福建地處我國東南沿海，物產富饒，海洋資源豐富，有比較方便的航海條件。福建對外貿易在古代也是比較發達，但自明中期有倭寇禍亂，福建的對外貿易受很大影響，而海疆軍事地位的重要性卻日益凸顯，明末葡萄牙、西班牙、荷蘭殖民者接踵而至，不斷騷擾，後經歷海禁，又設置水師，剿水寇，御外患；清代沿襲明代，並推進了水師的建設。福建水師是清王朝水師的主要力量。在清王朝康熙年間的水師復建中，林賢是一位非常重要的將領，他受水師復建的首任提督萬正色的器重，後來又受有專征之權的水師提督施琅的賞識，長時間在福建水師中任要職，經歷過多次海戰，屢立戰功，鎮守沿海最重要的還將陣地海壇，他是福建水師中很有指揮能力和實戰經驗的非常重要總兵官。
清王朝在福建建設水師是有其特定背景的，清兵入關後，進北京，越長江，滅南明，強勢南進，然而，東南鄭氏集團堅持樹著反清旗幟，一直是清初統治者的心腹大患，為平息東南之亂，順治帝採取剿撫並用政策。順治三年，降清的名將洪承疇誘降鄭芝龍，為平定東南邁進了一大步，但是，鄭芝龍之子鄭成功又樹幟反清，且於順治十五年，揮師北進，進攻南京，雖因種種原因敗還，但鄭氏集團仍以金、廈為基地經常攻擾泉、漳等地，清廷很被動、無奈。順治帝命明降將尚可喜和耿仲明父子鎮守閩粵，對抗鄭氏集團。康熙帝繼位後，平了“三藩之亂”，重置閩、粵兩地駐防，厲行海禁和遷界，實施海防全面封鎖。同時，著力推動招降政策，以顯官厚賞瓦解鄭氏軍隊。清廷在與鄭氏集團的對抗中逐漸地建立起福建水師。而在水師恢復建制的過程中，林賢作出了重要貢獻，也屢次升職，是福建水師屈指可數的重要將領之一。
一、戰火中恢復建置建福建水師，林賢戰無不勝，戰功卓著
福建水師的創建是一個過程，從順治朝至康熙朝前期，是籌劃建立期；從康熙中後期到雍正朝是水師擴展期；到乾隆朝時進入完善階段。清軍水師建設耗時百年，一步步強大起來，當然，到了慈禧太后主政的後期，清水師又衰落了。順治朝時，入關後的清軍利用明降將，籌備水軍，到康熙朝早期，已經能組織其水師戰船與鄭氏集團作戰，但當時是敗多勝少。順治七年，在汀州鎮和泉州鎮設置總兵官，下置遊擊守備；到康熙元年，設福建水師提督，置中、前、後、左、右五個標營，另有1個協、2個協營、2個分防營，總兵力8544人。當時的水師駐防，以泉州、漳浦、福寧互為犄角，而提督居中節鎮。同時，又設同安鎮、興化鎮、左右路總兵官為補充。可惜後來撤了水師提督，康熙十七年(1678)又恢復水師提督，在之後幾年的平澎、臺戰鬥中，水師發展很快。到了雍正朝，廣置水師，添加艦船，戰鬥力大為加強；再到乾隆朝前期，水師的後勤保障和相應制度進一步得到完善。比如，在營房建設上，當時閩浙總督郝玉麟在題本中提到，乾隆二十七年“閩安水師協右營按左營標準新建兵房500間”（參看《隆二十七年九月初八兼管兵部事務大學士來保題本》），營房規模已經不小了。在軍需方面，當時已在廈門設有製造火藥、軍械、火炮和船隻的工廠，造抬槍、火繩槍、大刀、盾牌和各式各樣的長矛。
福建水師船隻
康熙九年（1670年），靖南王耿繼茂聯合福建總督劉兆麒、提督王進功上疏陳恢復福建水師設置事，議政王大臣會議定調一總兵官到閩安鎮負責訓練水兵，修繕船隻。耿精忠叛亂時，鄭軍攻閩很頻繁，當時的福建總督郎廷相建議恢復福建水師設置，兵部認為雖撤去水師提督，但水師沒有載去，可原額充水師，歸福建提督管理，皇帝批准此議。後來，吳興祚任福建巡撫後，招募水師一萬二千餘名，林賢、黃鎬、楊嘉瑞等被授予總兵職銜，管理水師。有一種說法認為，林賢歸順清朝後，考慮到東南一帶的各種不安定因素，思考著建立水師的問題，他主動駕船往福州面見福建巡撫吳興祚，力陳設立水師之重要性，後來，吳興祚認為林賢夙嫻水性、熟通兵事，堪當大任，就上書康親王請設水師，委任林賢為福建援剿水師總兵官。不管這一說法是否真實，但在吳興祚任福建巡撫後，擴大水師，林賢被授予總兵職銜，應該是真實的，這表明，林賢是福建水師復建時的重要將領，是福建水師中老資格的總兵官。
