咸豐三年（1853）七月，太平軍從南昌分股乘船攻饒州。此時，鄱陽知縣沈衍慶已奉調赴省，樂平知縣李仁元來鄱執掌縣印。沈衍慶得知太平軍攻鄱，即馳回鄱陽，與李共商守饒大計，在縣城高門紮營。太平軍分兩路攻城，李仁元守北門，與太平軍巷戰而死。沈亦因寡不敵眾而死於陣前。十月，太平軍退出饒城。
咸豐四年（1854）十月，太平軍羅大綱率軍由建德攻佔石門，團勇潰敗，死者數百人，並斬二十都團總陳和悌、何拔興等。十月九日太平軍佔饒州。十七日撤出。
咸豐五年（1855），太平軍由建德攻佔饒州，武威軍敗走。不久，太平軍撤出。二月二日，太平軍侯、陳等部由都昌突襲漳田渡，進攻饒州。羅大綱率太平軍直入饒州城，不久回師安慶，留指揮使張立旺據守。三月，清都司吳錫光督兵克復饒州。
咸豐六年（1856）二月，翼王石達開率太平軍由縣東崇光渡等處馳往建德縣，遂入漳田渡，被汪煥文團勇擊退。五月，太平軍由都昌入鄱陽十六都（今肖家嶺），經過激戰，清團總等數百人陣亡，汪煥文戰死。六月六日，太平軍攻佔饒州。二十二日，清都司比金科與林保、水師營賀虎臣兩軍夾擊太平軍，太平軍指揮遊朝福戰死，太平軍退至西北鄉據守。清軍移營徐步橋相逼。六月二十九日，饒州城為太平軍攻佔。七月，北王韋昌輝率太平軍由景德鎮取道鄱陽往建德縣。十一月，太平軍與清軍遇於碧山，太平軍遇襲，敗退至景德鎮。
咸豐七年（1857）正月一日，太平軍洪部進入鄱陽桃溪渡。繼而攻佔饒州城，數日後退據石門街等處。十月，太平軍孝王胡鼎文、堵王黃文金率軍直擊桃溪渡，斬清軍團總王觀國、徐學英及團丁200餘人。
咸豐十年（1860）十一月，太平軍堵王、孝王由建德入鄱境，向東逼近景德鎮，被清軍左宗棠部擊回，退伏雞公坡。此時，清軍鮑超率部駐紮施家嶺，左宗棠部移營松嶺山，三軍緊逼，呈犄角之勢。
咸豐十一年（1861）正月，清左、鮑兩部大破太平軍於謝家灘龍塘，太平軍死傷數千人。二月，太平軍再次攻入饒州城，半月後又撤退了。
同治二年（1863）三月，太平軍孝王、佑王由建德入石門楊塘一帶，遭清軍韓字營攻擊，孝王中炮身亡。四月，佑王襲韓字營。五月，在漳子渡北岸大敗清軍。二十四日，太平軍於桃溪渡殺清軍副將喻可宗、花翎都司張亮華等，清軍潰敗。七月，太平軍全部撤出鄱陽縣境，饒州戰事結束。
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