重慶時周恩來與張群（右）。
西南解放前夕，雲南、貴州、四川、西康（西康省，今分屬四川省和西藏自治區）及其周邊地區，集結了國民黨幾十萬軍隊。蔣介石企圖以西南為依託，抵抗解放軍的進攻，以便爭取時間，伺機反攻。為便於統一指揮，1949年5月1日，國民黨政府將原重慶綏靖公署改組為西南軍政長官公署，作為“行政院”和“國防部”在西南地區的派出機構和大戰略區領導機關，統一管理川、康、雲、貴、渝四省一市的軍政事宜。
張群被任命為首任長官
國民黨政府歷來有在重慶設置指揮機構的傳統，1935年即在此成立了國民政府軍事委員會委員長重慶行營。抗戰勝利還都南京後，又將重慶行營恢復，機關設在林森路原軍事委員會舊址，人員大部分來自原軍委會成都行轅和陸軍總部，主任何應欽未到任，由張群代行主任職權，參謀長、副參謀長和秘書長分別由蕭毅肅、餘中英、劉壽朋擔任。軍委會撤銷後，重慶行營改稱國民政府主席重慶行轅，主任仍是張群。1947年春，張群調任行政院長，朱紹良接任主任。1948年3月，重慶行轅改稱重慶綏靖公署，1949年1月，朱紹良調任福州綏靖公署主任兼福建省政府主席，張群重回重慶接替朱紹良。5月，西南軍政長官公署成立後，張群被任命為首任長官，錢大鈞為副長官，後來又相繼增加鄧錫侯、楊森、賀國光、王纘緒、潘文華、孫震、唐式遵等為副長官。
張群，字嶽軍，1889年5月生於四川，是蔣介石日本士官學校時期的同學，國民黨內新政學系首腦，與蔣關係密切。張群擔任西南行政長官之後，把“團結、自衛、自給”作為施政綱領，想竭力穩定西南形勢。
公署主任形同虛設
1949年8月底，蔣介石趕到重慶，與張群商談確保西南的方案。蔣與張群都認為陝西的關中、寶雞一帶已經失守，隴海路也已經被中共所控制，並且解放軍正在進攻秦嶺一帶，因此他們判斷解放軍主力應該會從川陝公路進攻四川，而不會走地形險要的兩湖西部和四川東部。
10月，蔣介石在西南行政長官公署主持召開作戰會議，參加會議的有張群、錢大鈞、楊森、胡宗南、羅廣文、陳春霖、劉文輝、鄧錫侯、郭汝瑰等人，會議決定將防務重點放在川北。
據郭汝瑰回憶，胡宗南此時還想擠走張群，把西南決戰的指揮權抓在自己手裡：“第二天胡宗南、宋希濂、何紹周等中央系將領又在臨江門羅廣文的第七編練司令部招待所開會，他們認為張群指揮不行，要胡宗南來指揮。宋希濂對我說：‘來！聯名給老頭子寫個報告，我們請求胡老大哥來指揮。’我說：‘我字寫得不好。’大家齊聲說：‘你起草吧！起好由趙秀昆繕正。’我推諉不過，只好給他們起草報告，讓他們送給蔣介石。當時黃埔學生要求胡宗南指揮西南最後一戰，但根本沒有結果。因為蔣介石來到重慶後，參謀總長顧祝同、參謀次長蕭毅肅、三廳廳長許朗軒及國防部各廳參謀人員也先後飛到重慶。蔣介石親自發號施令，指揮西南戰役，而西南軍政長官公署主任張群已形同虛設。”
12月9日，雲南省主席盧漢起義時，張群恰好剛到昆明，旋遭扣押。張群與盧漢私交頗深，他寫了一封信給盧漢，表示今後不再過問政治，希望盧漢放他離開。盧漢見信後，派人去做張的工作，希望張和他們一起行動。張群回覆說：“你們的起義我是很同情的。我也知道這是大勢所趨，但是我一生都是一個國民黨員，我和蔣先生的私人關係你們也是知道的，我不能和你們一致行動。”最後盧漢決定釋放張群，12月11日上午，張群離滇飛港，從此卸去了西南軍政長官之任。
大戰後徹底潰散
1949年11月初，中國人民解放軍第二野戰軍主力在第一野戰軍、第四野戰軍各一部配合下，進軍大西南。為麻痺敵人，二野司令員劉伯承率指揮機關途經鄭州時，在群眾大會上發表講話，佯示主力將西進陝南，爾後南下四川。蔣介石果然中計，命令川陝甘邊區綏靖公署主任胡宗南親率三個精銳兵團，倚秦嶺主脈向北構築主要防線。而此時劉鄧大軍卻秘密折而南下，集結川鄂邊和湘西地區，從國民黨軍防禦薄弱的川黔邊迂迴四川。
二野主力在司令員劉伯承、政治委員鄧小平的指揮下，在南起貴州天柱、北至湖北巴東約500公里地段上對國民黨軍實施多路攻擊，並相繼佔領貴陽和遵義，將國民黨西南防線攔腰切斷。與此同時，第四、第二野戰軍各一部向國民黨軍川湘鄂邊綏靖公署主任宋希濂集團發起鉗形合擊，宋希濂倉皇渡烏江西逃。此時蔣介石方才察覺解放軍的計劃，急令胡宗南集團南撤入川，但為時已晚，11月30日，解放軍佔領重慶，隨即向縱深挺進。
12月9日，西南軍政長官公署轄下的雲南省主席盧漢、西康省主席劉文輝以及長官公署的兩位副長官鄧錫侯、潘文華分別在昆明、雅安和彭縣宣佈脫離國民黨起義。
西南戰役此時實際上勝負已定，蔣介石決定離開成都，臨行前，蔣介石主持了在大陸的最後一個會議，做出了以下決定：“中央黨部和行政院撤遷臺灣；西南軍政長官公署主任張群呈請辭職，准予免職，由顧祝同兼任其職；撤銷西安綏靖公署和重慶衛戍總司令部，撤銷劉文輝西康省主席，鄧錫侯、潘文華西南軍政長官公署副主任，盧漢雲南省主席職務；任命西康警備總司令部司令賀國光兼任西康省主席；任命胡宗南為西南軍政長官公署副主任兼參謀長；任命楊森為西南軍政長官公署副主任兼川陝甘綏靖公署主任；任命王纘緒為西南第一路遊擊總司令，唐式遵為西南第二路遊擊總司令。”
胡宗南被任命為西南軍政長官公署副長官兼參謀長後代理長官職權，12月底胡將長官部移駐西昌，妄圖在此負隅頑抗。1950年3月26日，解放軍逼近西昌機場，胡宗南將部隊的指揮權交給參謀長羅列，自己悄悄飛逃臺灣，其殘餘部隊陸續被圍殲，西南軍政長官公署至此完全潰散。
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