说起中国医学院的历史渊源，很复杂，合了拆，分了并，一所医学院往往能追溯出多个历史渊源。
但仔细去了解他们的背景，有两个源头比较有特点的，一是教会医院出身，由外国教会支持在中国创立的，大多在清朝末期。另一个是军队为满足后勤需求创立的医学院。
教会系
教会系的医院名字都很有特点，有一股浓浓的基督教的味道，比如协和、博济、广仁，一眼就能分辨出来。
教会系医学院主要分布在沿海地区，清朝长期闭关锁国，只有广州允许外国人来往。所以，最早的教会医学院在广州创立。
近代医院主要源于欧洲，中世纪欧洲宗教把开设医院为贫困、残疾人群看病作为传教的主要手段。
1835年11月，美教会传教士医生伯驾（Peter Parker）在广州创立教会医院——“眼科医局”，它就是博济医院的前身，是为中国境内第一所现代化的医院。
伯驾。
伯驾医术高明，并且免费为贫苦患者治病，很快眼科局就涌入大量患者。为了提高效率，伯驾在病人进门后，先派发竹片制成的长方形号牌，然后病人就按照号牌上的号码，循序进入诊疗室。据说这是“挂号制度”的来源。伯驾专长本是眼科，后来在患者再三要求下开始看其它病，最后成了全科大夫。伯驾曾经还为林则徐治过疝气病。
后来因业务扩张的需求，眼科医局更名为“仁济医院”。1855年，伯驾因担任美国驻华外交官离开医院，仁济交给另一位传教士医生嘉约翰（John Glasgow Kerr）。1859年，医院迁入新址，改名为“博济医院”。
传教士认为若要长久广泛解决中国人疾病痛苦，必须培养中国医学人才。嘉约翰首先实现了这个想法。
博济医学堂。
1866年，嘉约翰设立附属于博济医院的“博济医学堂”，这是中国最早的西医教会医学校。博济医学堂的学生，既有来自教会学校的学生，也有开业的中医医生。学校人数不多，1868年只有12人。孙中山曾在1886年就读于博济医学堂。
中国第一代西医医生就出自博济医学堂。嘉约翰任校长期间，一共毕业了大约一百名西医学生，肄业离校的有50名。而后，其他教会大学纷纷开设医学院，培养医学人才。
博济医学堂几经改名后，如今是中山大学中山医学院。
鸦片战争后，大清沿海城市通商口岸纷纷被打开，越来越多的传教士来到中国各城市。
1879年，美国圣公会上海主教施约瑟（S. J. Sekoresehewsky）在上海创建圣约翰大学，医科由上海同仁医院院长文恒理（H. W. Boone）创办，开沪上西医教育之先河。圣约翰大学医科是中国最早授予医学博士学位的两所学校之一。
1952年院系调整，圣约翰大学撤销，其医学院与震旦大学医学院、同德医学院组建成上海第二医学院，2005年学院与上海交通大学合并，成了现在的上海交通大学医学院。
再往北，到了山东。
山东大学医学院来源于齐鲁大学医科，1985年山东医学院更名为山东医科大学。
齐鲁大学医学院是英、美、加三国基督教会于1883年创办。1883年，北美长老会传教医生聂会东（James Boyd Neal）到达登州，租赁了一所寺庙的几间房子，用一部分作教室，另一部分作为小型诊所，并招收了5名学生，随师学习西医知识，这便是齐鲁大学医学院的发端。
齐鲁大学医学院与私立湘雅医学院（今中南大学湘雅医学院）有“南湘雅、北齐鲁”之称，又与私立北平协和医学院（今北京协和医学院）有“先齐鲁，后协和”之誉。
在中国，北京协和医院是最有名气的医院之一。它的医学院，其实也是属于教会系。
1906年，英国伦敦会与英美其他五个教会联合开办了协和医学堂，就是协和医学院的前身。
九年后，洛克菲勒基金会收购了协和医学堂，随后进行新校建设，建造了一座中西合璧的有着宫殿式外观的校园和医院群建筑，不久后还成立附属医院北京协和医院。
太平洋战争爆发后，美日开战，协和停办。1945年日本投降后，中华医学基金会与协和医学院校董事会从日军手中收回校产，并于两年后复校。
新中国成立后，协和先后多次更名。最近一次于2007年更名为北京协和医学院。
如今北京协和医学院与清华大学开展合作办学，所以“北京协和医学院”和“清华大学医学部”都是同一家学校。2017年9月，北京协和医学院入选世界一流学科建设高校名单。
内地的教会系医学院相对开设较晚。
