1937年全面抗戰爆發後，第二次國共合作形成。國民黨當局決定成立軍事委員會戰地黨政委員會，以便協調前線國共兩黨兩軍的關係及解決戰區出現的問題。因為李濟深與中共的關係較好，蔣介石遂決定由李濟深出面主持這個機構。
李濟深起初不準備接受，但考慮到可以利用這個機構，作為“抗戰民主鬥爭的陣地”，從而推動團結抗戰，於是在馮玉祥、王葆真等人的勸說下，以抗日大局為重，摒棄前嫌，答應了蔣介石的建議。
1939年3月9日，軍事委員會戰地黨政委員會正式成立，李濟深就任國民政府軍事委員會戰地黨政委員會副主任，主持日常工作。
雖然戰地黨政委員會的職責僅限於對戰區中的國民黨和政府進行指導、檢查與督促，提出建議，不直接領導戰區政府的工作，但李濟深仍然克服困難，堅持把委員會辦成推動各方力量團結抗日和堅持民主鬥爭的陣地。
在用人方面，李濟深打破黨派界限，主張“凡是主張抗日的都要用，凡是鬧小宗派的、黨派成見深的人都不能用”，迫使蔣介石答應“一切由李先生負責，決不干預，如有困難，仍當協助”。為了有利於團結抗戰，李濟深建議聘請周恩來、董必武等中共人士為戰地黨政委員會委員，並接受張友漁、梅龔彬、胡蘭畦、陶行知、黃炎培、季方、劉一峰等進步人士擔任戰地黨政委員會分會的委員（後因中共中央決定不參加國民政府的實際工作，周恩來沒有就任）。李濟深派往各地的指導員和視察員，不少是共產黨員和民主黨派的成員，如共產黨員黃逸峰、陳希周和救國會領導人、“七君子”之一的王造時等。李濟深還主持創辦了《戰地通訊》雜誌，作為戰地黨政委員會的機關刊物，支持和資助錢俊瑞(中共黨員)創辦《戰地評論》，宣傳團結抗日的主張；還發動在重慶的進步人士組織“戰地座談會”、星期五聚餐會，邀請中共黨員牛逸夫、張友漁、韓幽桐，救國會人士沙千里、章乃器、鄒韜奮及進步人士林倫彥等人到會作報告或座談，這些舉措對宣傳團結抗戰起了很大的作用。
當時，中共方面以葉劍英為代表，國民黨方面以何應欽為代表，進行談判。李濟深則擔當“中介人”的角色。談判前，葉劍英常常與李濟深先行接觸，交換意見；在會談中，李濟深多半傾向或支持中共代表提出的政治主張。李濟深還借推薦王葆真出任冀察黨政分會副主任委員的契機，要求王葆真去洛陽勸說衛立煌以抗戰大局為重，停止對共產黨八路軍發動“反共高潮”，並提議王葆真親自前往，促成衛立煌與八路軍朱德總司令直接會晤。後雙方達成互不侵犯協議，保持了晉東南團結抗日的局面。
李濟深“傾向中共”的態度及做法引起了一些國民黨高層人士的不滿，1940年春夏，蔣介石下令免去李濟深戰地黨政委員會副主任的職務。
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