林賢，字克希，號尊一，生於明崇禎五年(1632年)九月，卒於康熙二十六年(1687年)六月。林賢祖籍晉江馬平霞殿，其曾祖得所攜其父茂田移居南安兜率鄉。林賢少時讀書學劍，未弱冠身材魁梧，年輕時出海以貿易為生，繼而投身於靖南王耿精忠，耿精忠叛變，林賢歸順清朝。藩亂時期，鄭軍頻犯泉、漳，林賢當時已是清軍水師的重要將領。
康熙十七年(1678年)春，鄭經與“朱三太子”蔡寅的人馬遙相呼應，派兵攻取福建沿海地區，鄭軍猛將劉國軒率軍於六月攻克海澄，清軍傷亡慘重，退守漳州。劉國軒乘勝北上，水陸並進，攻克同安後又圍困泉州，同時還派兵侵犯南安、德化、安溪、惠安、永春等地，鄭軍還有另一支部隊佔領長泰和漳平，情勢危急。劉國軒圍住泉州猛攻，七月，清軍各處援兵漸漸靠近泉州，寧海將軍喇哈達領兵來援，安溪李光地訓練鄉勇出同安為嚮導；巡撫吳興祚領兵由仙遊出永春；提督楊捷帶兵由興化下惠安，陸上諸路清軍與劉國軒對壘相持。在此關鍵時刻，林賢與黃鎬等領舟師出閩安鎮，以水軍來救援泉州，劉國軒見清軍水陸夾攻，泉州城內外呼應，深怕分兵抵抗無力支撐，就撤泉州圍兵，往長泰而去，泉州之圍解除。
同年八月，林賢又打了一個漂亮的海戰，他出其不意地率領舟師攻打定海。當時，林賢從情報中得知，守定海的鄭軍水師停泊在赤澳黃崎處，他預料鄭軍水師必會出北茭頭以佔領上風，林賢便讓總兵黃鎬帶領副將辛啟佑等領兵由橋仔澳、竿塘水洋出發，以堵截鄭軍水師退路；同時，他派閩安左營遊擊徐德濟帶領千總陳春等領兵進攻鄭軍水師的中腰處，又派本標中副將許英等人領兵從側面包抄鄭軍。鄭軍定海守將蕭琛得知林賢率軍來攻，急令諸將商議禦敵之策。鄭軍水師五鎮章元勳主張先發制人。他認為，如引兵禦敵，而林賢領兵順風直下，必震動廈門，屆時將難辭其咎，不如乘其尚未出港，先發制人，領兵主動進攻，更是上策。定海主帥蕭琛和眾將不同意章的意見，認為林賢舟師與陸上軍隊相呼應，且乘上風而下，來勢兇猛，應當避之，不該迎擊。章元勳表面服從，心底卻鄙視蕭琛怯敵避戰，他私率所轄戰艦，乘五鼓潮起，揚帆直擊閩安港。林賢得知港口出現鄭軍水師，隨即率領本船領旗都司林正春等，催督三股戰船乘潮落衝出。章元勳揮船與戰，兩軍炮矢對打，戰鬥十分激烈，清軍奮勇夾攻，戰船齊力拼殺，鄭軍寡不敵眾，漸漸潰退。林賢見敵敗退，率領清軍水師乘勝追擊，攻敵至定海，大敗定海守軍，隨後收復定海。章元勳所部將士多數被殺，鄭軍定海主將蕭琛等冒死逃脫，林賢率領清軍水師焚沉敵船大小四十餘隻，繳獲敵船二十餘隻，殺敵六千餘人，活擒敵首總兵副將六員、兵士二百三十三名等，大獲全勝。而且，潰逃的蕭琛謊報軍情，稱清軍水師主力已從福州攻來，鄭經擔心廈門失陷，急令劉國軒率軍退守廈門，又命陳諒、陳啟明、朱天貴等率軍往海山阻擊林賢。
福建水師
同年九月，林賢會同總兵何應元乘勝追剿鄭軍。林賢等率兵駕駛輕快雙篷船直抵三沙、風火門、沙埕港等地，追剿那裡的鄭軍。在林賢等指揮下，守備陳應昌在福寧三沙、風火門與鄭軍激戰，擒獲宿鎮下參將王亮、遊擊朱尚、都司朱相等；守備陳大捷、何春立、周謝顯在風火門遭遇鄭軍，鄭軍驍翼營將林興率楊自名等，獻出大量刀槍、旗幟等投降；守備陳春暉、把總吳玉、林發在沙埕等島遭遇鄭軍宿營副總兵陳起萬等，陳春暉等奮命拼殺，焚燒陳起萬坐船一隻、趕繒雙篷舶九隻，賊官兵溺水者不計其數；同知陳子威在沙埕遭遇鄭軍水師戰船二十餘艘，經過戰鬥，擒鄭軍水師三鎮林日惠標下副將林麟，繳獲趕繒船一隻，大炮三門，銅百子炮三門方”。此外，陳子烕督率鄉勇直抵三都、長腰、白馬門、瀨嶼等處，剿滅鄭軍吳朝綱和林十巢穴，得獲偽鎮蕭琛營下小趕繒船一隻，殺敵數十，活擒敵三名。（參看楊捷：《飛報出洋等事疏》，《平閩紀》卷一)可見，在康熙十七年的戰役中，林賢率領的水師所向披靡，戰無不勝，戰功顯著，充分表現了他熟練的水戰指揮才能，他是當時福建水師中不可缺少的重要將領。
