由于各种原因，有几所高校从黑龙江搬走。有两所是1969年搬走的，有两所是从齐齐哈尔搬走的。
1.哈军工—国防科技大学
中国人民解放军军事工程学院（PLA Military Institute of Engineering），因校址在哈尔滨，通称哈尔滨军事工程学院，简称“哈军工”。陈赓大将首任院长兼政委。哈军工于1952年开始筹建，1953年4月25日基建破土动工，9月1日举行第一期开学典礼。
1959年军委决定改变军工培养目标，由维护、使用改为研究设计。学院从1960年开始分建与扩建：
将炮兵、装甲兵、工兵的常规专业和刚刚新建的防化兵工程系调出，交给有关兵种，扩建为单独的兵种工程技术学院，形成今天的南京理工大学、装甲兵工程学院、工程兵工程学院（现为解放军理工大学一部分）和防化兵指挥工程学院；
将空军工程系中的机场建筑、航空气象2专业和海军工程系中的舰炮、舰炮指挥仪、鱼雷、水雷、舰船消磁5专业与空军、海军的学校合并，成为更完整更高级的工程技术院校（形成后来的空军工程大学、海军工程大学的一部分）；
保留空军、海军工程系中的尖端专业和1959年2月新建的导弹工程系；将附属于导弹工程系的原子科扩大为原子工程系；将空军、海军、炮兵的雷达、无线电专业集中，扩建为电子工程系。
1966年哈军工转业改制，改名为哈尔滨工程学院，改建和新建了火箭工程系、计算机系。
1969年根据林彪关于战备的“一号命令”，学院内迁，1970年正式分迁。
其中导弹工程系（1966年改建为火箭工程系）、电子工程系、1966年新建的计算机系以及基础课部和院机关划归第七机械工业部迁往长沙，成立长沙工学院。1978年改建为中国人民解放军国防科学技术大学，重回军队序列；
把空军工程系划归第三机械工业部，迁往西安，并入西北工业大学；
原子工程系划归第二机械工业部，迁往重庆，与哈尔滨工业大学有关专业，组建重庆工业大学，1973年，重庆工业大学仍迁回哈尔滨与原哈工大留省部分合并，组成哈尔滨工业大学，原哈军工原子工程系仍调回长沙工学院；
海军工程系划归第六机械工业部，拟迁武汉，后留原址组建哈尔滨船舶工程学院，1994年更名哈尔滨工程大学；
风洞实验室改为第三机械工业部（航空工业部）的一个研究所，现为哈尔滨空气动力研究所。
2.东重—燕山大学
1958年哈尔滨工业大学重型机械系及相关专业成建制迁至工业重镇齐齐哈尔市富拉尔基区，组建了哈尔滨工业大学重型机械学院。
1960年独立办学，定名为东北重型机械学院，成为原机械工业部直属高校。1978年确定为全国重点高等院校。
1985年至1997年学校整体南迁秦皇岛市。1997年经原国家教委批准，更名燕山大学。
1998年，由原机械工业部划转到河北省，实行中央与地方共建，以河北省管理为主。2000年，河北轻工业管理学校并入燕山大学。
3.解放军齐齐哈尔医学院—第一军医大学—南方医科大学
1951年，创建中国人民解放军东北军区军医学校。
1953年1月，更名中国人民解放军第十一军医中学。
1954年5月，根据全军《军医中学整编方案》，学校改称中国人民解放军第十一军医学校。
1956年1月18日，学校由原属东北军区领导转由总后勤部领导。
1958年7月，学校集体转业，移交黑龙江省人民政府领导，第十一军医学校与第2164医院合并，改名为“齐齐哈尔医学院”，学制由原来的3年改为5年。
1962年1月，学校重归军队，隶属总后勤部，校名为“中国人民解放军齐齐哈尔医学院”。
1966年10月，校名改为“中国人民解放军军医学院”。
1969年9月，学校迁至湖南省长沙市。
1970年，广州军区卫生学校并入；2月，学校再迁至广州市当时已停办的暨南大学校址，由广州军区代管。
1975年7月，中央军委决定将原由广州军区代管的军医学院改由总后勤部 领导，“为统一番号序列，原中国人民解放军军医学院改为中国人民解放军第一军医大学，并隶属总后勤部建制”。
1979年，被确定为中国重点大学。
2004年8月，按照国务院、中央军委下达的命令，整体移交广东省，更名为南方医科大学。
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