作為明政府的登萊巡撫，袁可立還有一項“外交職責”——節制朝鮮軍政。朝鮮是明朝的屬國，當時由於陸路通道已被後金截斷，因此有著海上便利的登萊巡撫就承擔起了對屬國朝鮮的管理。袁可立上任沒多久，就遇到了一件麻煩事：朝鮮發生了政變。
公元1623年4月，朝鮮國王光海君李琿為其侄綾陽君李倧所篡，李倧將光海君流放江華島，是為“仁祖反正”。
作為宗主國，明政府對這樣的篡位行為是不能容忍的。袁可立聞訊後表示了明確的反對意見：“看得廢立之事，二百年來所未有者，一朝傳聞，豈不駭異。”並立刻上疏朝廷：“李琿襲爵外藩已十五年，於茲矣，倧即系親派，則該國之臣也。君臣既有定分，冠履豈容倒置。即琿果不道，亦宜聽大妃具奏，待中國更置。奚至以臣篡君，以侄廢伯，李倧之心不但無琿，且無中國，所當聲罪致討，以振王綱。”
之所以如此強硬，不僅僅是因為這種篡位從綱常倫理的角度來說是大逆不道的，更重要的是，由於後金政權的崛起，朝鮮有了搖擺不定的苗頭，作為宗主國，必須把這種苗頭扼殺在萌芽階段，因此，袁可立做出了非常強硬的姿態，甚至威脅派兵“聲罪致討”。
李倧對宗主國的態度是非常在意的，這關乎其合法性能否得到明朝政府承認的問題。於是，李倧派出一個超級龐大的使團（共有328人），前往登州拜見登萊巡撫袁可立，請求他代為轉奏辯明原委，以獲得明政府的冊封。
朝鮮使團在當年六月十一日一大早便來到登州等候接見。三天後，袁可立才接見了朝鮮國使團。使團“升自東階再拜”，向袁可立“呈申文”遞交國書。
由於當時正與後金用兵，明朝國力受限，客觀上也不允許在這件事情上太較真。袁可立看到朝鮮態度良好，就借坡下驢，“請正詞質責之，以濟師助剿為券，與廷議合”。後來，袁可立給皇帝上疏道：“亦當令其退避待罪，朝廷徐頒赦罪之詔，令其祗奉國祀，如國初所以待李成桂者，此又不得已之權也。”
袁可立的態度讓朝鮮人非常不爽，這一風波的尾聲一直留到清康熙年間——朝鮮投降清朝後，同時對袁可立給朝廷奏摺《請討篡逆疏》中“又系倭夷之婿，廢立之舉，實借倭為之”之語耿耿於懷，後來在清廷開館延修《明史》之際，朝鮮曾派專使來中國“辯冤”，在康熙皇帝面前大告前朝袁可立的御狀。
“反間計”策反劉興祚
從公元1623年二月開始，袁可立在逐步完善對東江和登萊兩鎮兵馬布局的同時，還精心設計策反收降清太祖努爾哈赤的姻婿劉興祚。
劉興祚是明末清初遼東地區著名戰將，同時也是歷史上極富傳奇色彩的人物。後金人稱其為劉愛塔，朝鮮文獻稱之為劉海。劉興祚最初只是明朝遼東開原衛的一個下級官員，因觸犯法律逃到後金境內，憑藉著聰明伶俐和勇敢善戰得到努爾哈赤的信任與重用，被任命為副將，併成為後金國內繼額駙佟養性、李永芳之後，位居第三的漢族將領。
然而，後金殘酷的民族壓迫和奴役，深深震動了劉興祚未泯的良知，激起強烈的民族大義，他屢次通書於明登萊巡撫袁可立，表示欲脫離虎口、“自拔”歸明的心願。
袁可立認為這是戰略良機，隨“給與免罪牌及加銜札付，並許降後代請封官”，命“沈總兵於三月十三日率兵出海相機接應”。但由於不慎風聲走漏，後金“將愛塔並李永芳長子虜去，殺其弟劉興仁及王丙。屠城，驅其餘民於永寧”。這次牽連頗廣、裡應外合的事變被努爾哈赤迅速鎮壓下去。
當後金兩次出兵攻明時，劉興祚“俱遣人先報”，使之“得以為備”。為了逃出後金，劉興祚又策劃了假上吊與真火災事件。通過假上吊，後金人放鬆了對其看管，允許他從瀋陽城內搬到城外居住。公元1628年，在一個月黑風高的夜裡，劉興祚找了一個酷似自己的後金士兵，以酒灌醉斃後縱火燒之，後金人勘驗信以為真。劉興祚趁機逃出後金。