二、平臺籌劃中恢復水師提督建制，林賢升任福建水師海壇總兵官
康熙十六年（1627年），清廷平定“三藩之亂”後，收復澎、臺已提上議事日程，康熙帝認為平臺時機已成熟。當時，朝廷任命江南提督楊捷為福建全省水陸提督，而時任福建總督的姚啟聖認為，如果是和平時期，一人兼任水陸提督是完全可以的，但面對鄭軍水師，一人兼管水、路兩軍，不妥當，建議將水師獨立，所以，他給康熙上了一道奏摺，建議恢復水師提督建制。實際上這位總督是在為攻臺作準備。姚啟聖的奏摺被康熙批准，康熙十七年正式恢復水師提督，康熙帝令總督姚啟聖、巡撫吳興祚和提督楊捷合議水師提督人選，吳、楊讓姚做主，但是，福建當時找不到“廉勇優長、威名素著、深識水性、諳練才能”的合適人選，姚啟聖舉薦內大臣施琅任水師提督，但朝廷沒批准，而是調鎮海將軍王之鼎入閩為福建水師提督，王之鼎不敢抗旨，即刻入閩，但他入閩後屢次上疏言不識水性，沒有去上任，後來，朝廷準他改任四川提督，由萬正色任福建水師提督。萬正色當時是湖南嶽州水師總兵官，他降清前曾隨明將顏之勳去過臺灣，對臺灣天文地理較為熟悉，姚啟聖認為他是比較合適的人選。萬正色於康熙十八年（1679年）5月成為康熙年間恢復水師提督建制後的首任福建水師提督。
據《泉州府志》記載，萬正色是泉州潯美村人。關於他還有一個有趣的傳說。據說，萬正色身材高大，在軍中被選為掌旗官。有一次，開戰前每一士兵均分到一新布鞋，貧苦出身的萬正色捨不得穿，系鞋於腰帶上，開戰後，萬正色所在部隊戰敗了，節節後退，這時，萬正色發現系在腰間的鞋丟了一隻，他捨不得，扛著大旗調轉頭去，想找回鞋子，這時，士兵們見大旗掉頭，以為來了援軍，轉退為攻，就一起殺回去，敵軍見對方戰旗領兵猛攻而來，匆忙而逃。於是，有了萬正色“掉旗找鞋，轉敗為勝”的故事。萬正色上任為水師提督，當然也就由他來調兵遣將。當時，福建水師的編制有：提督直屬的中營、左營、右營、前營、後營，各營均設遊擊、守備；還有漳浦鎮、福寧鎮、漳州鎮等，均有左營、右營、中營，鎮均設總兵官，各營設遊擊、守備。值得注意的是，在萬正色上任的第二年，即康熙十九年（1680年），福建水師又增設了海壇鎮和金門鎮，兩鎮皆設有總兵官，鎮下設左、中、右三營，各營設遊擊、守備。據說，金門、海壇總兵衙署規模很大，裝修豪華，而位於海澄的提督署更宏大，有資料記載了水師提督署：“中為正堂，東西廊為本稿諸房，前為露臺、甬道、儀門，大門外為鼓吹亭、轅門。轅門外為將裨官廳。正堂後為穿堂、內署，又後為 同來別墅，東為夾道，道東為幕廳，內為司廳，外為射圃。西為大道、廳事房，又有足觀堂、澄心堂、八風亭、方池、怪石諸名勝。最後有亭，為城中最高之處。”（參看同治朝《泉州府志》）此外，在海壇、金門兩鎮還建有教場，設有水操臺等。林賢后來被任命為海壇總兵，鎮守海壇這十分重要的水師基地。
萬正色上任後即準備上疏推薦林賢、陳龍、黃鎬、楊嘉瑞為水師左右前後四鎮總兵，以何應元、吳孕驥補提標前後營遊擊。但是，對此當時兼管水師事務的康親王起先並不同意，萬正色據理力爭，認為，“若各授予總鎮實職，彼事愜意中，榮出以外，感恩既至，報德難忘，同心協意，何攻不克哉。”（萬正色：《師中紀績》）康親王聽後覺得有理，便與萬正色一起上疏。康熙帝下旨：林賢授為署守備，充福建援剿左鎮總兵官；陳龍仍為署參將，充福建援剿右鎮總兵官；黃鎬授為署守備，充福建援剿前鎮總兵官；楊嘉瑞仍以都司僉書，充福建援剿後鎮總兵官。有此正式任命，萬正色便帶領林賢等在定海舉行祭江典禮，並開始操練水師。這時，林賢等四人已成為水師提督屬下的重要將領，而林賢是排位最前面的總兵官。
