侯一凡a
首先，先說我的結論，柯南身邊的熟人毛利，小蘭，博士肯定不是最終BOSS。
網上有許多類似的推理來證明上面的人是最終BOSS的，看似有理有據，其實都有一個很明顯的問題，太麻煩，如果他們熟人是最終BOSS何必花費那麼多篇幅去描寫柯南和黑衣組織之間的鬥智鬥勇，簡簡單單的在柯南變小了之後，阿笠博士最早知道柯南的真實身份的那一天晚上，完全可以憑藉他的一身發明將手無縛雞之力的柯南一個悶棍打暈，然後偷偷的運回組織做人體實驗。（消滅痕跡也是組織擅長的）全篇終結。
青山岡昌也在訪談節目中透露過他們不是BOSS，而且還說出了BOSS已經是已全名形式出現過的，沒有透露過其他的。
2017年12月青山在日本漫畫週刊上發佈了因為勞累過度而決定長期休刊的決定，而且在休刊前的最後一個案件當中（柯南連載漫畫的1008話，具體不劇透了，有興趣的可以去看。），由柯南和工藤優作利用所掌握的線索推出了其BOSS為理應已去世大富翁烏丸蓮耶，伏筆埋的深而久遠。
此人最早出現在柯南單行本的30卷（TV版是219話的兩小時特別篇）黃昏之館的殺人事件，裡面被提到過，只出現過剪影和名字，沒有其他線索，那個案子是講述為了解開富豪烏丸蓮耶生前所留下的巨大的財富，有個神秘人物召集了包括毛利小五郎在內的許多日本有名的偵探一起解開謎團發生的殺人事件，裡面出現的偵探有的也推動了以後劇情的發展，案子十分精彩，沒有看過的我就在這安利一波。
身後的烏鴉徽章和黑衣組織標誌性的黑色十分吻合，而且也和柯南由柯南推出的BOSS郵件地址的手機按鍵音為七隻烏鴉一致。
當然網友在看到BOSS提早發佈之後並不買賬，覺得青山這個伏筆並沒有什麼特色，缺乏給人一種出乎意料的刺激感。
之後青山在休刊後的最新一次的訪談中也確認了這個BOSS的身份。並公佈了一段繪製有關那位先生的視頻。
不過我覺得按照青山的慣例，可能這只是BOSS中的其中一個，或許還有更大的BOSS也說不定。答案或許只有撬開青山的腦子才能知道個究竟了。
二次元火花
根據漫畫第1008話的信息，可以視為原作者青山剛昌親自確定了，黑衣組織的幕後首腦是烏丸蓮耶。漫畫1011話，安室透對灰原哀母親宮野艾琳娜的回憶中，也揭示了當初宮野夫婦是接受了烏丸集團的邀請加入研究。所以，黑衣組織的BOSS也就是烏丸蓮耶。
不過按照漫畫中的時間線索，此時的烏丸蓮耶倘若仍在世，已經年近150歲。在漫畫380——382話中，貝爾摩德在威脅板倉卓時，提到“We can be both of God and the devil.Since we're trying to raise the dead against the stream of time.”（我們既是上帝也是惡魔。因為我們要逆轉時間的洪流，讓死人復生）。結合灰原哀根據父母遺留的資料所開發出的APTX4869來看，有出現使人體除了神經系統以外的骨骼、肌肉、內臟、毛髮的全部細胞都退化到了幼兒時期的情況。因此，目前暫時無法斷定組織成員口中發號施令的“那位先生”是烏丸蓮耶本人還是其他人員接替掌管組織，答案還有待青山在後續揭曉。
橙心社
Boss很可能是沙朗溫雅德，理由組織的人比如琴酒，伏特加等大部分人都只人物貝爾摩德的公眾身份是克莉絲，而不認為是她母親沙朗，而眾所周知，沙朗應該在20年前就已經是組織的一名核心人物咯，如果只是小兵蝦醬，不需要引起朱迪她爸的注意（更不會為此招來差點死全家的災難），這一點我認為是73留下的大bug，估計解釋起來73自己也很老火吧。既然爆出了烏丸蓮耶是Boss的人選，根據工藤優作的推理，我想意思應該是Boss是烏丸蓮耶的後人，我似乎記得烏丸蓮耶是個金色頭髮的老外（還是進來過兩個老外，由此用巧妙的方法攛掇了整個烏丸蓮耶家族的鉅額財富。。。）（動漫中出現過），那麼貝爾摩德、沙朗應該和他們有一定的關係。而且灰原哀也說過boss是不能打開的潘多拉的寶盒，如果讓世人知道了一定會大吃一驚，由此可猜想，BOSS是公眾人物如記者、政客、小說家、演員等，而且灰原也早就知道哪個隱藏了20年的BOSS是誰了，灰原那麼恐懼貝爾摩德，怕是其中就包含了APTX4869的故事。哪個藥物一定造成貝爾摩德不可挽回的傷痛，才會這麼恨不得殺灰原而後快，但也可能只是為了滅口，那麼也反正，貝姐跟Aptx4869有關係。
半杯咖啡半杯綠茶
首先，排除錯誤答案。
青山剛昌在歷次訪談和賀年卡回覆中排除的BOSS人物有阿笠博士、阿笠博士初戀、工藤優作、少年偵探團、貝爾摩得、白鳥警官、工藤新一、毛利蘭、妃英理、朱蒂、卡梅隆、鈴木財團相關者、黑羽盜一、大黑連大郎、烏丸蓮耶、詹姆斯、目暮警官、高木、佐藤、由美、苗子、千葉。然後，從劇情可以排除的有毛利小五郎（TV425，琴酒最後通過竊聽器質問的語氣明顯看出小五郎不是BOSS）、黑羽盜一（柯南和快鬥是兩部不同的作品，青山也說過兩者的組織不是同一個）、詹姆斯（作者已經否定了。嫌疑最大，但是別忘了，BOSS最害怕的就是赤井秀一，而秀一準備假死的時候把整個計劃告訴了詹姆斯，即使是因為露餡才告訴詹姆斯的，詹姆斯在後面成功誤導朱蒂老師用指紋驗證屍體從而實現假死計劃，BOSS會對最畏懼的敵人做出這樣不利於組織的事嗎？何況秀一掉的BLACK咖啡是因為手指塗了東西避免留下指紋才滑掉的，並非暗示詹姆斯。結合兩點排除詹姆斯）。
關於BOSS的情報：青山剛昌說過BOSS已以全名形式出現過，而且是在單行本53卷之前。但沒有透露是否露過臉。性格十分謹慎，琴酒執行任務都要向其彙報。BOSS沒有酒名代號，組織成員的代號都由BOSS命名。柯南偷聽到貝爾摩得輸入BOSS郵箱地址時的按鍵音連起來是《七隻烏鴉》的旋律。到後面列車篇我們會發現，酒廠人手一部iPhone，而紅方都是安卓機、功能機。
接下來列舉各個BOSS嫌疑人。一般被讀者質疑的人物，不外乎是神秘失蹤、生死不明的。除了這些，還有登過一次場之後神隱，或是偶爾提起，卻沒有登過場的人物。
一、常盤榮策。帝都大學藥學系教授。在TV425中，參加眾議院選舉的候選議員土門康輝是教授有力競爭者，由於土門康輝堅決打擊犯罪實力，組織準備刺殺土門康輝。常盤榮策是藥學系出身，又牽涉到主線事件。可惜自帶一張標準的嘲諷臉（假設沒有易容），沒有BOSS的氣概。