袁可立策反劉興祚，對後金軍心打擊是空前的，引起努爾哈赤震怒，大批漢官漢將因受猜忌而被殺，沿海四百里海疆不戰而重新收歸明朝。“奴（努爾哈赤）多用中國叛將防守四衛，而公（袁可立）納劉愛塔之降，以開奴攜二，一時中國叛將被奴誅夷殆盡。虜因棄金復諸城，而舉四百里喪地復歸版圖焉”。
儘管後來由於閹黨排擠，袁可立並沒有看到這一“反間計”的最終成果，但劉興祚還是在崇禎初年歸順明朝，積極投入抗金斗爭。
可惜的是，劉興祚歸順後沒有受到袁崇煥的重用，直到後來孫承宗重回遼東，才給了劉興祚“用武之地”。次年，劉興祚官至副將，掌管皮島事務。不久奉命率兵赴永平，與後金激戰時陣亡。劉興祚是明清戰爭史上明朝誘降滿清級別最高的將領，為遼東間諜戰“反間計”之著名戰例。
扶持毛文龍惹來爭議
在袁可立巡撫登萊經略海防的戰略中，有一個人不能不提，那就是毛文龍。
毛文龍原是一個不出名的低級軍官，後金大軍縱橫遼東時，他沒有像其他人一樣逃亡，而是佔據皮島，牽制後金軍隊。
即使是成了島主，在大明軍隊中，毛文龍依然是個不起眼的角色。不過由於皮島的作用非常重要，且毛文龍在敵後遊擊作戰中確實有一套，因而他成了不可替代的人物。正是看中了這一點，在巡撫登萊期間，袁可立一步步提拔毛文龍。
平心而論，袁可立是從大局出發支持毛文龍的，看重的是毛文龍的軍事才能。根據《明史》和《明實錄》的描述，“公（袁可立）故奇其（毛文龍）膽智”。袁可立為了向前推進沿海防禦，曾多次替毛文龍向朝廷募兵請餉，他說：“奴酋逆天順犯，於今七載。賴毛帥倡義，屢獲奇捷，大張撻伐之氣。據所報功級解驗，前後大小三十餘戰，斬首共一千九十七級數逾，上捷者共五次，總獲器械、弓箭等件共五萬。當我聖主宵旰之時，人心危懼之日，海外有此奇功，其應陛應賞應恤之官兵相應敕部，行巡按御史覆勘，再為議序，以侯俞旨施行。”甚至在地震時還在向朝廷上疏請求“預籌毛帥之接濟”。
在袁可立的力薦下，毛文龍不斷被加秩晉階。他開始恃功自傲，“驕愎不協，蠱於兵，滿蒲、昌城襲報用敢獻功”。朝廷中央官員對毛文龍的質疑聲浪日高。
老實說，袁可立內心也相當痛苦，朝臣們奏摺所說並不是沒有道理，但毛文龍立足皮島，牽制了努爾哈赤，功過分明。夾在中間的袁可立左右為難。
一方面，袁可立對毛文龍多次批評——他核查毛文龍的戰報和軍餉，指斥毛文龍貪功冒餉，“力柔其（毛文龍）骨”，勸毛文龍“臣子勿欺”。但毛文龍其時勢力已經坐大，對袁可立的批評陽奉陰違。另一方面，言官們口水亂飛，尤其是言官宋禎漢，糾集多人輪番惡意攻擊袁可立。以至於連天啟皇帝都看不過去了，公開打抱不平：“大臣去留悉聽上裁，言官論人當存大體，不必連章摶擊。”最後是言官忘攻無稽，“上不聽，旋以平蓮功加秩（袁可立）兵部侍郎”。
身心疲憊的袁可立實在沒有辦法，最後選擇了“功成身退”——上疏皇帝，要求辭職回家。但天啟帝十分眷顧袁可立，接連七次上疏辭官方得批准。
事實上，袁可立對於毛文龍的處理還比較妥當——在袁可立巡撫登萊期間，毛文龍還不敢過於囂張，很給袁可立及朝廷面子。
袁可立離任後，毛文龍無人能御——他和登撫繼任者關係相當緊張。加之失去了有效的策應和後盾，毛文龍再也沒有發動過像樣的戰役，甚至連大將張盤陣亡他也沒有努力救援。後來的督師袁崇煥見毛文龍過於囂張，乾脆“入其軍，斬其帥”，三下五除二將毛文龍斬首——事實證明，這是非常臭的一步棋，不僅皮島繼任者無法控制毛文龍留下的數萬軍隊，而且明軍再無可牽制後金的實力。袁可立苦心經營的初具規模的登萊海上防務漸趨瓦解。黃道周有言：“公（袁可立）去登萊不數載，而登萊遂敗”，評價是十分中肯的。
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