日本货物铁道股份有限公司,是日本国有铁道在1987年4月1日时民营化解散改组之后，继承原本日本国铁所属之铁路事业的7间JR公司之一。实务上经常简称为JR货物，但在该公司所拥有的列车车身上也经常可以见到该公司的英语简称JR Freight或JRF，代表颜色为灰蓝色。该铁路公司在日本全国范围内（除了冲绳县）均有业务。
除了全国性的货运列车营运，也有旧调车场与公司住宅等闲置不动产的再开发业务。
从旧日本国铁改制到JR集团的时候，虽然客运依地理划分为6个公司，货运部分却继承日本全国整体规模继续营业，由国铁的货物局改制成为JR货物。但是和JR北海道、JR四国、JR九州一样，经营基底比较薄弱，所以成为政府机关的独立行政法人铁道建设运输施设整备支援机构国铁清算事业本部（成立当初称为日本国有铁道清算事业团）持有所有股票的特殊公司、股份公司形态的特殊法人，直到现在没有计划股票上市。
设立当初，JR货物本身作为“第一种铁道事业者”，将持有的路线控制在最小范围之内。一部分的货物专用路线虽然是JR货物所有，两端有客运路线连接的货物线、有计划客运化的路线和已经决定的废止的路线，都属于管辖该区域的客运铁道公司所有。因此，JR货物列车运行的大部分线路都是铁路设施所有的客运铁道公司的路线，需要向那些公司支付“线路使用费”运行货车。另外，随着整备新干线的开通，“并行在来线”区间转换为第三部门铁道（注意不要和第三种铁道事业混淆，“第三部门铁道”是指由地方政府及企业和中央政府共同出资并成立的铁道公司，是JR及私铁和市营地下铁以外的另一种铁道营运型态），因此无法避免使用费的上升，经常引起问题。
货运列车的运行基本上使用本公司的乘务员和机车，但是根据路线的不同，有时也用客运公司的乘务员和机车。另外，反过来JR货物的乘务员和机车运行旅客列车（用JR货物的机关车牵引客运公司的客车）的情况，在以前还很多；但是到现在，因为客运列车已逐渐由机车牵引车厢改为电力动车组或内燃动车组，所以除了少数的夜行卧铺列车以外，只有一部分的临时列车或者车辆故障时的救援才使用。
另外，由于高速公路大型货车和机场建设转为空中运输增加的影响，货物输送量年年减少。但是近年来对环境负荷小的“模式转移”的政策倾向，略有增加。JR货物在货物列车的增发、提速、IT-FRENS&TRACE系统导入、货物站E&S方式改良、M250系货运动车组的运行等硬件软件方面都开展拓展业务。另外，2006年3月与中国远洋运输（COSCO，即中国中远集团）合作，提出“比飞机便宜，比集装箱船快速”的概念，开展国际一条龙运输“SEA & RAIL服务”，走向国际市场。
随着近年的模式转移，JR货物的作用可以说非常重要。特别是用铁道将1公吨货物运输1km时，二氧化碳排放量大约是普通卡车的八分之一。
历代日本货物铁道社长依然是东京大学法务部的天下：
第1代：桥元雅司（1987年 - 1993年），东京大学经济学部
第2代：棚桥 泰（1993年 - 1997年），东京大学教养学部
第3代：金田好生（1997年 - 1999年），东京大学法学部
第4代：伊藤直彦（1999年 - 2007年），东京大学法学部 / 华盛顿大学经营研究所
第5代：小林正明（2007年 - 2012年），东京大学法学部
第6代：田村修二（2012年 - 2018年），东京大学法学部
第7代：真贝康一（2018年至今），东京大学法学部
M250型电力货运动车组
因为要以全国规模运行货物列车，主要所有的车辆为货物输送用的铁路机车、货车及电力动车组。 M250系是JR货物唯一一款专为货运而设的电力动车组，也是全球少数的货运电力动车组。
有别于传统使用蓬车装载货物，JR货物使用较一般海运货柜（20呎及40呎）较小的自有规格12呎集装箱装载货物，因此可做到户对户运输而不用重新装卸货物。
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