康熙十八年（1679年），在閩軍政要員商議平臺事宜，有一種意見認為應請荷蘭人幫助進攻鄭氏集團，對此，水師提督萬正色和總兵林賢堅決反對。第二年年初，軍政要員們又商討平臺戰略，當時，在進攻臺灣的時機和方式上，總督姚啟聖、陸軍提督楊捷與巡撫吳興祚、水師提督萬正色意見不和，分歧挺大。姚啟聖和楊捷堅決認為，進攻金、廈必須十分慎重，在水師尚不完備的的情況下，爭取荷蘭人幫助甚為重要；而吳興祚和萬正色卻認為，現有水師力量足以蕩平金、廈海域的鄭軍，不能請荷蘭人相助，林賢支持這一看法。督、撫意見難以統一，巡撫吳興祚單獨上奏，力陳進攻海壇的可行性，請旨進攻。康熙帝下旨：“進剿海賊一事，吳興祚、萬正色會同定議，志靖海氛；不俟荷蘭舟師乘機進取，正色水師先行出洋，興祚率陸兵聲援驅逐。”（參看《康熙統一臺灣檔案史料選輯》第207頁）平臺戰略的爭論因皇帝定調而結束了，正月，萬正色率林賢等四大將領，從閩安鎮發兵，出征海壇，吳興祚等率陸師進攻鄭軍把守的海滄、松嶼石潯、潯尾等地，與水師的行動相互配合。
萬正色督領林賢、陳龍、黃鎬、楊嘉瑞等人率水師首先進攻海壇。萬正色、林賢巧使反間計，利用鄭軍海壇守將朱天貴的叔父朱炳坤來刺探軍情時，故意傳給他清軍準備進攻的消息，鄭經知道後急令劉國軒調林升、江勝出廈門，令林升為水師總督，督促江盛、陳諒、朱天貴、蕭武等北上迎敵。二月初二，林賢等率清軍水師出發，揚言要由滸嶼門直取湄洲澳，朱天貴得知後急忙派兵來攔截，林賢等率水師至南茭，突然轉舵，大小船隻齊聚滸嶼門，各船首尾相連，船隊午後直達海壇，朱天貴倉促應戰，這時，萬正色領林賢、黃鎬等衝進海壇港口與鄭軍水師提督林升的船隊激戰，雙方未分勝負。這時，朱天貴率所部從旁衝入，打沉清軍兩艘大船，清軍水師陷入被動。林賢見敵兵來勢猖獗，率本標鉅艦三艘，轉到上流，乘風順勢衝殺，萬正色督諸船回頭合擊，清軍轉被動為主動，朱天貴、林升率鄭軍遁出外洋，清軍乘機收復海壇島。林升見海壇失守，欲率剩餘船隊去圍頭寄泊，但吳興祚已率清軍封鎖海岸，鄭軍水師無處靠岸，林升被迫將水師撤至金門料羅灣停泊。
林升率船隊退入料羅灣的消息傳到廈門，鄭經和他屬下部將均以為林升率領的水師已戰敗，鄭氏集團文武官員人心慌亂，鄭經急忙傳令劉國軒，命其放棄海澄，回守廈門。劉國軒接令後率軍出發，獨留陳昌鎮守謝村、鼓浪嶼。這時，陳昌覺得廈門也難保了，便派人密會姚啟聖，表示將獻城降清。姚啟聖隨即會同喇哈達，統領滿漢騎步分道進軍廈門。劉國軒得到消息，急忙加快速度，連夜退守廈門。清軍乘機追殺，收復了陳洲、玉洲、石碼，觀音山、展旗寨、太平寨、水頭等19寨，海澄縣城守將康騰龍獻城投降，清軍各路軍集結海澄，並對廈門形成合圍之勢。廈門城內官兵陷入混亂，鄭經急忙收拾輜重珍寶，率領文武大員及殘餘部隊逃到臺灣。喇哈達、姚啟聖率軍收復廈門，遂即聯絡吳興祚、萬正色，請其乘鄭軍大敗迅速出師收復沿海諸島。
鄭軍水師統帥林升撤至金門後得知海澄失守，令手下諸將收拾船隻準備東歸，他自己卻秘密潛回澎湖。後來，吳興祚統領陸路軍隊逼近金門，萬正色與林賢等率領水師出港，從海上進攻金門，在清軍陸海兩軍的夾擊下，鎮守金門的鄭軍潰逃，朱天貴領鄭軍殘餘水師逃至銅山，後來，他率部投降清軍。清軍大獲全勝，收復沿海諸島，鄭經等被趕回臺灣，清軍福建水師在這一戰役中收復了海澄、廈門、金門等水師重要陣地。在清軍攻海壇，收復海澄、廈門、金門的戰鬥中，林賢一直擔任萬正色率領的水師的左路先鋒官，是萬正色麾下最重要的戰將，他統兵有方，智勇兼備，奮勇衝鋒，戰功顯著。
