明隆慶六年，公元1572年，依靠高拱、陳以勤、張居正等一眾名臣，實施“隆慶新政”，革弊施新，使四海內外得以大治的明穆宗朱載坖，（坖，[jì] 古同“忌”）因長期服食春藥，終於支撐不住，年僅36歲便溘然長逝。死前，穆宗託孤高拱，遺詔皇太子朱翊鈞繼位，囑咐其要：“進學修德，用賢使能，無事荒怠，保守帝業。”於是在朱翊鈞十歲這年，他接手了因父親晚年荒於政事而留下的爛攤子，登基為帝，改元萬曆，是為明神宗。
▲因嘉靖帝迷信“二龍不相見”之說，朱載坖與其的父子關係極為冷淡，直到景王朱載圳身死，朱載坖才得位諸君。
萬曆皇帝繼位之始，恪守父皇遺訓，“進學修德”，不忘讀書。據載，萬曆皇帝從懂事開始，就按照祖宗舊制，舉日講，御經筵，讀經傳、史書，在繼位之後，又聽從張居正之言，每天日出之時駕幸文華殿，聽一眾儒臣講讀經書。稍事休息後回講席，再同老師研讀史書，等到在此用完午膳才返回宮內。這樣的日常只有在每月逢三、六、九常朝之日，才得以暫免講讀，此外風雨無阻。
▲萬曆皇帝從少時開始就一直勤奮好學，這份勤勉在大明朝一十六帝中都是少見的。
除了讀書外，國事政務方面，萬曆皇帝一繼位，託孤大臣，大學士高拱就馬上上書呈進新政五事，要求萬曆皇帝需”御門聽政，親答奏請，面見輔臣，議處要事”,而且一應奏摺在閱覽後都要發送至內閣看詳擬票，杜絕內批留中。高拱臨終受命，自是本著“以主上幼衝，懲中官專政，條奏請詘司禮權，還之內閣”的想法，想要朝夕訓導少帝，但未免操之過急，令年僅10歲的萬曆皇帝生出了危懼之意，只得“拱默受成於兩宮，權不自制，惟恐外廷之擅”。
▲高拱和張居正一同開創新政，使得穆宗、神宗兩朝皆有中興之象。
高拱雖然一腔忠君愛國之心，但主弱臣強必遭非議，且高拱得內閣首輔之位後確是稍嫌專橫，“專權之疑，深中帝心”，最後終被勒令致仕，以張居正代其位。而正是高拱的”專權之疑“，造就了一個把持朝政權柄於手，改革圖強的英明之君。此後，萬曆皇帝勵精圖治，推行新政，將“大柄悉以委居正”，並以師禮待之。於是在萬曆元年到萬曆十五年這之間，萬曆皇帝始終不倦朝政，十年改革，一改正德、嘉靖兩朝以來的頹態，開創出“萬曆中興”的中興氣象，可惜的是，萬曆十年，公元1582年，一代名臣張居正病逝，宣告改革結束，萬曆皇帝也自此開始親政。之後，萬曆皇帝借中興之勢，守土平亂，發動萬曆三大徵，雖然耗費錢糧無數，但確確實實的鞏固了大明疆土，令明朝在東亞的主導地位牢不可破。（萬曆三大徵為李如松平定蒙古人哱拜叛變的寧夏之役；李如松、麻貴抗擊日本豐臣秀吉政權入侵的朝鮮之役；李化龍平定苗疆土司楊應龍叛變的播州之役）
▲萬曆皇帝是大明朝在位時間最長的皇帝，在位48年，掌權後曾言：”若用舍予奪，不由朝廷，朕將何以治天下！”
不過一切都在萬曆十五年結束了，在打出大明威風的三大徵後，勤於政務的萬曆皇帝突然罷工，對國事政務消極以對，反而“日夜縱飲作樂”，也是在這一年，以立皇太子為藉口，實則為奪取朝政大權的“國本之爭”就此開始，而後一發不可收拾。此後，萬曆皇帝因自己的“家事”被群臣干預，而自己卻無能為力而心灰意冷，怠政之勢更盛，對於朝臣干預宮廷，黨爭不休，不勝其擾的萬曆皇帝打定主意不出宮門、不理朝政、不郊、不廟、不朝、不見、不批、不講，亦不再接見朝臣，而是暗中通過一些手段掌控大權。於是在萬曆十七年，公元1589年，大明朝政日益衰敗，內閣已是“人滯於官”、“曹署多空”。萬曆二十九年，公元1601年，持續將近15的國本之爭終於以萬曆皇帝讓步，立皇長子朱常洛為太子告終。
▲國本之爭中人多為日後的東林黨，故此國本之爭也可以看作是最開始的東林黨爭。
然而，國本之爭好不容易停歇，東林黨爭又裹挾著福王莊田之爭、梃擊案等等大事而來，再加上趁勢崛起的遼、金的屢屢入侵，大明幾有亡國之兆。萬曆四十七年，公元1619年，薩爾滸之戰中明軍喪師辱國，為添軍費，萬曆皇帝不得不下令向民間徵收“遼餉”，可非但沒有使已呈敗局的明軍轉敗為勝，反而令民眾怨聲載道，起義頻發。萬曆四十八年，公元1620年，這個因怠政後，家事被幹預，而和朝臣作對了幾十年的皇帝，終於因長期的酒色無節和外憂內患病重不起，於弘德殿去世，終年五十八歲。
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