华西医院归属的学院前身是是华西协合大学（简称“华大”），这也是一所教会系的医学院。由英、美、加三国基督教会于1910年在成都创建。
1934年，华西协合大学成为美国纽约州立大学的兄弟学校，授予医牙学院毕业生医学博士学位和牙学博士学位，
1951年人民政府接办“私立华西协合大学”，接办后校名为“华西大学”，1953年10月6日，学校更名为四川医学院。2000年 与四川大学合并，更名为四川大学华西医学中心。华西特别是口腔医学，号称亚洲第一。
军队医学系
军队医学系的医学院第一梯队有四所，第一、二、三、四军军医大学。
军医系医学辽地方属性没有那么强，军队需要学校去哪里，学校就集体搬过去。比如文革期间，第二、三、四军医大学互相调防，第二军医大学由上海调到西安；第四军医大学由西安调到重庆，第三军医大学由重庆调到上海，形成了现在的地理格局。
南方医科大学
原第一军医大学，前身可以追溯到1951年创建的中国人民解放军东北军区军医学校。1958年7月，学校集体转业，移交黑龙江省人民政府领导，第十一军医学校与第2164医院合并，改名为“齐齐哈尔医学院”。1962年1月，学校重归军队，隶属总后勤部，校名为“中国人民解放军齐齐哈尔医学院”。1966年10月，校名改为“中国人民解放军军医学院”。1969年9月，学校迁至湖南省长沙市。1970年，广州军区卫生学校并入；2月，学校再迁至广州市当时已停办的暨南大学校址，由广州军区代管。2004年8月按照国务院、中央军委下达的命令，整体移交广东省，更名为南方医科大学。
最终，南方医科大学经历了从军队到地方，再到军队，再到地方政府的转变，地理位置从黑龙江到广东，穿越了整个中国。
海军军医大学（第二军医大学）
创建于1949年9月，当时称华东军区人民医学院，主要由华东医务干部学校、第三野战军卫生部医学院、国民党原国防医学院部分留大陆人员和从地方招聘的专家教授组成。
1950年10月，更名为上海军医大学。1951年7月9日，由中央军委正式命名为中国人民解放军第二军医大学。2017年6月29日，更名为中国人民解放军海军军医大学，并对外保留第二军医大学校名。
陆军军医大学（第三军医大学）
学校于1954年由原第六、第七军医大学合并而成，第六军医大学前身系第四野战军医科学校和原国立中正医学院，最早追溯到1946年，创建松江军区医学院；1947年，创建合江地区卫生学校；
第七军医大学前身为第二野战军医科大学，最早追溯到1941年太岳军区卫生部卫生教导队。1975年更名为第三军医大学，2017年更名为陆军军医大学，并对外保留第三军医大学校名。
学校先后参加了抗日战争、解放战争、抗美援朝战争、中印和中越自卫反击战等卫勤保障任务，多次遂行抗击非典、汶川特大地震和玉树抗震救灾等非战争军事行动中。
空军军医大学（第四军医大学）
1941年，八路军晋西北军区卫生学校创建；1948年11月，进驻西安，先后更名为西北军区人民医学院、中国人民解放军第一军医学院；1952年10月，奉中央军委命令，命名为中国人民解放军第四军医大学。原第五军医大学的前身是创建于1935年的南京国立中央大学医学院。1954年，原第四军医大学和原第五军医大学合并组建为第四军医大学。
吉林大学白求恩医学部
前身为白求恩卫生学校，成立于1939年，诺尔曼·白求恩同志参加了学校的创建和教学工作。抗战胜利后发展壮大，白求恩同志逝世后，为了纪念他，1946年命名为白求恩医科大学，1954年与第三军医大学合并，校名为第一军医大学。1958年转归地方，1978年，恢复白求恩医科大学校名。
中国医科大学
是中国共产党最早创建的院校，是唯一以学校名义走完红军两万五千里长征全程并在长征中继续办学的院校，是我国最早进行西医学学院式教育的医学高校之一。其前身为中国工农红军军医学校和中国工农红军卫生学校。1940年9月，学校更名为中国医科大学。
除了教会系和军医系外，还有一类医学院的来源是政府公办或者是中外合作办校，比如复旦大学医学院、华中科技大学同济医学院、北京大学医学部、中南大学湘雅医学院等等，都是国内一流的医学院。
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