侯一凡a
首先，先说我的结论，柯南身边的熟人毛利，小兰，博士肯定不是最终BOSS。
网上有许多类似的推理来证明上面的人是最终BOSS的，看似有理有据，其实都有一个很明显的问题，太麻烦，如果他们熟人是最终BOSS何必花费那么多篇幅去描写柯南和黑衣组织之间的斗智斗勇，简简单单的在柯南变小了之后，阿笠博士最早知道柯南的真实身份的那一天晚上，完全可以凭借他的一身发明将手无缚鸡之力的柯南一个闷棍打晕，然后偷偷的运回组织做人体实验。（消灭痕迹也是组织擅长的）全篇终结。
青山冈昌也在访谈节目中透露过他们不是BOSS，而且还说出了BOSS已经是已全名形式出现过的，没有透露过其他的。
2017年12月青山在日本漫画周刊上发布了因为劳累过度而决定长期休刊的决定，而且在休刊前的最后一个案件当中（柯南连载漫画的1008话，具体不剧透了，有兴趣的可以去看。），由柯南和工藤优作利用所掌握的线索推出了其BOSS为理应已去世大富翁乌丸莲耶，伏笔埋的深而久远。
此人最早出现在柯南单行本的30卷（TV版是219话的两小时特别篇）黄昏之馆的杀人事件，里面被提到过，只出现过剪影和名字，没有其他线索，那个案子是讲述为了解开富豪乌丸莲耶生前所留下的巨大的财富，有个神秘人物召集了包括毛利小五郎在内的许多日本有名的侦探一起解开谜团发生的杀人事件，里面出现的侦探有的也推动了以后剧情的发展，案子十分精彩，没有看过的我就在这安利一波。
身后的乌鸦徽章和黑衣组织标志性的黑色十分吻合，而且也和柯南由柯南推出的BOSS邮件地址的手机按键音为七只乌鸦一致。
当然网友在看到BOSS提早发布之后并不买账，觉得青山这个伏笔并没有什么特色，缺乏给人一种出乎意料的刺激感。
之后青山在休刊后的最新一次的访谈中也确认了这个BOSS的身份。并公布了一段绘制有关那位先生的视频。
不过我觉得按照青山的惯例，可能这只是BOSS中的其中一个，或许还有更大的BOSS也说不定。答案或许只有撬开青山的脑子才能知道个究竟了。
二次元火花
根据漫画第1008话的信息，可以视为原作者青山刚昌亲自确定了，黑衣组织的幕后首脑是乌丸莲耶。漫画1011话，安室透对灰原哀母亲宫野艾琳娜的回忆中，也揭示了当初宫野夫妇是接受了乌丸集团的邀请加入研究。所以，黑衣组织的BOSS也就是乌丸莲耶。
不过按照漫画中的时间线索，此时的乌丸莲耶倘若仍在世，已经年近150岁。在漫画380——382话中，贝尔摩德在威胁板仓卓时，提到“We can be both of God and the devil.Since we're trying to raise the dead against the stream of time.”（我们既是上帝也是恶魔。因为我们要逆转时间的洪流，让死人复生）。结合灰原哀根据父母遗留的资料所开发出的APTX4869来看，有出现使人体除了神经系统以外的骨骼、肌肉、内脏、毛发的全部细胞都退化到了幼儿时期的情况。因此，目前暂时无法断定组织成员口中发号施令的“那位先生”是乌丸莲耶本人还是其他人员接替掌管组织，答案还有待青山在后续揭晓。
橙心社
Boss很可能是沙朗温雅德，理由组织的人比如琴酒，伏特加等大部分人都只人物贝尔摩德的公众身份是克莉丝，而不认为是她母亲沙朗，而众所周知，沙朗应该在20年前就已经是组织的一名核心人物咯，如果只是小兵虾酱，不需要引起朱迪她爸的注意（更不会为此招来差点死全家的灾难），这一点我认为是73留下的大bug，估计解释起来73自己也很老火吧。既然爆出了乌丸莲耶是Boss的人选，根据工藤优作的推理，我想意思应该是Boss是乌丸莲耶的后人，我似乎记得乌丸莲耶是个金色头发的老外（还是进来过两个老外，由此用巧妙的方法撺掇了整个乌丸莲耶家族的巨额财富。。。）（动漫中出现过），那么贝尔摩德、沙朗应该和他们有一定的关系。而且灰原哀也说过boss是不能打开的潘多拉的宝盒，如果让世人知道了一定会大吃一惊，由此可猜想，BOSS是公众人物如记者、政客、小说家、演员等，而且灰原也早就知道哪个隐藏了20年的BOSS是谁了，灰原那么恐惧贝尔摩德，怕是其中就包含了APTX4869的故事。哪个药物一定造成贝尔摩德不可挽回的伤痛，才会这么恨不得杀灰原而后快，但也可能只是为了灭口，那么也反正，贝姐跟Aptx4869有关系。
半杯咖啡半杯绿茶
首先，排除错误答案。
青山刚昌在历次访谈和贺年卡回复中排除的BOSS人物有阿笠博士、阿笠博士初恋、工藤优作、少年侦探团、贝尔摩得、白鸟警官、工藤新一、毛利兰、妃英理、朱蒂、卡梅隆、铃木财团相关者、黑羽盗一、大黑连大郎、乌丸莲耶、詹姆斯、目暮警官、高木、佐藤、由美、苗子、千叶。然后，从剧情可以排除的有毛利小五郎（TV425，琴酒最后通过窃听器质问的语气明显看出小五郎不是BOSS）、黑羽盗一（柯南和快斗是两部不同的作品，青山也说过两者的组织不是同一个）、詹姆斯（作者已经否定了。嫌疑最大，但是别忘了，BOSS最害怕的就是赤井秀一，而秀一准备假死的时候把整个计划告诉了詹姆斯，即使是因为露馅才告诉詹姆斯的，詹姆斯在后面成功误导朱蒂老师用指纹验证尸体从而实现假死计划，BOSS会对最畏惧的敌人做出这样不利于组织的事吗？何况秀一掉的BLACK咖啡是因为手指涂了东西避免留下指纹才滑掉的，并非暗示詹姆斯。结合两点排除詹姆斯）。
关于BOSS的情报：青山刚昌说过BOSS已以全名形式出现过，而且是在单行本53卷之前。但没有透露是否露过脸。性格十分谨慎，琴酒执行任务都要向其汇报。BOSS没有酒名代号，组织成员的代号都由BOSS命名。柯南偷听到贝尔摩得输入BOSS邮箱地址时的按键音连起来是《七只乌鸦》的旋律。到后面列车篇我们会发现，酒厂人手一部iPhone，而红方都是安卓机、功能机。
接下来列举各个BOSS嫌疑人。一般被读者质疑的人物，不外乎是神秘失踪、生死不明的。除了这些，还有登过一次场之后神隐，或是偶尔提起，却没有登过场的人物。
一、常盘荣策。帝都大学药学系教授。在TV425中，参加众议院选举的候选议员土门康辉是教授有力竞争者，由于土门康辉坚决打击犯罪实力，组织准备刺杀土门康辉。常盘荣策是药学系出身，又牵涉到主线事件。可惜自带一张标准的嘲讽脸（假设没有易容），没有BOSS的气概。

