淮陰縣作為顯性地名，自秦設置以來到元初基本上都是存在的，西漢從縣境東南分出射陽縣，再發展為後來的山陽縣。在唐宋時期，淮陰山陽同處淮水之南，兩縣縣境大約以古運河為界，運東為山陽，運西為淮陰。南宋末，淮陰縣治遷八里莊，復還遷碼頭。宋末元初，又在八里莊附近置新城縣，並於淮河北岸設立清河縣。元至元二十年（1283），淮陰縣被撤廢，並其地連同淮安、新城二縣入山陽縣。至此，古淮陰縣之地就全在山陽縣境內，作為顯性地名的淮陰在元初消失。
然作為隱性地名的淮陰在明清一直存在和使用，雖然位於淮北的清河縣向南擴張先後佔有了古淮陰縣的老子山、碼頭、清江浦等地，但無法改變清河縣十之九境在淮北的事實。且明清時的“淮陰”也並不指“清江浦”（清江浦本為山陽縣地，後作為清河縣城），而是指山陽縣大約包含今洪澤縣主體、清浦區大部、淮安區運河以西的地方。故明清時期，淮陰作為隱性地名是以山陽別稱的形式存在和使用。明清時淮安府城的驛站叫淮陰驛，淮安城內有淮陰書院（至今淮城府市口仍有淮陰市碑），很多山陽籍名人因慕古風也喜用舊稱“淮陰”來指代自己的故里，如吳承恩、吳鞠通、周恩來等，這一習慣性的別稱直到民國才發生變化。
1911年，駐清江浦新軍十三協兵變，淮安府光復，成立江北軍政府。1912年，民國政府廢府設道，駐淮城的淮安府被裁撤，設淮揚道駐清江，清江城遂正式取代淮安城成為淮安地區的政治中心。1914年1月，民國政府內務部改訂各重名縣。因和陝西山陽縣重名，山陽縣改名淮安縣；因和河北清河縣重名，清河縣改名淮陰縣（當時淮安轄縣中同時被改名的還有漣水[安東]、泗陽[桃源]）。就這樣，淮安由府名變為縣名，而淮陰則由山陽縣的別稱變成地區（府）名，淮陰淮安的政治角色發生了戲劇性的轉換。
清河縣更名淮陰縣後，淮陰縣城在清江，故清江城現代以後又被人稱做淮陰城。民國的大部分時期裡，淮陰和淮安兩縣大致以清江浦和碼頭西南的洪澤湖大堤為界。此時的淮陰縣，除西南境老子山和縣城清江完全為古淮陰縣地外，餘均為唐宋淮北清河縣之地，“淮陰縣”之名並不副實。
民國初的淮揚道轄有今宿遷沭陽灌南一線以南、如皋泰興一線以北的廣大蘇北地域。到1927年撤道，清江又是國民黨江蘇省第七區行政督署專員公署所在，第七區轄有宿遷、泗陽、漣水、淮陰、淮安和寶應六縣。此時，中國共產黨淮鹽特委機關亦設在清江。1937年底，日軍攻陷滬、寧後，國民黨江蘇省政府曾遷移至此。1939年淪陷。1945年抗日戰爭勝利，9月，新四軍第一次解放淮陰城，成立清江市，為蘇皖邊區政府駐地，其時的蘇皖邊區轄有蘇皖豫三省解放區的73個縣市，範圍頗大，而清江市則為蘇皖邊區政府直轄市。
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