朱元璋打下天下後，為了加強對皇權的控制，至少做了兩件事情，一是封諸王分駐國內腹裡和各戰略要地，建立藩屏，上衛國家，下安生民；二是朱元璋立朱標為太子，呵護備至，讓其監國治政，作為理想接班人來培養。
對朱元璋來說，這本是件好事，然而當兩件事聯繫起來看時，卻發生了微妙的變化。朱標受命巡撫陝西，歸來後，不久就患病死去了。朱標病死，朱元璋悲痛萬分，又改立朱標次子朱允炆為太子。朱允炆繼承帝位，是為建文帝，他實行了很多新政，其中就包括削藩政策。這引起了很多藩王的不滿，藩王與朝廷開始決裂，當時最有實力的是燕王朱棣。朱棣與建文帝的矛盾日益激化。朱棣拒不服從削藩，誓師抗命，並打著“清君側”旗號起兵“靖難”。當然這場戰事的結果大家都知道，燕軍渡江直逼南京城下。混戰中，南京城內的皇宮起了大火，建文帝自此不知所蹤，下落成謎。
伴隨著建文帝的落敗，忠於他的勢力則遭受回毀滅性打擊。
首先是他的妻兒。一般認為，建文帝有一位正妻，也就是惠帝皇后馬氏，南京城陷之時“崩於火”。建文帝有兩個兒子，長子朱文奎在混亂時隨建文帝一起失蹤，次子朱文圭則被朱棣幽禁於中都(鳳陽)廣安宮，並被廢為庶人。朱文圭被關押長達半個世紀，直到明英宗朱祁鎮第二次登基後才給放出來。此時的朱文圭已與外界隔絕日久，不識牛馬，形同小孩。
其次是他的臣子。朱棣奪位後，對建文帝的臣子大開殺戒，殘忍至極。這些大臣有的被剝皮楦草，有的被放入油鍋，有的被割掉器官……種種酷刑，不一而足。這一時期，齊泰、黃子澄、方孝孺等名士都被殺害，其中受方孝孺牽連而死者共873人，充軍等罪者達千餘人。這些臣子的女眷則到教坊司當官妓，實行殘酷的“轉營”，不得赦免。
朱棣為何對建文帝和他的勢力痛下殺手呢？原因其實很好理解。朱棣是造反稱帝的，對所有人都心存戒備，有所猜忌，對前臣恨不得殺之而後快。當然，除了誅殺前臣，他還恢復了錦衣衛，並設立了東廠等特務機構，令親信太監掌權。明朝從此逐步進入了宦官禍國的不良局面。
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