1900年，八國聯軍入侵北京，慈禧、光緒離京西遁，馬海晏、馬麒父子參與護駕。途中，馬海晏病逝，馬麒接任父親的旗官職務。由於護駕有功，馬麒、馬麟兄弟受到清廷的賞識，率部回甘肅駐紮。
民國成立後，馬麒、馬麟兄弟投靠北洋軍閥，馬麒攫取了西寧鎮總兵一職，1915年，又改任甘邊寧海鎮守使，建立了一支號稱“寧海軍”的家庭武裝。馬麒之子馬步青，1898年生，自幼隨父入軍旅，馬麒建立寧海軍後，十七、八歲的馬步青出任馬隊管帶。
馬麒另一兒子馬步芳，1903年生，自幼在家中成長，九歲時被送到西寧東關清真寺當“滿拉”（學習經文的小學生）。年紀稍大些，馬步芳看到兄長馬步青挎槍佩劍，前呼後擁，何等威風，與自己在清真寺的孤單生活形成強烈對照，他當然不安心於在寺院學經，一再請求父親安排軍職。終於，1917年，馬麒讓十四歲的馬步芳給馬步青當了幫帶，不久，升任步兵第十五營管帶。
1920年，17歲的馬步芳轉任騎兵營長。馬步芳進入軍中以後，很快便表露出他的軍事才能以及政治手腕，雖然年紀輕輕，但已深得馬麒的信任。馬麒為了鞏固勢力，把老巢河州與西寧聯成一氣，令馬步芳駐兵河州與西寧之間的重鎮化隆。馬步芳到化隆後，招兵買馬，仿照新式方法訓練部隊，練成了一支自己的“孩兒軍”。他利用民族、宗教關係，使用“以教治回”、“以回制漢”、“以藏制藏”等統治手段，建立了自己的絕對權威。漸漸，馬步芳在他的兄弟之中已取得領導地位，連馬步青也要讓他三分，別的兄弟只有受他的指使。例外的是他有個堂弟叫馬步英（1909年生），也是個年少有為的軍官，後因與馬步芳鬧矛盾，一怒之下離隊出走，另立門戶，甚至把名字也改為馬仲英。
1925年3月，馮玉祥就任西北邊防督辦，馬麒父子也不得不依附馮玉祥，以保住西寧鎮守使的職位。1925年9月，馮玉祥派部隊劉鬱芬代理其甘肅軍務督辦職務。1926年初，隴東鎮守使張兆鉀聯合隴南鎮守使孔繁錦，乘直、奉軍閥攻打國民軍之際，起兵攻打劉鬱芬，馬麒父子沒有參與起事。1927年6月，年僅十八歲的馬仲英成立黑虎吸馮軍，自任軍長兼第一師師長。同年冬，劉鬱芬以國民革命軍第二集團軍第七方面軍總指揮兼甘肅省政府主席的身份，再次入甘。
1928年5月，馬仲英在涼州馬廷勷、甘州馬璘等地方軍閥的支持下，發動了河州事變，率軍圍攻河州，與劉鬱芬展開大戰。這時，馬麒已被馮玉祥任為國民軍暫編第二十六師師長，仍駐防西寧，對馬仲英發動河州事變，馬麒父子也沒有支持。劉鬱芬從陝西調來孫連仲部參戰，將馬仲英擊敗。11月，馬仲英率部退出甘肅，轉入青海。河州事變後告一階落。
河州事變後，甘肅自民國初年來八鎮割據的局面結束了。馬麒父子雖然沒有參與河州事變，然而，馮玉祥卻以追擊馬仲英為由，命令孫連仲部挺進西寧，馬麒父子極不情願，但亦無可奈何。孫連仲到達西寧後，馬麒迫於形勢，交出大權，西寧政局遂由國民軍控制。同年12月，國民政府決定寧夏、青海分別建省，孫連仲任青海省主席，馬麒只能省個省府委員兼建設廳長。對此，馬麒父子採取忍耐的態度，馬步芳極力拉攏孫連仲部將高樹勳，很快得以從團長升任旅長，並允許擴編寧海軍。1929年，馬步芳在化隆、循化大肆招兵，組編了三個團，兩個獨立營，實力大增。
1929年10月，馮玉祥調孫連仲部東移，準備參加中原大戰。孫連仲、高樹勳離開青海前，將馬步芳調入西寧，並讓馬麒代理青海省主席一職。1930年1月，馬麒被正式任命為青海省主席，實現了馬麟父子要控制青海全省的願望。馬麒出任省主席後，馬麟則任甘肅省保安總司令，馬步青任旅長，而馬步芳則出任青海暫編第一師師長。中原大戰中，馬麒雖派出馬步青一旅隨馮玉祥部參戰，然而，他也在暗中與蔣介石聯繫，為自己鋪設後路。
1930年9月，中原大戰結束，馮玉祥反蔣失敗，馬麒父子立即通電擁蔣，又請時任國民政府蒙藏委員會委員長的馬福祥在蔣介石面前說好話，蔣介石終因青海鞭長莫及，也很快承認了馬麒父子在青海的統治地位。馬麒父子投靠蔣介石後，積極為蔣介石效勞，馬步芳以他在西寧所組編的青海暫編第一師，向國民軍的餘部進攻。1931年4月，馬步芳又率部眾，追剿馬仲英部。馬仲英節節潰敗，最後走避新疆。