當時，收復了海壇、海澄、廈門、金門等地，而如何處置這些收復之地是個重要問題，姚啟聖、吳興祚等皆認為收復的諸島不能放棄，應駐兵設防。這時，奉旨前來考察的兵部侍郎溫岱在考察後也上疏康熙帝，請準在收復地駐兵設防，康熙帝批准。總督姚啟聖分別修書聯絡巡撫吳興祚、陸師提督楊捷、水師提督萬正色，商議選派將領鎮守各島。這次是地方大員、駐軍統帥與水、陸軍隊統帥共商委派將領鎮守各島人事大計。值得注意的是，此次商議中，關於林賢等人任職問題，總督姚啟聖與水師提督萬正色有不同的看法，而這不同看法是基於他們都欣賞林賢的膽識才能，都想重用他鎮守關鍵城鎮。姚啟聖主張讓林賢鎮守廈門，陳龍鎮守金門，楊嘉瑞、黃鎬同守銅山；而萬正色則堅持要林賢鎮守海壇。萬正色認為，從海防軍事上看，海壇“勢據上風，為復興之地，又與金、廈相去懸隔”，是戰略要地，需有能將去鎮守，而林賢夙嫻海戰，且巡撫吳興祚曾委託他統領過水軍，屢立戰功，應由他來鎮守海壇；而由陳龍守金門，黃鎬守銅山，楊嘉瑞守廈門。萬正色自己鎮守海澄，可常到廈門駐防，這樣就萬無一失。最後，姚啟聖接受了萬正色的意見，上奏朝廷。很快，朝廷作了批覆。林賢被任為海壇總兵，授為左都督，並記餘功三次。在此次人事任命中，總督和水師提督皆看中了林賢的本事，均想重用他鎮守要地，總督重視的是廈門，因為那是朝廷費了很大勁才收復的重要島嶼，而且，是姚啟聖領軍收復來的；而水師提督更關注的是海壇，因為海壇是水師的戰略要地，進可攻，退利守，且離金、廈較遠，需有能將鎮守，海防才能安全。最後，水師提督意見起主導作用，海壇當時屬福建水師基地，由誰來鎮守，還是水師提督說了算，於是，林賢萬正色被重用，成了赫赫有名的海壇總兵官。
三、澎臺戰役中施琅提督水師專征臺灣，林賢是平彭臺時施琅麾下最為得力的總兵官
康熙二十一年(1682)五月，清王朝平臺戰略進入了實施階段，新任水師提督施琅和總督姚啟聖率領福建水師抵達銅山，準備徵澎、臺。不過，在關於出征戰略的主要問題上，總督和提督意見大不相同，兩人關於出征時間、進軍路線、戰役指揮等問題上爭執不下。到了十月，康熙帝准許施琅有專征之權。在銅山，施琅指揮著二百三十 餘艘戰艦、兩萬餘名官兵組成的福建水師，司機進攻臺灣。
康熙二十二年(1683)六月初一，施琅在銅山召集吳英、林賢、朱天貴等重要將領以及各鎮總兵開會，在會上商議作戰方案，佈置軍事任務，申明賞罰條例，立誓表決心。清軍的核心戰略是先攻澎湖，後攻臺灣。據說，在會上，施琅主張先率水師駐紮花嶼，以之作為進攻澎湖的前方基地。林賢提出了不同意見，他認為，花嶼在澎湖之西南，而八罩在澎湖之正南，不如進住八罩，以佔上風。施琅採納了林賢的建議。
六月十三日，施琅祭江，十四日辰時，施琅率領舟師從銅山乘風出發，朝澎湖駛去。十五日申時，清軍水師到達澎貓嶼和花嶼，逼近澎湖。澎湖周邊的鄭軍哨船發現了清軍舟師主力，急忙回報鄭軍駐守澎湖的主帥劉國軒。劉國軒得報，大吃一驚，急派領兵吳略持令箭到右先鋒鎮陳諒處，令其督率諸將嚴守陣地。並傳令守衛獅嶼頭的戎旗一鎮吳潛、平北將軍果毅中鎮楊德、提督前鎮黃球、果毅後鎮吳祿和侍衛後鎮顏國祥等各鎮各營將領，前移列於海岸，橫截攻打，防止清軍水師停泊登陸。同時，又命令水師總提督右武衛林升，率領徵北將軍曾瑞、定北將軍王順、左虎衛江勝、援剿後鎮陳起明、宣毅左鎮邱輝、護衛左鎮黃聯、後勁鎮劉明、折衛左鎮林順等以及水師一鎮蕭武、水師二鎮陳政、水師三鎮薛衡、水師四鎮黃國柱等將領，駕駛大煩船、鳥船、趕繒船，環泊於娘媽宮前口子和內外塹、東西崗各要口守候，嚴陣以待，對陣清軍水師。