二、宮野厚司。灰原老爸，組織的科學家，生死不明。這個BOSS設定唯一的漏洞是明美。明美若作為BOSS女兒怎麼會連代號都沒有，黑衣組織難道只看實力不看背景。。。
再者為什麼琴酒殺明美？可以用大義滅親解釋，只要是叛徒，就算是女兒也得死（如果明美不是親生的那就更爽快了）至今未有漫畫形象。
三、蘭迪霍克。詹姆斯第一次出場，就是因為和這個馬戲團團長長得像而被劫持。在福爾摩斯的小說中，莫利亞提教授有一個兄弟，也叫詹姆斯·莫里亞蒂，區別在於詹姆斯·莫里亞蒂教授和詹姆斯·莫里亞蒂上校，青山會不會借鑑這個設定呢，十分希望這是一個伏筆。我認為可能性最高就是他。
↓↓↓圖右是詹姆斯

四、Mr.正影，十年前拋開老婆跑路了，行蹤不明的魔術師。

五、高木長介。只出場過一次就調去鳥取的警官。這位警官表現出來的智商可比山村操、目暮要高。

最後開開不負責的腦洞XD
在波洛餐廳的大尉，沒錯就是那隻三色貓。柯南在獲得板倉卓的日誌時也得知了一個女人和貓的故事。可是這故事沒有後續。另外波洛餐廳的老闆也沒有登場過，有點蹊蹺。
工藤新一初次案件（飛天密室，新一問蘭胸罩裡是不是有鋼絲的案件）中的一個美國男子。
山村操（在很多人心目中他是BOSS的可能性比烏丸蓮耶還高）。大智若愚。他的聲優也曾在高達中配過音。熟悉柯南中的高達梗的朋友應該會有所留意。
衝野洋子。由她引出了水無憐奈。莫非和貝爾摩得是百合？毛利大叔哭倒在廁所。
假面超人與鼴鼠星人中的其中一個。
黑影君。BOSS在露面之前必以這種形象出現。好歹是個BOSS就不要再來波本三選一這種劇情。
最後當然是我們的

趣動畫
中國茅臺
150157394
理論推理應該是烏丸蓮耶，在採訪中原作者也回答了有可能就是他，在動漫中新一夜推理出boos是烏丸蓮耶，不出意外是他的可能性很大。
如果他還活著，很有可能吃了藥保命，但在宣佈他死時銀色子彈和APTX4869還沒研究好，所以他可能只是組織的創始人，現在組織老大不一定是他，可能是他的孩子或別人。
但到底是不是還得看作者接下來怎麼寫了，很期待。
37373遊戲—海貝網絡
烏丸蓮耶，《被召喚的名偵探》中出現過，是個大富翁
沫泡hq
這個問題 我以前回答過 就不在一一解釋了 我就說兩點 阿笠博士 鈴木家族 不要跟我說什麼 青山說了 boss 不是阿笠博士 這種話 那 鳥山明還說 龍珠Z之後 不會在有關於龍珠的作品了呢 照樣 還有 GT 和 龍珠超呢 而且漫畫和動漫 還不一樣呢
Mr__趙大官人_
官方已經確認終極BOSS是烏丸連耶，但是烏丸連耶上世紀就已經去世了，可能是有人假冒他的名聲。
遊戲解說丶K
官方就說明了，黑衣組織的幕後首腦是稱為“那位先生”的人物，當然“那位先生”畢竟是個代號，真實身份甚至長相卻是未知的……不過最近的劇透裡，“那位先生”的真實身份被認定是個叫做烏丸蓮耶的人，可問題是烏丸蓮耶劇透是出生於1852年，在1951年就死了，所以因為這樣，確認他就是黑衣組織的真正首腦，依然是個謎底……但當然，烏丸蓮耶是否就是黑衣組織首腦“那位先生”真面目，又有幾乎符合的猜疑條件。
還有就是黑衣組織研究藥物，（也就是工藤新一被黑衣組織的琴酒灌下的那種），據說和他有關。
