秋名山蒙蒙姐
这个问题在动画第一集的时候就有说过，当时琴酒击倒工藤新一后拿出aptx4896就提到，这是组织新开发的毒药，能杀人于无形并且检测不出毒素，可以知道琴酒知道这是毒药，但并不清楚这个药在偶然情况下会使人身体产生退化，以琴酒谨慎的行事风格，自然不会采取这种明知道有一定几率使人不死的药去杀人。
知道这个药有退化作用的也只有研制这个药品的宫野志保，在《Episode ONE 变小的名侦探》里也曾出现实验白鼠产生退化的现象，并且在后续进入工藤新一家调查的时候也发现了这个事实。琴酒不知道的原因是宫野志保并没有把这个事汇报给组织，所以琴酒一直以为工藤新一早就死了。
可以试想一下，如果琴酒知道柯南就是工藤新一，早派人潜入阿笠博士家里把博士和柯南都杀了，这种方式才是最保险的，在当初琴酒怀疑毛利小五郎的时候，马上就组织人手想杀掉毛利小五郎，琴酒那么久都没有动手，只能说明他真的不知道这事。
贝尔摩得是知道的，但她对组织不忠诚，也没有跟琴酒说过。
泡面菌
一开始琴酒是不知道的，因为除了工藤新一（柯南）以外，其他人喂完药都是直接死亡的。后来宫野志保发现工藤新一（柯南）小时候的衣服不见了，为了保护工藤新一擅自修改资料（把工藤新一的死亡讯息从不明改为确认死亡）后来被琴酒发现，差点被处死。之后琴酒就知道了。
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