十六日，施琅在戰船上舉行戰前軍事會議，商議攻打澎湖島具體策略。林賢建議先派遣二十隻快哨進入澎湖港，對鄭軍水師具體情況進行偵察，瞭解敵船數量、停泊位置、陸上防禦等，知彼後再定進攻方略。施琅接受建議，派出快哨偵察。哨兵回報鄭軍水師的戰船二百餘艘在港內揚帆排列，防守十分嚴密。隨後，施琅令標下右營遊擊藍理、後營遊擊曾成、左營遊擊張勝、海壇鎮中營遊擊許英、二等侍衛吳啟爵、同安城守右營遊擊趙邦試、銅山鎮標右營遊擊阮欽為等， 各乘鳥船一隻，率領所轄官兵，首先發起衝鋒，力爭衝破敵陣。清軍前鋒徑直衝人敵陣攻殺，打沉鄭軍數船，殺死敵兵不少。正激戰時，海上突然捲起南潮，清軍前鋒數船被潮流推近鄭軍岸邊炮城，鄭軍水師名將林升見清軍將領許英等駕船深入，率領戰船左右夾攻。清軍水師的前鋒被鄭軍合圍。形勢危急，施琅見前軍危機，立即以帥艦沖人敵陣，興化鎮總兵吳英等也立即衝進敵陣，衝破了敵船的包圍圈，救出清軍前鋒船隊。鄭軍水師退回港內，清軍水師亦撤回。此役雙方皆有傷亡，清軍水師統帥施琅右眼受傷，鄭軍水師總督林升身中三箭。
當晚，施琅與一些重要將領對當天的戰鬥進行總結，他們發現軍心不齊，有的將領交戰時觀望不前，對此，當時的清軍的水師副帥吳英，或者是海壇總兵林賢提出了重要建議（一說是吳英向施琅建議，另一說是林賢向施琅提的建議，其實，也有可能是施琅集中了當時吳英、林賢等將領的建議，後來將建議集中起來）：
“國家四十年來，為此海寇，屢撫屢剿，所費錢糧，何啻千萬：沿海數省，百姓被害，不啻千萬。如今已扼其吭，若不乘勢平定，日後何有破臺之舉？寇舟雖多，只 有二三十隻兇猛，餘不過碌碌逐陣而已。今日因我師彼此觀望，依愚見，明早收船八罩，明賞罰，號令我戰船四百餘號，挑選大船四五十隻，餘船令在後架樑。將各 船精銳官兵挑出，每大船上面若站得二百人，艙底藏伏二百人。對敵時，死傷一人，即換一人，其槍炮弓箭俱未許開用，令各兵將火炮、火桶、火榷伏在兩傍，各鎮 自領前鋒。我船進港，寇大船必來迎敵，我船派配已定，或二船或三船攻燒一船，寇之前鋒大船一經燒燬，餘船無不破膽矣。”（關於這一建議，可參看吳英《行間紀遇·施琅進攻臺灣事》，轉引自李鴻彬《施琅與吳英——兼論澎湖海戰》〔載《高鴻逵教授逝世十週年紀念文集》北京大學出版社，1995，頁225一230〕）接著，這位將領又向施琅建議：“若挑定官兵船隻，船篷上大書姓名，各鎮先進，眾將不敢不進。”（引文出處同上）有此，能很好地督促每艘戰船上的將領在戰時勇猛向前，也便於統一指揮，更有利於各船協調配合。這一建議的實施將使清軍水師組織結構更嚴密，任務責任更明確，指揮協調更方便，大大提高福建水師的戰鬥力。果然，十七日，清軍水師撤到八罩停泊時，施琅召開眾將領會議，嚴申軍令，查定功罪，重賞許英、藍理等奮勇破敵的將領，將觀望不前的將領盡行捆綁處置，後命其立功贖罪。在施琅主持下，林賢會同各鎮總兵，立下軍令狀，立誓奮勇殺敵。
十八日黎明，澎湖海域上空北風轉南風，施琅、林賢等乘好風向揮師出擊，奪取了虎井嶼和桶盤嶼兩個重要的島嶼。 十九日，施琅率羅士珍等人乘坐小趕繒船秘密偵察了澎湖鄭軍的防禦情況；二十、二十一日，施琅故意派老弱殘兵乘坐趕繒船和雙帆船，分二路佯攻鄭軍，以驕兵之計麻痺敵軍。二十一日，施琅再次召集將領召開軍事會議，宣佈作戰方案：“明日分作兩股進兵，設鬮拈定次序，庶不紊亂。今寇船泊在澎湖東邊山，就東邊拈起。”（引文出處同上）各鎮總兵依施琅令分別拈鬮，海壇鎮林賢拈得第一鬮，平陽鎮朱天貴拈第二鬮，興化鎮吳英拈第三鬮，銅山鎮陳昌拈第四鬮，金門鎮陳龍拈第五鬮，廈門鎮楊嘉瑞拈第六鬮。
