在八项规定前，机关事业单位还没有实行收支两条线之前，差额拨款事业单位不见得比全额拨款事业单位差。有的差额事业单位因为有经营职责，在没有实行收支两条线前，单位的自营收入不用上交，允许自由支配，效益好的员工福利待遇不是一般的好。反倒是全额拨款的因为没有经营收入，只能巴望着财政拨款，条条款款限制在那里，不如差额拨款事业单位那么滋润自在。
现在政策收紧，环境不一样了，差额拨款事业单位哪怕有经营收入，按要求必须全部上缴，然后按照单位人员工资、运营实际由财政按比例核定下拨资金，单位对自营收入没有裁量权，更不容许私设小金库，差额拨款事业单位由于财政拨款有限，在福利待遇上反倒不如全额拨款性质的。不过，这种差距总体不大，差额拨款虽然财政核定供养经费不如全额拨款事业单位，但在其上缴的收入中一般都会按单位实际补齐不足部分，因此员工拿到手的收入实际上并不会比全额拨款的低多少。
总的来说，综合收入、编制性质及调动便利性等方面，无论什么时候全额拨款单位总比差额拨款单位占优势，这点从差额拨款事业编制转全额属于逆向流动，必须要过编委会就可以看出来。
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