1931年8月5日，馬麒在西安病逝。青海省地方官員黎丹等人推舉馬麟繼任省主席，但馬步芳雖只有二十八歲，也謀圖其父的地位。不料，南京方面傳來消息，蔣介石打算接受于右任建議，準備讓青海民政廳長王玉堂暫代省主席。在此時刻，馬步芳權衡利害，不想先輩創立的基業拱手讓人，於是與青海官員以聯名推薦形式，舉馬麟繼任。終於，蔣介石任命馬麟繼任青海省主席，馬步芳任新編第九師師長。馬麟雖然當上了省主席，但青海的軍政大權實際掌握在馬步芳、馬步青之手。馬步芳一邊擴充軍力，一邊與叔父爭權。馬麟深知其侄兒心狠手辣，難以與之爭鋒，只有處處迴避。
1932年初，胡宗南的中央軍第一師進駐天水。胡宗南深感馬步芳勢力日增，決心剪除。馬步芳為了阻止蔣介石、胡宗南進佔青海，利用玉樹藏僧和青海商人因貨物價格問題發生糾紛之機，故意擴大事態，迫使藏僧轉請昌都藏軍於6月進入玉樹地區，爆發了青藏戰爭。由於馬步芳大造輿論，故意造成緊張局勢，蔣介石只得命令馬步芳出兵反擊藏軍。雙方經過幾個月的戰鬥，至10月初，藏軍全線潰敗，馬軍逼進昌都，並與四川劉文輝部聯合出擊，進軍昌都，藏方被迫要求停戰。1933年4月10日，藏方與南京政府簽訂了《青藏和約》。
青藏戰爭不僅使馬步芳渡過難關，而且還鞏固了他在青海的統治地位。青藏戰爭剛結束，馬步芳又遇到孫殿英率部前來“開發”青海柴達木的威脅。青海是馬步芳兄弟的一統天下，當然容不得孫殿英來佔去一部分地盤。寧夏的馬鴻逵、馬鴻賓以及甘肅省主席兼甘肅綏靖公署主任朱紹良都擔心孫殿英到來會惹起事端。於是，四馬聯合朱紹良發起拒孫之戰，於1934年3月將孫殿英打敗。拒孫之戰後，馬步芳又派人到何應欽、朱紹良等處活動，使其新編第九師擴編為新編第二軍，下轄一師兩騎兵旅，兵力增至二萬五千餘人。
1935年下半年，紅軍長征到達川、康時，蔣介石急令馬步芳在青海、甘肅南部阻擊紅軍，馬步芳為了保存實力，守住青海，採取了消極敷衍的態度。但是，到了1936年10月，紅四方面軍組成西路軍，在甘肅靖遠西渡黃河，進軍河西走廊時，馬步芳唯恐青海有失，傾其所部對西路軍圍追堵截。在這場河西戰役中，西路軍與馬步芳部進行了連場血戰，傷亡慘重。1937年4月，二萬一千八百人的西路軍只剩下七百多人，從安西星星峽進入新疆。馬步芳殺害了數不清的西路軍戰士，僅在張掖，就殺害了西路軍俘虜三千二百多人，有活埋、槍殺、火燒、扒心、取膽、割舌等多種殘忍手段，對被俘女紅軍戰士，還進行強姦，然後分給部下做妻妾丫環，甚至轉賣多處。河西戰役期間，馬步芳趁機擴充實力。蔣介石為了進一步利用馬步芳，1937年夏將其部擴編為第八十二軍，下轄一00師和三個騎兵旅。同時，也將馬步青的騎兵第五師，擴編為騎兵第五軍。
馬步芳、馬步青的叔父馬麟雖然擔任省主席，但卻是有名無實。1936年，馬麟乾脆跑到上海、南京訪問，並遠赴阿拉伯之麥加朝聖，其省主席一職由馬步芳代理，到1937年才歸國。終於，1938年3月，南京政府正式任命馬步芳為青海省主席，馬麟只掛了個國民政府委員的空銜。1941年後，馬麟乾脆卸職作了寓公，1945年1月26日病逝。
抗日戰爭期間，馬步芳對抗日採取消極、觀望的態度，卻集中精力鞏固和發展自己在青海的統治力量。抗戰初期，蔣介石令馬步芳派出一個騎兵師上前線，馬步芳不動用自己的隊伍，卻從馬步青騎五軍中要一旅又一團人馬，再補充一些民團，組成一個八千人的騎兵師派往前線應付。1943年7月第八十二軍與騎五軍外加一個省防軍，即一二九軍，合編為第四十集團軍，即隴東兵團，馬步芳、馬步青分任正副總司令。1944年春，馬步芳把八十二軍軍長一職交給兒子馬繼援接任，乘機勸說馬步青把騎五軍軍長一職交給外甥馬呈祥。馬步青不知是計，表示同意。但馬步青交權後，逐漸受到馬步芳的冷落，成了個光桿副司令。最後，馬步青只好以養軍鴿為消遣，不久，帶了一營老弱殘兵去察漢烏蘇開墾，轉而到重慶向蔣介石投狀“控訴”馬步芳，但已無被於事，只掛了個國民政府蒙藏委員會委員的空銜。
這樣，馬步芳實際吞併了馬步青的騎五軍。1945年，馬步芳派馬呈祥率騎五軍進入新疆，向新疆發展。
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