明朝从永乐朝开始，一直到崇祯皇帝上吊为止，一直存在着两套中央机构，一套在南京而另一套在北京。这实际上是历史遗留因素，朱元璋建立明朝之时，将国都定在南京，朱元璋和朱允炆两朝都以南京为首都。朱棣靖难成功后，出于政治和军事原因考虑，将都城迁到了自己就藩的地点北京。
自此，南京和北京同为明朝的都城，再加上朱元璋的老家凤阳，明朝一共有三个都城。但凤阳由于经济原因，难以真正承担起首都的功能，因此在凤阳并没有设置中央机构而仅仅设立总督进行驻守，而凤阳的主要功能则是供奉朱元璋的父祖。因为南京本身就设立有六部和督察院，因而在朱棣迁都之后，南京的这些机构并没有被撤销，而是一直保留下去，按理来讲太子应当留在南京驻守，明宣宗朱瞻基还是太子之时便留守南京。
南京虽然有六部，但发挥的作用极为有限，因为按照惯例，南京的机构专门安置被贬谪和即将退休的官员。唯一掌握较大权力的部门是南京的兵部，南京兵部尚书和南京的镇守太监共同掌握南直隶地区的军事指挥权。明清易代之际，南明著名抗清人物史可法在明朝时期所担任的职务便是兵部尚书，因此在弘光皇帝继位之前，史可法在南京地区的话语权很强。
南京兵部以外，其他五部虽说也掌握一定的权力，但远不如南京兵部。如南京吏部掌管南京地区的官员考核，南京户部掌管南京以及江浙，江西等地区的粮税，南京刑部负责南京地区的重大案件审查，南京工部掌管南京以及周边省区的工程建设，如运河的修缮等，南京礼部权力更小，因为皇帝一般不到南京去，因而与皇室相关的礼仪等其无法真正掌握。
总而言之，明朝南京的这套班子，权力影响范围有限。但在明清变革之际，南京健全的部门的确为明朝苟延残喘提供了帮助。然而，正所谓给机会不中用，南京的中央机构在崇祯皇帝龙驭宾天后，完美地继承了明朝北京朝廷的最大特点——党争，南京俨然成为了东林党和阉党的第二战场，最终，在如火如荼的党争中，明朝遗臣们在南京，迎来了清军的铁蹄。
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