後金的登場
這時在遼河東方，建州女直的領袖努爾哈齊勢力日益壯大，壓迫著明朝國境附近海西女直各國。備感威脅的海西各國與蒙古科爾沁部聯合，一五九三年討伐努爾哈齊，但反倒大敗於古勒山。之後，科爾沁、喀爾喀的一部分轉而與努爾哈齊通好。到了一六○五年，喀爾喀諸王向努爾哈齊奉上了昆都倫．汗的稱號，從此建州女直人在蒙古人世界的一角，以獨自的勢力登場。
努爾哈齊於一六一六年、五十八歲時即位，稱號庚寅（英明）．汗，建立了後金國。
在此之前，在這個地帶與蒙古人匹敵的大國其實是海西女直的葉赫國。察哈爾的林丹．汗的八位皇后當中，蘇泰太后就是葉赫王族的女子，生下了可汗的長子額哲。一六一九年，努爾哈齊的後金軍佔領了開原、鐵嶺，滅了葉赫國。喀爾喀的猛將介賽欲從後金手裡奪走鐵嶺而與後金發生衝突，結果兵敗被俘。大吃一驚的喀爾喀人便與後金締結同盟。
另外，林丹．汗為了不讓察哈爾貿易中心的國境都市廣寧被後金所奪，送信警告後金，但努爾哈齊的態度強硬，翌年一六二○年送了絕交狀，表示敵意。一六二一年，努爾哈齊正式嚮明朝宣戰，佔領明朝的飛地遼河三角洲，將該地區之高麗裔中國人納入治下。
一六二二年，後金軍渡遼河進入遼西佔領廣寧，察哈爾部族中的兀魯兀惕部族投降。由於察哈爾部族當中已有大量蒙古人降金，努爾哈齊於是將他們編成「旗」而納為自國國民，這就是八旗蒙古的起源。
努爾哈齊於一六二四年與科爾沁部結成攻守同盟，對抗察哈爾。林丹．汗於翌年一六二五年率察哈爾軍攻打科爾沁，但由於後金前來救援而未成功。緊接著一六二六年，努爾哈齊封科爾沁部族長奧巴為土謝圖．汗，結成姻親。此後，科爾沁部族不僅是後金（一六三六年起稱清）最大的同盟國，更在清朝成了除了帝室以外地位最高的外戚。
努爾哈齊於一六二五年將後金的首都從南方的遼陽遷到距離北方的蒙古較近的瀋陽，將政策的重心放在進軍蒙古高原。一六二六年，努爾哈齊攻擊了從瀋陽前往熱河路上的喀爾喀部族。
在這一段期間，努爾哈齊也繼續與明朝作戰，於一六二六年死去，享年六十八歲。努爾哈齊的第八子皇太極（清朝太宗崇德帝，一六二六— 一六四三年在位）即位，當時三十五歲，成了後金國第二代汗。翌年一六二七年，察哈爾根據地的赤峰落入後金之手，南鄰的朵顏衛也臣服於後金。
林丹．汗的末路
林丹．汗在此稍前便開始向西遷徒，一六二八年，滅了喀喇沁、土默特二汗國，奪取呼和．浩特，又征服了河套的鄂爾多斯部族，更將勢力延伸到北蒙古。當時，北蒙古喀爾喀部族中勢力最大的是阿巴岱．汗的侄子圖蒙肯．綽克圖皇太子，在土拉河的溪谷中建造居城、寺院，保護紅帽噶瑪派佛教，是一位教養極高的君主。綽克圖皇太子宣誓效忠林丹．汗，而協助其事業，故而南北蒙古悉數進入林丹．汗的勢力之下。
然而，林丹．汗的霸業並不持久。一六三四年，林丹．汗出發遠征西藏，在準備進入青海的途中，病死於甘肅省武威縣、永昌縣一帶的打草灘。為了與林丹．汗會合而從北蒙古南下的綽克圖皇太子進入了青海，以青海為根據地，自稱綽克圖．汗，派軍佔領了西藏。
就這樣，南蒙古呈現權力真空狀態，後金軍不久後便佔領呼和．浩特。
林丹．汗的兒子額哲和母親蘇泰太后一起投降女直軍，一六三五年，被帶到了瀋陽皇太極的跟前。皇太極禮遇額哲，並將自己的次女馬喀塔．格格嫁給了他，賜封親王，讓他與察哈爾部族的部下們一起住在遼河上游的牧地。
此時，女直軍的將軍們從蘇泰太后手中得到了一顆刻有「制誥之寶」四字的玉璽。據說，這是自古以來歷代皇帝使用的玉璽，蒙古的元朝也一直使用。妥懽．貼睦爾．汗失去中國，從大都逃亡的時候，也將玉璽帶了出來。然而，妥懽．貼睦爾．汗在應昌府死後，這顆玉璽就下落不明瞭。經過二百餘年，一個蒙古人在崖下牧羊時，有一頭山羊三天不吃草，一直在掘地。那個蒙古人看到後翻開那塊地，就發現了玉璽。之後，這塊玉璽傳到了元朝後裔土默特的博碩克圖．汗那裡。博碩克圖．汗後來被同是元朝後裔的察哈爾林丹．汗所滅，玉璽也落入了林丹．汗手裡。這也就是為什麼玉璽會在林丹．汗遺孀蘇泰太后之處的原因。
清朝的建國
