後來，劉山被出家修仙的皇叔白髮道人所搭救之後，以表弟的身份取得孫林的信任，由白髮道人來孫林家拿走孫林藏在地下的工程圖，期間遭遇年輕公子，白髮道人在受傷的情況下幸好不辱使命。
白髮道人與劉山定計，借皇上去鬼市的機會，向其傳達魏忠賢欲謀朝篡位的計劃，並由白髮道人夜入皇宮，去應證忠告。
李重厚一聽十分得意，並告訴善面道人自己在香河的時候，看到了“九千歲”生祠逆風水而建，又莫名其妙地建了很多高大廠房，自己就猜了個八九不離十，只是梁大人為何被抓？善面道人告訴李重厚，兵部侍郎田峰也是“九千歲”的人，梁威送上門去，自然會被抓。“九千歲”的部下遍佈天下，當初孫林要告發生祠秘密的消息不就而走之後，孫林及其妻子寧氏被監視，王七就是監視寧氏的錦衣衛，只不過他見色起意迷姦了寧氏，後被回家的孫林發現，王七又殺死了孫林。而王七因私廢公誤了大事，自己親手勒死了他，又偽裝成上吊的樣子。
李重厚很疑惑，和梁大人一同出行的梁小年哪裡去了？這時，那個與他們久打交道的年輕公子蒙著臉走了出來，她摘掉面紗後，大家驚訝不已。原來，年輕公子就是梁小年女扮男裝的。梁小年重新介紹了自己，李重厚、梁威等人這才得知。因為梁威總是暗裡與魏忠賢作對，所以當年梁小年是給魏忠賢做臥底，潛伏到大理寺梁威身邊。而梁小年的真實身份，是魏忠賢的親生女兒。原來，魏忠賢當年是娶妻生子後，才因家境貧寒淨身入宮的，後機緣巧合下得到皇后和當時太子的重用，才有今日。
冷豔大罵梁小年狼心狗肺騙了大家，而梁小年也回罵冷豔是騙子。梁小年告訴大家，冷豔就是皇上那個淘氣的御妹“長樂公主”。眾人都大吃一驚，尤其是李重厚。梁小年告訴李重厚，本來因為自己對李重厚頗為愛慕，加之梁大人確實是為人人君子，所以最初的計劃的搶到孫林的工程圖就可以罷手。但是，隨著梁威和李重厚解開了“九千歲”這不能見光的計劃，所以必須將所有知情人盡皆滅除。
就在李重厚、冷豔、陳寬、梁威、劉山命在旦夕之時，唐鎮開槍打死了衝上來的錦衣衛，並救下了梁威和劉山。善面道人大罵唐鎮這是不想活了，當心不久後毒發身亡。其實，李重厚從香河回來後，早就在心裡解開了整個案件的實情，只是抓不到案犯還是無法交付皇命。就在寧氏被害之後，唐鎮見到敵人開始濫殺無辜，於是找到了李重厚，講出了實情，並制定了這個引蛇出洞的計劃，至於自己和陳寬的慢性毒藥，唐鎮本想為了國家為了百姓，自己可以和陳寬共同赴死，也是一件幸事。此時，整個莊園被官軍包圍，經過一場廝殺，梁小年負傷逃走，善面道人被活捉，“長樂公主”被迎回紫禁城。
次日，梁威在御書房向皇上交旨，“鬼市案”在限期內，由大理寺少卿李重厚勝利告破，田峰、善面道人在押、梁小年出逃、劉山於社稷有功被歸還家產並賞金萬兩。魏忠賢將所有罪名都推給了田峰等人，皇上考慮到魏忠賢勢大，一時沒有必勝的把握，所以判他降級罰奉閉門思過，並拆除所有為其建造的生祠。
唐鎮和陳寬，在神父中西醫結合解毒療法的治療下，驅散了慢性毒藥，救了二人的性命。陳寬看到唐鎮除了愛錢以外，還更愛自己，更愛國家和人民，因此對他有了點好感。
梁威告訴李重厚，他獲得了皇帝的認可，以後將獲得重用。梁威依照皇命告訴了李重厚皇室遺珠的身世，而且不許李重厚對別人提起，否則會招來殺身大禍。梁威還告訴了李重厚自己的一個小秘密。那就是梁威與李重厚的生母，曾經是兩小無猜的一對，後來因其母家遭變故才入宮為奴，如今有愛人之子在自己身邊陪伴，梁威甚是欣慰。李重厚聽後對梁威的感情又增進了一步。
此時，門外有侍衛大喊“長樂公主駕到！”李重厚聽後當即一愣，問梁威，我如果是先皇的私生子，豈不是和冷豔成了兄妹！梁威點點頭。李重厚聽後破窗而出。
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