馬家軍，民國時期實際控制中國甘肅、寧夏、青海等地的地方軍閥名稱;其主要人物包括馬步芳、馬鴻逵和馬鴻賓，合稱為“西北三馬”;馬家軍分為青海馬家軍和寧夏馬家軍。
甘肅臨夏，古稱河州，位於黃河上游，是甘肅西南重要的商品集散地和漢藏貿易樞紐，馬家軍集團就是從這裡崛起的。1862年，清朝同治二年，由於封建腐朽統治再加之民族矛盾，陝甘地區回民大規模起事（史稱同治回亂）。第二年（1863年，同治三年），受其影響，甘肅河州莫尼溝大阿訇馬佔鰲起兵反清，是當時甘肅回變得核心地區。當清廷派兵圍剿時，河州各穆斯林派別為了大局，推舉馬佔鰲為首領。由於馬佔鰲軍事才能過人，整合各派別後實力迅速擴大，於1864年攻陷河州，隨後向周邊攻城略地，並曾在1866年圍困省會蘭州，“有回眾十餘萬人，並駐紮陝回二萬餘”。陝甘總督楊嶽斌面對時局，雖然盡力修補，但由於個人能力所限，形勢還是一天天惡化起來。這是，東南的太平天國及北方的捻軍已被鎮壓，清廷終於可以騰出手來專心應對西北戰局，調派湘軍名將、重臣左宗棠前往平亂。1871年夏，經過認真準備的左宗棠親率大軍殺向河州。
1871年7月底，一切準備就緒，左宗棠令四十餘營清軍分三路進軍河州：中路傅先宗率鄂軍從狄道渡洮河，左路楊世俊率楚軍取道狄道南面的南關坪進峽城（狄道南九十里），右路劉明燈率部由馬營監經紅土窯進康家崖（狄道北五十五里）。為防止回軍襲擊，規定中路以一半兵力留駐東岸，一半渡過洮河修築堡壘，左右兩路則待中路在河西扎穩腳跟以後再行渡河。另外，還安排了各處要塞守衛和接應部隊，部署周密，幾乎無懈可擊。
清軍渡河後，從幾個方向會攻河州第一重門戶三甲集。但為了誘使清軍深入，回民軍有意放棄三甲集，採取節節阻擊的辦法，逐漸退至太子寺（今廣河）。太子寺在三甲集西南三十餘里，為河州總要關隘，河州州判即設於此。馬佔鰲領導回民軍環繞太子寺挖掘長壕一道，深約二丈餘，寬四丈餘，並在險要處設置了許多壘卡，與廣通河北岸的許多回民村堡互為犄角。
1872年1月，清軍直逼太子寺。回軍依託有利地形頑強抵抗，打退清軍數次進攻，並不時襲擾清軍糧道，清軍損失慘重，給養困難，只好轉而從南面進攻。清軍四十餘營密佈於太子寺南面二十餘里的新路坡。馬佔鰲親自偵察，發現坡上有個稍低的山頭沒有清軍駐守，便於2月12日晚派馬海晏率回民軍優秀射手數百人乘夜暗潛入新路坡，佔領山頭。同時密派千人挑運水和土坯上山，連夜澆水砌牆。當時正是隆冬季節，滴水成冰，一夜之間就築成光滑堅硬的堡壘三座。第二天，清軍發現回軍堡壘突然出現在他們的陣地中間，大為震驚。傅先宗立即調派部隊，親自督攻，企圖拔掉這個釘子。但由於回軍頑強防守，進攻失敗，戰至14日，傅先宗遭冷槍襲擊犧牲於戰場。清軍喪失統領，軍心動搖，防守濫泥溝的回民軍乘機出擊從後面包抄。清軍兩面受敵，紛紛放棄堡壘逃跑。徐文秀企圖挽回頹勢，但也無力迴天，戰死沙場。
太子寺一戰，清軍損兵折將，全線潰退三十餘里，而且糧運梗阻，幾乎到了不可收拾的地步。但馬佔鰲卻沒有被勝利衝昏頭腦，洞察雙方實力，力主投降。在重要將領馬海晏、馬千齡的支持下，最終被朝廷收編，重要頭目被清廷封官進爵，奠定了河州諸馬崛起的基礎。
隨著同治回亂的徹底平定，陝甘各大回族武裝幾乎都被摧毀，只有河州馬家集團在左宗棠的賞識下得以保全並藉機壯大，從此在西北再也沒有同族競爭者。在民國以前，河州諸馬軍事力量仍延續馬佔鰲降清時的格局，即以馬佔鰲子系（子馬安良）為首，轄制馬海宴子系（子馬麒，馬麟）和馬千齡子系（子馬福祿，馬福祥）。諸馬先隸屬於董福祥的甘軍系統，後獨立一系，為清廷東征西討，立下汗馬功勞，馬安良也被提升為喀什總督。
清朝滅亡後，馬安良建立了以回民為主的“精銳軍”（也叫西軍），在甘肅擁兵自重，成為北洋政府的甘肅提督、陸軍上將，後來他被袁世凱親信、甘肅都督張廣建排擠走，馬麒等部下也趁機自立門戶，不得志馬安良1918年於河州抑鬱而亡，馬佔鰲子系隨之在政爭中逐漸淡出歷史
馬家軍老一代雖然主系逐漸消亡，但兩個主要旁系卻逐漸坐大。隨著民國軍閥混戰，逐漸過渡到新生代併成為割據一方的新軍閥
民國初期，在馬安良的支持下，馬海晏兒子馬麒率兵向青海拓展，他組建了一支名為“寧海軍”的武裝，大量任用親屬和親信，逐步脫離馬安良的控制，奠定了青馬集團的基礎。北伐成功後，馬麒名義上歸附馮玉祥，中原大戰時倒戈依附蔣介石並在1930年當上青海省政府主席，一年後去世。馬麒死後，馬海晏次子馬麟繼位成為青馬新首腦，但由於馬麟能力平平，經過一番內部爭鬥，權利有逐漸回到了馬麒兩個兒子馬步清、馬步芳手裡並最終為馬步芳獨攬大權。
馬家軍的另一重要支系馬千齡系，大兒子馬福祿在八國聯軍侵華時進京勤王，不幸戰死，隨後弟弟馬福祥接任。辛亥革命後，馬福祥被馬安良排擠，不得不離開甘肅出任寧夏護軍使，藉此機會，創建了昭武軍，收編甘肅新軍，不斷擴充，就勢奠定了寧馬集團基礎並逐步崛起控制寧夏。馬福祥對兒子馬鴻逵和侄子馬鴻賓一視同仁，自己起家的兩支基本部隊11軍和81軍，分由兒子和侄子統領，駐在銀川和中衛，也算和平共處，沒有發生內部爭鬥。
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