得到元朝玉璽的皇太極認為，上天授予成吉思．汗的天命轉移到了自己身上。一六三五年，皇太極禁止諸申（女直）這個種族名稱，統一稱作滿洲。翌年一六三六年，召集瀋陽的滿洲人、戈壁沙漠以南的蒙古人、遼河三角洲的高麗裔漢人的代表們舉行大會，皇太極被這三個種族選為共同的皇帝，改國號為「大清」，年號為「崇德」。皇太極就是清朝太宗崇德帝。「大清」與「大元」相同，都有「天」的意思。這就是清朝的建國。
皇太極有五位皇后，五人皆為蒙古人，其中三人出身科爾沁部族，剩下二人是林丹．汗的遺孀。一六四三年皇太極死後，繼承帝位的是由科爾沁人皇后所生的福臨（清世祖順治帝，一六四三—一六六一年在位）。
這時南方的明朝發生大饑荒而從陝西省開始發生叛亂，蔓延至全國各地，李自成所率領的叛軍逼近北京。一六四四年四月，明朝崇禎帝在宮廷內苑的萬歲山自縊，朱元璋自南京即位以來二百七十六年的明朝就此滅亡。
此時，明朝將軍吳三桂鎮守山海關與清軍對抗，崇禎皇帝死後，他遣使前往清朝的首都瀋陽，向迄今一直是敵人的滿洲人表示同盟的意願。
掌握清朝實權的是努爾哈齊的十四男、順治帝的叔父多爾袞這號英傑，他是當時尚且年幼的順治帝的監護人。多爾袞立刻接受吳三桂的提案，動員所有清軍向山海關進擊。
佔領北京的李自成率領二十萬大軍前往山海關迎戰，但大敗於吳三桂和清軍的聯軍。多爾袞率兵進入北京城，從瀋陽迎來順治帝，讓他坐上了紫禁城的寶座。就這樣，清朝建國後八年明朝滅亡，滿洲人的清朝取代蒙古人成吉思．汗的子孫統治中國。
八旗入主北京
順治帝進入北京時，華中、華南各地尚有明朝的餘黨持續反抗清朝的統治。平定這些的是降清的明朝漢人將軍。
華南地區分別由三名漢人將軍率領自己的親軍駐紮。雲南省有平西王吳三桂、廣東省有平南王尚可喜，福建省則有靖南王耿繼茂，稱作「三藩」。「藩」代表藩籬，也就是保護北京清朝皇帝的藩籬。三藩幾乎是獨立的王國，清朝的實權僅及於北京周邊。
河北省原本是明朝皇帝的直轄地，進入北京後的清朝滿洲人瓜分莊園佔為己有，就這樣河北省成了滿洲人的勢力範圍。
北京原本有雙重城牆。中華人民共和國建國後，拆除了所有的城牆，成了寬廣的大道，道路內側是原本的城內，大約從天壇公園開始以北是外城，北京站環線以北是內城。紫禁城在內城的中央南北延伸。紫禁城的周圍原本有名為皇城的紅色城牆。紫禁城裡有皇帝一家居住的許多宮殿，皇城是皇帝的僕人們住的地方。現在中國共產黨高級幹部所住的中南海原本也是皇城的一部分。
北京的外城原本是漢人的居住區域。內城的街道被紫禁城、皇城分成東西二部分，東西的街道又各自被劃分成四個區塊，每一個區塊各是滿洲八旗的一個兵營。八旗是滿洲人的部族組織。部族各自擁有自己的軍旗。軍旗的顏色分成黃、白、紅、藍四色，又分為有鑲邊的軍旗（鑲），和沒鑲邊的軍旗（正），共八種。以軍旗的顏色稱呼部族的名稱，因此八部族稱作八旗。
只要是滿洲人都隸屬於這八旗中的某一旗。除了滿洲人之外，滿洲化的蒙古人、漢人、朝鮮人、俄羅斯人也被編入八旗之中，被當作是滿洲人。所以滿洲人和被編入八旗內其他種族的人被總稱作「旗人」。
八旗當中的三旗直屬於皇帝，其他的五旗各有自己皇族的領主，就算是皇帝也不能干涉其內政。這一點與蒙古等遊牧帝國的可汗與聯合部族的關係相似。
清朝的構造
清朝是一個層層交疊的帝國。最外層是由中國、滿洲、蒙古、新疆、西藏混一構成的統一帝國，也就是大清帝國。當中的西藏和新疆在國防戰略上屬於所謂的邊境，是附屬的部分。脫去西藏和新疆這一層，就會出現滿洲、蒙古、中國的聯邦，也就是瀋陽的清朝原形。統合的中心當然是滿洲，這是清朝的第三層，維持努爾哈齊所建的後金國原貌。再往裡一層，後金國由八旗組成，這是明代女直人國家的再現。各旗擁有各自獨立的國家觀，組成的聯邦國就是後金。因此，再深層則是努爾哈齊出身的建州衛。
清朝的皇帝為了維護皇權，首先必須確立對滿洲人、蒙古人、漢人的統治權。當中對於蒙古人，清朝從元朝的後裔手中接收了權力；對於漢人，清朝從明朝繼承了帝位，因此在統治上沒有問題。然而，對於滿洲人，皇帝原本沒有獨裁的權限。
也就是說，對於遵守傳統氏族制度倫理的八旗成員而言，皇帝充其量不過是部族長會議的議長，皇帝本身也是在部族會議上被選出擔任戰爭和外交的領袖。
從蒙古到大清：遊牧帝國的崛起與承續
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