二十二日巳時，施琅再次申明軍令後，卒領清軍水師全部戰艦浩浩蕩蕩出發，數路戰船向鄭軍攻去。提標隨徵都督陳蟒、魏明和副將鄭元堂等率領一路軍，領趕繒船、雙帆艉船五十艘， 從東畔蒔內直插雞籠嶼、四角山，此一路為奇兵突襲；提標隨徵總兵董義、康玉和守備洪天錫率領另一路軍，領趕繒船、雙帆船船五十艘，從西畔內塹直插牛心灣，此一路為疑兵牽制敵軍。後一路軍是居中的主力船隊，由大鳥船五十六艘組成，分為八股，每股七艘戰船。施琅親自領一股居中，興化鎮總兵吳英率領一股居左，平陽鎮總兵朱天貴、前營遊擊何應元領一股居右， 金門鎮總兵陳龍率領一股在次左，中營參將羅士珍、右營遊擊藍理、後營遊擊曾成合領一股在次右之右，銅山鎮總兵陳昌率領一股在次左之左，海壇鎮總兵林賢率領一股在末右，廈門鎮總兵楊嘉瑞率領一股在末左。此外，還留有八十餘艘戰船作為後援，作為主力艦隊的後翼，前後呼應。在施琅親自指揮的這一路主力船隊中，居左的吳英，居右的朱天貴、何應元，居末右的林賢，居末左的楊家瑞等是特別搶眼的戰將。
鎮守澎湖的鄭軍名將劉國軒指揮鄭軍水師整船列隊嚴陣以待。兩軍接近時，雙方炮火矢石互攻，石如雨點，硝煙瀰漫，敵我難辨。清軍水師首先衝破敵陣的，是海壇鎮總兵林賢、平陽鎮總兵朱天貴、提標前營遊擊何應元、提標千總蔡琦鳳。林賢與朱天貴率戰船，左衝右擊，慘烈廝殺。 朱天貴意識到孤軍深人，後援未到，問林賢：“後舟未至，奈何？”林賢曰：“兵貴神速，不能待，亦不必待。”這時，鄭軍水師副總督左虎衛江欽率領主力艦隊前來阻擊清軍前鋒，雙方炮火互攻，朱天貴不幸中炮身亡，其所屬船隊退出戰鬥，林賢在失去朱天貴支持的情況下仍指揮戰船衝鋒陷陣，直逼鄭軍大本營娘媽宮陣地。江欽見林賢孤軍深入，後無援軍，便率領麾下四艘煩船，合力圍攻林賢一船。林賢臨危不懼，越戰越勇，在鄭軍水師包圍圈中左衝右突，奮力拼殺，身中二箭，但仍繼續戰鬥，後矢石炮子鹹盡，只好打碎鐵鍋作武器。援軍未到，林賢激勵眾將士奮力殺敵，表示寧自焚亦不後退。主帥的激勵，讓將士更奮力拼殺，戰鬥一直堅持至申時，清軍援軍才趕到。這時，施琅指揮東西二路戰船夾攻鄭軍戰船，林賢指揮戰船從裡往外衝，射殺了江欽、吳貴等，燒敵戰船三艘。敵將陳啟明駕船從尾部來攻林賢，被清軍副鋒海壇鎮中營遊擊許英、遊擊丁世芳和千總林恭所率領的戰船打沉。鄭軍水師中提督後鎮楊文炳駕駛一艘煩船前來救援，又被許英燒燬。海壇鎮左營遊擊吳輝也駕駛戰船直衝敵陣。鄭軍水師中提督陳士勳、統領右先鋒陳諒等率領三艘煩船， 合攻吳輝一船，海壇鎮守備胡宗明、許王，守備林正春、林登閣和把總江日滿、守備餘福駕駛三艘戰船沖人敵陣，奮勇突殺，支援吳輝。最終，陳士勳煩船被清軍燒燬。海壇鎮右營遊擊江新、幹總林勝亦派撥前鋒，佔據上風上水，順勢沖人下風敵陣之中，奮力衝殺。金門鎮總兵陳龍從旁支援夾攻，擊沉鄭軍煩船一隻。海壇鎮中營守備李琦、千總何聚等船逼近應援，其餘千總李振、把總林鳳、林耀、林應、張榮等，也各自駕船緊隨。
福建水師的軍艦
這一戰役，施琅、吳英和林賢等率領的清軍水師與劉國軒等率領的鄭軍水師從上午至傍晚，整整激戰了八個多小時，最後以清軍水師全勝，鄭軍水師大敗而告終，清軍陣亡三百多人，傷近兩千人，而鄭軍被燒殺的將領有四十七人，死亡約一萬兩千多人，被打沉的戰船一百五十九艘，逃出的大小船隻僅二十七艘。鄭軍主帥劉國軒亦駕小船從吼門遁出，逃回臺灣。清軍損失不算大，但是，最先衝入敵陣的林賢和朱天貴的戰船受損最大，朱天貴戰死；林賢所乘的戰船有一百零九人陣亡，一百六十四人負傷。戰鬥結束，施琅巡視船隊，當他登上林賢的戰船時，見橫屍滿目，遍船血跡，含淚對林賢說“公血戰破敵，功莫並矣”。後來，施琅於上呈朝廷的捷報中說：“沖腙陷陣，鏖戰覆寇者，乃海壇鎮臣林賢也。”
澎湖海戰後，鄭軍水師主力已大部分被殲，失去對抗清軍的實力。施琅積極推行他的“因撫寓剿”戰略方針，下令暫停軍事進攻，作好平臺兩手準備。一方面，他指揮船隊進駐澎湖，休整，補員，添器械，增糧餉，準備進攻臺灣：另一方面，他及時頒佈《曉渝澎湖安民示》，嚴禁搶劫殺戮，盡力恢復正常秩序，並提請免三年租稅徭役，儘量消除澎湖百姓的戰亂之苦，其實，這也是讓臺灣居民聞之而能有所感觸。同時，施琅還寬待俘虜，准許受俘將士能回臺省親。這是宣傳和瓦解敵軍的策略，也是比較人道的戰時政策。
