在一切的考辨之中，有一个基础的逻辑：文字是文明开始的标志，没有文字就没有历史。因此对任何一种事物的发生，要从最初的文字记载开始考证，随着文字记载的变化来考察其思想内容的变化。“阴阳学说”作为中华文化运行的基层逻辑，有人所说从伏羲时代传承下来的，有人说是从黄帝时代传承下来的，但是“三皇无文，结绳而治”是普遍的共识。因此这个时期的故事只能当作传说，而不能当作历史，最起码在考证学的逻辑之下，是不考虑这种没有切实根据的说法的。
考证学，一看文献记载，二看文物佐证，三还得看看是否符合发展逻辑。因此对“阴阳学说”的考证也要回到文献和文物上面，从现实的依据中找到其生成和发展的线索。通过对甲骨文、金文、《尔雅》、《说文解字》等材料的考察，以及对先秦诸子百家经典著作的翻阅，“阴阳学说”的形成和发展大体上可以分为三个阶段来介绍：一，自然的阴阳，二形而上的阴阳，三形而下的阴阳。
第一个阶段，属于古人观察大自然，认识阴阳，并造字来表示阴阳的阶段。
“阳”字由“昜”演化而来，昜表示日光照耀，后来演化成“暘”字。在金文中演化为“陽”，阜是“山地”的意思，从而表示受阳光照耀的山坡。由于中国处于北半球的地理位置，向阳的山坡为南坡。《尔雅》解释为：“ 山东曰朝阳，山西曰夕阳。”在《说文解字》中，解释为：“陽，高明也”，由阳光照射的高地引申出光明的含义。
“阴”字由“霒”演化而来，甲骨文中戊戌卜中说：“其阴乎？翌日，不见云。”这是直接对自然天气的描写，形态太阳被乌云遮蔽后的阴天。在金文中演化成“陰”，表示山地背阳的北坡。由此有了《说文解字》中：“水之南、山之北也。”
自然的阴阳，是分别用“阴”和“阳”来表示自然现象，具体涉及有天文、地理两个方面，主要时间是商代的甲骨文和西周早期的金文中有记载。商代并没有发现阴阳连用的卜辞，更没有发现谈及形而上的哲学问题。西周的永盂上有金文曰：“锡失师永厥田阴阳洛疆”。据学者解释，“阴”字跟洛水有关系。从文字概念变迁来看，符合“仰望天文，俯察地理”这一传统的说法，这个时期的阴阳出于“观察”阶段，并不具有哲学含义，丝毫没有形而上的意思。不过令人费解的是，在《尔雅》只有“阳”而没有“阴”，东汉的《说文》中，阴阳关系不是对称关系，阳是高明，阴是水之南、山之北。
第二个阶段，是形而上的阴阳，即抽象的阴阳，玄学的阴阳，属于哲学概念的阴阳。
随着对概念抽象的发展，再晚一些的西周末年已经有采用阴阳来解释自然现象的说法。太史伯阳父说：“夫天地之气、不失其序；若过其序、民乱之也。阳伏而不能出、阴迫而不能烝、于是有地震。当下三川实震、是阳失其所而镇阴也。阳失而在阴、川源必塞。”这种思想的出现，标着着“阴阳”不再天文现象、地理地形的名词，而是具有了自然哲学的深刻意境。
从自然出发来解释自然，这是人类思想发展的一大进步，标志着智者先驱从蒙昧的原始信仰中解脱出来，不在盲目地相信自然现象背后有一个无所不能的天神。而去从自然出发，去思考自然现象的原因。伯阳父是一位被低估了的智者，他生活在周幽王时期，还预言了西周十年后灭亡，并指点郑伯避难迁徙从而成就了郑国的春秋霸业。由于《国语》叙事带有很浓厚的迷信色彩，许多地方都强调天命，遇事求神问卜，遮蔽了太史伯的思想光芒。
再往后的春秋战国时期，阴阳思想得到进一步的发展，相关记载也多了起来，形成百家论阴阳的思潮。我们简要摘录几条：
《诗 • 大雅 • 公刘》中：“相其阴阳” 。
《道德经》中：“万物负阴而抱阳”。
《易 • 系辞上》 ：“一阴一阳之谓道”。
《周礼》 中：“凡卜，辨龟之上下，左右，阴阳，以授命龟者，而诏相之”。
《礼记》中：“ 阴阳合而万物得”。
《素问》中：“日为阳，月为阴。”
《荀子》：“ 天地之变，阴阳之化。”
《白虎通》：“阳数奇，阴数偶。”
第三个阶段，是形而下的阴阳，是具体的阴阳，是不同学术领域对阴阳的具体运用。
在阴阳思想的运用上面，诸子百家的经典著作几乎都使用了“阴”和“阳”两个字。虽然他们的用法并不相同，有表示天气、有表示地理方位、有表示时间年月等，还有通假字的用法“阴”通“荫”，表示日光被树木所遮蔽，所以成阴，也不脱离自然现象描述的范畴。这些都是形而下的用法，在形而上的用法有三个代表，一是《易传》，二是《黄帝内经》，三是阴阳五行家的谶纬学说。
《易传》是对《易经》的解释，据学者考证，《易经》成书于西周时期，大约是由太卜对之前重要卦辞的整理和编纂，卦辞又是解释卦象的。其实当时算卦的方式有很多种，主要是以卜筮为主，《礼记·曲礼上》曰：“龟为卜，策为筮”。基于这种认识，笔者更相信《连山》和《归藏》应该是另外其他形式、不同时间的卜筮卜辞的整理。《易传》的成书时间为东周至汉宣帝时期，以《杂卦》的编纂完成为成书标志，期间经历四百年时间，是不同体系易学家在集体创造，主要由汉武帝到汉宣帝时期的易学博士执笔编纂，用阴阳思想系统阐述了天地人之道。比如：“立天之道，曰阴与阳；立地之道，曰柔与刚；立人之道，曰仁与义；兼三才而两之，故易六画而成卦。”
《黄帝内经》成书于战国时期，是有笃信黄老思想的医家所作，按其分篇考证，同样得出并非一人一时之作的结论，由中国历代黄老医家传承增补发展创作而来，在西汉博士整理经典著作时期形成早期的定本。从这一点看，《内经》和《易传》的成书过程大同小异，《易传》在时间上略早于《内经》。《黄帝内经》对阴阳概念进行了大量的论述，并且做了具体的规范使用，比如：“脏为阴 ，腑为阳；阳为气 ，阴为味 ；阳生阴长 ，阳杀阴藏 ；阳胜则阴病 ，阴胜则阳病 。”
在有就是运用阴阳思想结合五行说法，而形成的阴阳家。他们根据《尚书·禹贡》中“九州划分”的说法，提出“大九州、小九州”的概念。根据《尚书·洪范》中“五行”的说法，提出“五德终始说”。根据《老子》及《易传》等哲学著作，提出宇宙演化论。司马谈评价阴阳家精于天文历算，序四时之大顺；刘歆评价阴阳家历象日月星辰，敬授民时。据《汉书艺文志》记载：阴阳二十一家，三百六十九篇。不过大部分著作均已失传，其代表人物邹衍提出的“五德终始说”，在古代王朝更替中发挥着重要的作用。
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