元朝灭亡之后，元顺帝逃往上都，稳固政权继续称帝，仍以“大元”为国号，史称北元。共传北元惠宗（元顺帝）、昭宗（爱猷识礼达腊）两帝，爱猷识礼达腊之子脱古思帖木儿被杀之后，蒙古高原进入混乱状态。但是蒙古各部仍然控制着东起松花江、辽河流域；西至巴尔喀什湖、额尔齐斯河流域；北达叶尼塞河、勒拿河；南抵明朝长城的广大区域。各部落首领开始相互兼并，蒙古族开始了重组。
元顺帝
在蒙古族古代没有文字，常常以歌谣的形势传唱历史，他们有着强烈的民族意识和地域意识。进入汉地之后，感慨于汉地的广大、汉人的众多，而成吉思汗制定的制度中，常常将地域和民众按照“万户”进行划分。所以蒙古人常用概数称呼一个民族，比如蒙古人称呼汉人为“八十八万汉人”，称藏族为“二十六万吐蕃特”，此外还有“三万女真”、“三万高丽”。
蒙古人对于属于他们亲属的蒙古部落，自称为“四十万蒙古”，这个称呼包含了蒙古大汗直接统率的蒙古部和东部蒙古各部落，但是不包括西部蒙古的斡亦剌人，即是所谓的漠北森林中居住的百姓。斡亦剌人由于翻译的不同，在明朝被称为“瓦剌”，在清朝称为“卫拉特”。
成吉思汗
全蒙古自称为“四十四万蒙古”，其中包括“四十万蒙古”（鞑靼）和“四万卫拉特”（瓦剌）。
在《蒙古源流》中记载元顺帝北逃的情境：
自是合罕由古北口出亡，悔叹而泣：
以诸宝装成之我大都城，
应时纳凉而居之我上都开平城，
古来列圣避暑之我上都黄甸，
昔乎！误失我大国之政矣！
……
四十万蒙古中，得脱者惟六万，其三十四万被围而陷矣。
北元昭宗
这段话说明在元末明初的战争中，大部分驻守各地的蒙古人都滞留在内地，或者与汉人融为一体，或者在战争中失去了生命。所以蒙古本部中，只剩下原有为成吉思汗守护埋葬地的兀良哈部、木华黎的后裔札剌亦儿部、守护成吉思汗陵墓的鄂尔多斯部等原本无足轻重的小部落；此外就是成吉思汗诸弟与诸子，比如：合撒儿、斡赤斤、窝阔台、阿里不哥等人后裔的部落；而忽必烈的属部大部分都陷入了汉地没有逃出来，只有从属于皇室的部队在明朝军队的打击下大量损失。这样在蒙古高原上势力均势被打破，忽必烈的后裔变成了弱势。
但是蒙古人依然崇尚者成吉思汗的威力，在蒙古高原上，只有成吉思汗的家族才是正统。其他克烈部、汪古部、阿速部、兀良哈部、斡亦剌人虽然被视为蒙古人，但却没有统治蒙古人的权力；只有元朝皇室才能蒙古本部的正统，忽必烈的后裔才能做蒙古大汗；大汗的长子才能继承汗位，除非长子绝嗣、被废，才会立其他子孙为大汗。
这些非黄金家族的部落、非长子后裔的子孙，在蒙古高原上不断的攻杀，最后逐渐将蒙古高原分为瓦剌与鞑靼两部。
阿里不哥
狭义的鞑靼人就是蒙古本部的自称，自脱古思帖木儿被也速迭尔杀死之后，蒙古汗位在杀戮与争夺中五传至坤帖木儿，鬼力赤篡位后去帝号，于是明朝开始称蒙古人为鞑靼。阿鲁台杀死鬼力赤，迎立本雅失里。此后本雅失里与阿鲁台君臣分裂，本雅失里投奔瓦剌被杀。阿鲁台遣使投降明朝，瓦剌多次击败阿鲁台部，开始取代蒙古本部在高原上称雄。
瓦剌就是所谓的斡亦剌人，他们最初被成吉思汗的长子术赤征服，成吉思汗宠幸其首领忽都合别乞，并且给予其部落自主选举首领的权利，为自己的子女与斡亦剌贵族联姻。所以斡亦剌诸部在元朝时代地位显赫，不断扩展势力，吉利吉思、克烈、兀良哈部的一些部落不断加入，逐渐形成与蒙古本部抗衡的局面。明朝初年，蒙古本部遭到明军大规模打击，损失惨重，卫拉特诸部乘势崛起，在也速迭尔袭击脱古思帖木儿大汗的过程中，瓦剌就是最主要的辅助者。
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