在施琅強大水師力量的逼迫下，在政治宣傳的感化下，臺灣島內軍心渙散，民心思變，加上島內經濟困境，鄭克塽最終採納了劉國軒等人的建議，決定降清。閏六月初八日，鄭克塽、劉國軒派遣鄭平英、林維榮、曾蜚、朱紹熙到澎湖施琅軍前納款請降，並提出繼續留居臺灣，這要求遭施琅拒絕。施琅提出鄭受降三條件：劉國軒、馮錫範須到澎湖施琅軍前面降；須將臺灣人口、土地全部收入版圖：鄭氏集團官兵須遵旨剃髮，遷入內地，服從朝廷安置。七月十五日，劉國軒胞弟劉國昌、馮錫範胞弟馮錫韓、兵官馮錫珪等將降本送至澎湖施琅軍前，完全接受了施琅要求的受降條件。八月十三日，施琅親率舟師從臺灣鹿耳門入港登陸，林賢率領本標三營官兵船隻進入臺灣，招撫鄭克塽、劉國軒、馮錫範及鄭氏集團文武官員，鄭氏集團歸附，臺灣悉人版圖。十五日，施琅在赤嵌舉行隆重的受降儀式，宣讀康熙帝赦詔，鄭克塽等人遙向北京方向叩頭謝恩。十八日，鄭克塽和臺灣的文武官員全部剃髮。施琅帶領清軍順利接管了臺灣全境。
平臺戰役後，施琅上疏康熙帝為諸將表功，其中贊林賢說雲：“如海壇鎮臣林賢，當先破敵，捨命陷陣，諸將無出其右。臣忝專征之命，此役戰功非比尋常，不敢隱諱，謹冒昧上陳，伏乞皇上睿鑑施行。”（施琅：《飛報大捷疏》，《靖海紀事》捲上）
福建水師軍艦
康熙二十二年(1683年)十二月，康熙下詔書：“爾左都督林賢，夙嫻軍事，克抱盡誠”，“戎行效力，積有勤勞，爰加爵以酬……特授榮祿大夫，帶世職餘 功”。同時，朝廷還誥封林賢之妻章氏為一品夫人；誥贈林賢之曾祖父直齋、祖父得所、父茂田為榮祿大夫；誥贈林賢之曾祖母楊氏、祖母呂氏、母魏氏為一品夫 人。後來，晉江林門因此有了“四世一品”之譽說。康熙二十三年(1684年)六月，林賢奉旨入京，康熙帝召入正殿詢問戰況，改容嘉勞，賜宴時林賢位列撫臣之上，后皇帝觀射，林賢連中三矢，康熙帝賜貂套朝服、御馬鞍轡。令其旋隨駕東巡，侍從圍獵，並賜所獲鹿兔等，格外加恩。隨駕至山東平原，康熙帝命林賢回海壇鎮守要地。康熙二十五年(1686年)，朝廷再論平臺功勳，賜林賢拜他喇布勒哈番，再記餘功三次。隨後，又贈林賢一拖沙喇哈番，林賢之次子夢松襲世襲。康熙廿六年(1687)六月十八日，林賢卒於任所。康熙帝特旨贈太子少保，全錫帑金，御祭葬，並特遣福建布政使司參政江皋諭祭，祭文曰：“鞠躬盡瘁，臣子之芳蹤；恤死報勤，國家之盛典。爾林賢性行純良，才能稱職。方翼遐齡，忽焉長逝。朕用悼焉，特頒祭葬，以慰幽魂。嗚呼！寵錫重壚，庶沐匪躬之報；名垂信史，聿昭不朽之榮。爾如有知，尚克歆享。”(參看林賢故鄉珍存的《馬平霞店林氏本房族譜》，清康熙丁卯歲版本，林賢為該譜寫序)
值得注意的是，林賢加入福建水師，正是福建水師恢復建制時，福建水師逐漸強大的過程，也是林賢率領標下船隊屢次作戰，建功升職的過程。林賢是清軍福建水師中最英勇善戰的高級將領之一，他曾被福建吳興祚委任為福建援剿水師總兵官；他頗受水師復建後首任提督萬正色的器重，委以海壇總兵重任；同時，他也頗受總督姚啟聖、巡撫吳興祚的賞識。戰澎湖、平臺灣期間，林賢又受擁有專征之權的新任水師提督施琅的賞識，林賢智勇兼備，統兵有方，諳熟水戰，戰功卓著，是平臺水師中地位僅次於施琅、吳英的重要將領，而且，吳英當時主督陸軍，林賢在水師中的地位非同一般。在平臺戰役結束，鄭軍歸降後，施琅、吳英、林賢等所統領的福建水師達到了康熙朝水師最高峰時期，是最強勢、最能打的水師，而林賢鎮守東南沿海最重要的水師基地——海壇，毫無意義，林賢是當時福建水師位居前列的總兵官。
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