二、宫野厚司。灰原老爸，组织的科学家，生死不明。这个BOSS设定唯一的漏洞是明美。明美若作为BOSS女儿怎么会连代号都没有，黑衣组织难道只看实力不看背景。。。
再者为什么琴酒杀明美？可以用大义灭亲解释，只要是叛徒，就算是女儿也得死（如果明美不是亲生的那就更爽快了）至今未有漫画形象。
三、兰迪霍克。詹姆斯第一次出场，就是因为和这个马戏团团长长得像而被劫持。在福尔摩斯的小说中，莫利亚提教授有一个兄弟，也叫詹姆斯·莫里亚蒂，区别在于詹姆斯·莫里亚蒂教授和詹姆斯·莫里亚蒂上校，青山会不会借鉴这个设定呢，十分希望这是一个伏笔。我认为可能性最高就是他。
↓↓↓图右是詹姆斯

四、Mr.正影，十年前抛开老婆跑路了，行踪不明的魔术师。

五、高木长介。只出场过一次就调去鸟取的警官。这位警官表现出来的智商可比山村操、目暮要高。

最后开开不负责的脑洞XD
在波洛餐厅的大尉，没错就是那只三色猫。柯南在获得板仓卓的日志时也得知了一个女人和猫的故事。可是这故事没有后续。另外波洛餐厅的老板也没有登场过，有点蹊跷。
工藤新一初次案件（飞天密室，新一问兰胸罩里是不是有钢丝的案件）中的一个美国男子。
山村操（在很多人心目中他是BOSS的可能性比乌丸莲耶还高）。大智若愚。他的声优也曾在高达中配过音。熟悉柯南中的高达梗的朋友应该会有所留意。
冲野洋子。由她引出了水无怜奈。莫非和贝尔摩得是百合？毛利大叔哭倒在厕所。
假面超人与鼹鼠星人中的其中一个。
黑影君。BOSS在露面之前必以这种形象出现。好歹是个BOSS就不要再来波本三选一这种剧情。
最后当然是我们的

趣动画
中国茅台
150157394
理论推理应该是乌丸莲耶，在采访中原作者也回答了有可能就是他，在动漫中新一夜推理出boos是乌丸莲耶，不出意外是他的可能性很大。
如果他还活着，很有可能吃了药保命，但在宣布他死时银色子弹和APTX4869还没研究好，所以他可能只是组织的创始人，现在组织老大不一定是他，可能是他的孩子或别人。
但到底是不是还得看作者接下来怎么写了，很期待。
37373游戏—海贝网络
乌丸莲耶，《被召唤的名侦探》中出现过，是个大富翁
沫泡hq
这个问题 我以前回答过 就不在一一解释了 我就说两点 阿笠博士 铃木家族 不要跟我说什么 青山说了 boss 不是阿笠博士 这种话 那 鸟山明还说 龙珠Z之后 不会在有关于龙珠的作品了呢 照样 还有 GT 和 龙珠超呢 而且漫画和动漫 还不一样呢
Mr__赵大官人_
官方已经确认终极BOSS是乌丸连耶，但是乌丸连耶上世纪就已经去世了，可能是有人假冒他的名声。
游戏解说丶K
官方就说明了，黑衣组织的幕后首脑是称为“那位先生”的人物，当然“那位先生”毕竟是个代号，真实身份甚至长相却是未知的……不过最近的剧透里，“那位先生”的真实身份被认定是个叫做乌丸莲耶的人，可问题是乌丸莲耶剧透是出生于1852年，在1951年就死了，所以因为这样，确认他就是黑衣组织的真正首脑，依然是个谜底……但当然，乌丸莲耶是否就是黑衣组织首脑“那位先生”真面目，又有几乎符合的猜疑条件。
还有就是黑衣组织研究药物，（也就是工藤新一被黑衣组织的琴酒灌下的那种），据说和他有关。
