明朝建國初年，和北元關係仍舊十分緊張，元朝被趕出塞外，但是卻一直希望“反攻中原”，恢復江山。
明太祖朱元璋為了徹底解除北方邊境的威脅，因此前後組織了數次大規模的北伐。
經過明朝持續不斷的打擊，蒙元的軍事實力被嚴重削弱，其部落滅亡，部隊被殲，牛羊喪失。
到了公元1387年前後，蒙元的主力基本被摧毀，龜縮在偏遠的貝爾湖附近，再也不敢輕易進攻明朝。
但是，朱元璋還是不放心，為了徹底解決元朝的殘餘勢力，他派遣名將藍玉率領十五萬精銳明軍千里奔襲元朝最後的據點“捕魚兒海”，這場戰役就是明朝和元朝最後的決戰“捕魚兒海之戰”。
早在之前的幾次北伐中，明軍已經摧毀了元朝的大多數部隊，佔領了長城塞外的大片地區。
但是，元朝的指揮中樞還健全，元朝正統皇帝仍在位，其精銳的王牌軍也沒有被消滅。
這些人盤踞在捕魚兒海（位於今天內蒙呼倫貝爾草原西南部），仍舊是對明朝潛在的威脅。
為了一勞永逸的解決北元問題，朱元璋命令名將藍玉率領明軍主動出擊，千里奔襲，出其不意。
於是，捕魚兒海戰役爆發了。
當時明朝在北方的名將不少都亡故了，如常遇春、徐達等人，沐英等人又奉命鎮守雲南。
此時，藍玉作為朱元璋比較信任的將領，作為主將率領明軍鎮守北方邊塞。
當時在捕魚兒海的蒙元殘餘軍隊大約有十萬人左右，朱元璋為了一戰必勝，“肅清沙漠，在此一舉”，於是派出了十五萬大軍討伐北元殘部。
戰役初期，藍玉獲得了當時蒙古嚮導的支持，此人叫觀童，他對於當地地理水草都瞭如指掌，正是在他的帶領下，明軍一路神不知鬼不覺，千里疾進，直撲捕魚兒海。
當時也是天助大明，在距離捕魚兒海比較近的地方，忽然起了大風，沙塵漫天，這更加有利於明軍的偽裝潛襲。
藍玉派遣王弼為先鋒，率領精銳騎兵“銜枚卷甲”，晝夜不休，突襲捕魚兒海元軍本部。
明軍神兵天降，蒙古人全無察覺，混戰中，王弼所部擊潰元朝禁衛軍。
元朝最後有一批精銳部隊，他們本是隸屬於元末梟雄察罕帖木兒麾下，後歸王保保，王保保死後，他們在太尉蠻子與太師哈剌章的率領下擔任保衛元朝皇帝的任務，是蒙元最後一支尚有戰鬥力的軍隊。
但是，此時的明朝軍隊已經碾壓元軍，明將郭英擒殺太尉蠻子，擊潰蒙古衛隊。
元朝皇帝倉皇逃走，只帶了極少數的兵馬。
藍玉大軍到後，俘虜了包括元朝王妃在內的幾乎所有蒙元高層，整個北元中樞被徹底摧毀，自此，元朝作為一個朝代徹底不復存在，明朝在北方最大的潛在威脅被解除。
史書稱，此次作戰，藍玉以極微弱的代價幾乎全殲蒙元中樞，俘虜二千九百九十九名蒙古貴族和後宮家屬，俘虜蒙古士兵七萬七千多人，獲得四萬七千匹戰馬，此外，還有四千八百四十頭駱駝、十一萬二千四百五十二頭牛羊、三千餘輛各式車輛以及大批物資，明軍凱旋而歸。
藍玉為明朝立下大功，本來朱元璋十分高興，對他大大封賞。
然而藍玉侍功自傲，焚燬明朝邊關對兄弟部隊大打出手。
另外，事後有人告發藍玉淫辱了元朝皇妃，導致皇妃不堪羞辱自盡，朱元璋聽說後勃然大怒，因為朱元璋早就有明詔，不允許迫害殺戮元朝俘虜。
再加上朱元璋為了給自己的孫子剷除後患，於是對藍玉下了殺手。
最後，藍玉被剝皮處死，滿門抄斬。
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