秦始皇三十三年 （公元前214年）略定揚越，亦與中原一樣實行郡縣制，把南越分為南海、桂林、象郡三個郡，任囂為南海尉。其時南海地廣人稀（今珠江三角洲以東、粵閩邊界以西及大庾嶺、騎田嶺以南廣大地區，都屬南海郡），僅分置番禺、龍川兩個縣，以趙佗為龍川令。
秦始皇三十七年 （公元前210年）始皇卒。至秦二世，南海尉任囂病卒，臨終前授命趙佗行使南海尉事；秦亡，趙佗保境安民，攻佔桂林、象郡，成立南越王國。其後為防止閩越（今福建）入侵，遂分龍川置揭陽，以史定為揭陽令。南越國傳至五世，宰相呂嘉謀反，殺漢使、南越王及王太后。為此，漢武帝於元鼎五年（公元前111年）命伏波將軍路博德等率三路大軍渡嶺，鹹會番禺平亂。越年呂嘉被誅，遂分南越國為南海、蒼梧、鬱林、合浦、交趾、九真、日南、珠崖、儋耳九個郡。南海郡從原來番禺、龍川、揭陽三個縣分為番禺、四會、中宿、龍川、揭陽、博羅六個縣，其中四會、中宿兩縣由番禺縣分立；博羅縣由番禺、龍川縣地分立，縣址在今惠州城區以東約三十公里的梁化。從此“博羅”之名出現在中國的郡縣行列中。
漢王朝為了加強全國郡縣控制和管理，分全國為十三部，其中交趾部設在蒼梧郡廣信縣（今廣東封開），轄嶺南九郡。至東漢末，改交趾部為交州，惠州地屬交州南海郡博羅縣地。進入三國鼎立時期。先是荊州牧劉表擅任吳巨為蒼梧太守，受到以士燮為首的蒼梧士族集團抵抗。後東吳孫權西取荊州，南佔交州，於建安五年（210）任步騭為交州刺史，擊殺吳巨，進迫士燮。士燮集團迫於形勢，率交趾、合浦、九真三郡歸附東吳。接著步騭沿西江東進，順利進入南海郡首府番禺。此時，南海郡及東江流域地屬東吳。
東晉咸和六年（331），分南海郡置東官郡，領寶安、安懷、興寧、海豐、海陽、綏安、海寧、潮陽八縣，也就是今寶安縣至平遠縣一線以東，至福建漳浦九龍江下游南岸廣大地區，但不包括東江沿岸屬南海郡的增城、博羅、欣樂、酉平、龍川等縣。東晉義熙九年（413），又分東官郡東部的海陽、綏安、海寧、潮陽及分海陽新置的義招縣等五縣為義安郡。至劉宋，增城、博羅、酉平、龍川等縣屬南海郡，寶安、懷安、欣樂、海豐屬東官郡，興寧屬永平郡。
永初元年（420）六月，晉恭帝禪位於宋公劉裕，我國進入南北朝時期。據《資治通鑑·宋紀一》記載，嶺南及惠州地區從公元420年至公元589年共一百七十年間，先後歸屬宋、齊、梁、陳五朝。梁武帝天監年間（502-519），析南海郡置梁化郡，博羅縣治由梁化遷浮碇崗（即今博羅縣城），東官郡治遷住增城。此時梁化郡領龍川、博羅、興寧、海豐、欣樂、河源、雷鄉七縣。至陳朝後主禎明二年（588），將欣樂、懷安、酉平三縣合併為歸善縣，將縣治遷白鶴峰（今惠城區橋東）。
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